DDR2突变作为黑素瘤或基底细胞癌的可靶向的特征制造技术

本申请涉及DDR2突变作为黑素瘤或基底细胞癌的可靶向的特征，具体地描述了用于诊断基于DDR2基因中突变的黑素瘤或基底细胞癌的方法。此外，BRAF突变的黑素瘤的不同亚群在DDR2基因中也具有体细胞突变。该发现在常规诊断的应用包括黑素瘤的分子分层，和在常规福尔马林固定石蜡包埋切片中的可靶向的DDR2激酶突变的组织鉴定。本文描述了方法、组合物和试剂盒，其涉及DDR2突变可一般地作为针对黑素瘤(特别是BRAF介导的黑素瘤)的标记的发现，这为通过靶向DDR2和BRAF进行针对黑素瘤的双重治疗开辟了可能性。

The DDR2 mutation is a targeted feature of melanoma or basal cell carcinoma

The present invention relates to the DDR2 mutation as a targeted feature of melanoma or basal cell carcinoma and specifically describes a method for diagnosing melanoma or basal cell carcinoma based on mutations in the DDR2 gene. In addition, BRAF mutations in different subsets of melanoma also have somatic mutations in the DDR2 gene. The findings in routine diagnostic applications include molecular stratification of melanoma, and tissue identification of targeted DDR2 kinase mutations in conventional formalin fixed paraffin embedded sections. This paper describes the methods, compositions and kits, which relates to the DDR2 mutation can be generally used for melanoma (especially BRAF mediated melanoma) marker found that by targeting DDR2 and BRAF for the treatment of melanoma opens up the possibility of double