早发性结直肠癌辅助诊断的遗传生物标志物及其应用制造技术

早发性结直肠癌辅助诊断的遗传生物标志物及其应用，所述标志物为rs10904012，rs12635144，rs2964283，rs3747926，rs59306779和rs6135530的组合。本发明专利技术提供的SNP遗传标志物区别于传统的生物标志物，稳定性好，易于检测。早发性结直肠癌辅助诊断试剂盒有助于帮助临床医生了解患者的疾病状态，为采取有效的防治措施提供支持。

Genetic biomarkers for the diagnosis of early colorectal cancer and its application

Genetic biomarkers for the diagnosis of early colorectal cancer and their applications, the markers are combinations of rs10904012, rs12635144, rs2964283, rs3747926, rs59306779 and rs6135530. The SNP genetic marker provided by the invention is distinguished from the traditional biological markers, and has good stability and easy detection. Early diagnosis of colorectal cancer auxiliary diagnostic kit helps clinicians understand the patient's disease status, and provide effective support for effective prevention and control measures.

【技术实现步骤摘要】
早发性结直肠癌辅助诊断的遗传生物标志物及其应用
：本专利技术属于基因工程及肿瘤学领域，涉及与早发性结直肠癌辅助诊断相关的遗传生物标志物(SNPs)及其应用。
技术介绍
：结直肠癌是全球范围内常见的消化系统恶性肿瘤，每年新诊断病例接近600,000例。据世界卫生组织(WHO)最新资料显示，全球结直肠癌发病率排位占男性第四位，女性第三位。近年来，我国结直肠癌的发病率和死亡率均呈不断上升趋势。流行病学研究表明，早发性结直肠癌(诊断年龄≤50岁)约占结直肠癌总发病的2％～8％，且预后转归较差。因此，早发性结直肠癌受到研究者更多关注。目前，针对结直肠癌发生的危险因素已有多项研究报道。研究认为，结直肠癌是由不良饮食(如高脂饮食)、不良生活方式(如久坐)以及遗传特征等因素共同作用的结果。其中，遗传因素对结直肠癌的发生起着不可忽视的关键作用。研究表明，若近亲中有一人为结直肠癌者，其本人患此癌的危险度约为正常人的2倍。因此，我们着重关注个体罹患结直肠癌的遗传风险评估，早期识别高危人群，进而实现结直肠癌的早期预防、早期诊断和早期治疗。近十年来，随着全基因组关联性研究(Genome-wideassociationstudy，GWAS)的不断深入，越来越多的结直肠癌相关的单核苷酸多态性位点(singlenucleotidepolymorphism，SNP)被人们发现，从而为学者在遗传水平制定结直肠癌风险预测模型奠定基础。遗传风险评分(geneticriskscore，GRS)是流行病学疾病风险研究中评价遗传风险的最常用方法之一。纳入遗传风险位点构建GRS模型，是评估目标人群结直肠癌遗传风险的有效手段。然而，目前尚未见GRS模型应用于早发性结直肠癌的遗传风险预测的研究报道。若能筛选出与早发性结直肠癌发生密切相关的风险位点，构建GRS风险预测模型，将有利于对目标人群进行早发性结直肠癌的遗传风险评定。本专利将制备相应的辅助诊断试剂盒，对我国早发性结直肠癌的早期诊断发挥极大的推动作用。
技术实现思路
：解决的技术问题：本专利技术的目的之一是针对上述研究背景，提出一种早发性结直肠癌辅助诊断的遗传生物标志物及其应用。本专利技术的第二个目的是构建GRS风险预测模型，对目标人群进行早发性结直肠癌的遗传风险评定。本专利技术的第三个目的是提供上述SNP标志物的特异性引物及其在制备早发性结直肠癌辅助诊断试剂盒中的应用。本专利技术的第四个目的是提供早发性结直肠癌辅助诊断试剂盒。专利技术人通过开展早发性结直肠癌病例对照研究，鉴定早发性结直肠癌患者及其健康对照外周血DNA中的风险SNPs位点，同时采用医学统计学相关方法，在调整年龄、性别等相关混杂因素后，最终筛选出一组与早发性结直肠癌密切相关的风险SNPs位点；在此基础上，构建GRS模型，评价风险SNPs位点对早发性结直肠癌发病风险预测能力；最终制备早发性结直肠癌辅助诊断试剂盒，为早发性结直肠癌的早期诊断和预测提供技术支持。技术方案：早发性结直肠癌辅助诊断的遗传生物标志物，所述标志物为rs10904012，rs12635144，rs2964283，rs3747926，rs59306779和rs6135530的组合。上述的早发性结直肠癌辅助诊断的遗传生物标志物的特异性扩增引物，引物分别为：rs10904012的引物序列为SEQIDNo.1和SEQIDNo.2；rs12635144的引物序列为SEQIDNo.5和SEQIDNo.6；rs2964283的引物序列为SEQIDNo.9和SEQIDNo.10；rs3747926的引物序列为SEQIDNo.13和SEQIDNo.14；rs59306779的引物序列为SEQIDNo.17和SEQIDNo.18；rs6135530的引物序列为SEQIDNo.21和SEQIDNo.22。上述的早发性结直肠癌辅助诊断的遗传生物标志物的特异性探针引物，探针引物分别为：rs10904012的引物序列为SEQIDNo.3和SEQIDNo.4；rs12635144的引物序列为SEQIDNo.7和SEQIDNo.8；rs2964283的引物序列为SEQIDNo.11和SEQIDNo.12；rs3747926的引物序列为SEQIDNo.15和SEQIDNo.16；rs59306779的引物序列为SEQIDNo.19和SEQIDNo.20；rs6135530的引物序列为SEQIDNo.23和SEQIDNo.24。上述早发性结直肠癌辅助诊断的遗传生物标志物在制备早发性结直肠癌辅助诊断试剂盒的应用。上述早发性结直肠癌辅助诊断的遗传生物标志物在构建GRS模型中的应用。上述早发性结直肠癌辅助诊断的遗传生物标志物的特异性扩增引物在制备早发性结直肠癌辅助诊断试剂盒的应用。上述早发性结直肠癌辅助诊断的遗传生物标志物的特异性探针引物在制备早发性结直肠癌辅助诊断试剂盒的应用。早发性结直肠癌辅助诊断试剂盒，含有rs10904012，rs12635144，rs2964283，rs3747926，rs59306779和rs6135530组合的特异性扩增引物和特异性探针引物。上述试剂盒还包括PCR常用的试剂以及标准品和对照品。总体来说，本专利技术的技术方案包括：(1)确定纳入标准和排除标准，系统收集符合标准的血液样本；(2)基因型检测：选择早发性结直肠癌病例及其健康对照，利用全基因组高密度SNP芯片和TaqMan探针基因分型法，鉴定出与早发性结直肠癌发病风险相关的SNPs；(3)基于鉴定出具有风险效应的SNPs构建GRS模型，利用受试者工作特征曲线(ROC)判断模型的预测精度，以检测风险SNPs位点对早发性结直肠癌风险预测能力；(4)早发性结直肠癌辅助诊断试剂盒的制备：基于上述筛选出的SNP遗传标志物构建辅助诊断试剂盒。实验方法：1、明确研究对象(1)经病理确诊的早发性结直肠癌病例；(2)发病年龄≤50岁。本研究共纳入687个病例和3650个对照进行风险位点的鉴定。2、酚-氯仿法提取外周血基因组DNA，按常规方法操作。通常能得到20-50ng/μLDNA，纯度(紫外260OD与280OD比值)在1.6-2.0。3、全基因组SNPs位点检测(1)取受试者全基因组DNA样本，包括397个病例和1795个对照；(2)利用IlluminaHumanOmniZhongHuaBeadChips芯片进行全基因组SNPs位点扫描；(3)通过拟合logistic回归分析，比较各基因型在早发性结直肠癌病例与对照中的分布差异。4、单个SNP的TaqManMGB探针法基因分型(1)取受试者全基因组DNA样本，包括281个病例和1855个对照；(2)设计单个SNP的特异性扩增引物和探针引物；(3)PCR扩增反应；(4)通过拟合logistic回归分析，比较早发性结直肠癌与健康对照中不同基因型的分布差异。5、构建GRS模型(1)基于上述全基因组扫描和单个SNP检测策略，通过拟合logistic回归模型鉴定出与早发性结直肠癌发病风险密切相关SNPs位点，包括rs10904012，rs12635144，rs2964283，rs3747926，rs59306779和rs6135530。(2)以现有回归系数作为权重，构建加权遗传风险得分模型(wGRS模型)。(3)利本文档来自技高网...

【技术保护点】
早发性结直肠癌辅助诊断的遗传生物标志物，其特征在于所述标志物为rs10904012，rs12635144，rs2964283，rs3747926，rs59306779和rs6135530的组合。

【技术特征摘要】
1.早发性结直肠癌辅助诊断的遗传生物标志物，其特征在于所述标志物为rs10904012，rs12635144，rs2964283，rs3747926，rs59306779和rs6135530的组合。2.权利要求1所述的早发性结直肠癌辅助诊断的遗传生物标志物的特异性扩增引物，其特征在于引物分别为：rs10904012的引物序列为SEQIDNo.1和SEQIDNo.2；rs12635144的引物序列为SEQIDNo.5和SEQIDNo.6；rs2964283的引物序列为SEQIDNo.9和SEQIDNo.10；rs3747926的引物序列为SEQIDNo.13和SEQIDNo.14；rs59306779的引物序列为SEQIDNo.17和SEQIDNo.18；rs6135530的引物序列为SEQIDNo.21和SEQIDNo.22。3.权利要求1所述的早发性结直肠癌辅助诊断的遗传生物标志物的特异性探针引物，其特征在于探针引物分别为：rs10904012的引物序列为SEQIDNo.3和SEQIDNo.4；rs12635144的引物序列为SEQIDNo.7和SEQIDNo.8；rs2964283的引...

【专利技术属性】
技术研发人员：王美林，张正东，杜牧龙，辛俊逸，顾冬英，朱陵君，陈锦飞，储海燕，
申请(专利权)人：南京医科大学，
类型：发明
国别省市：江苏,32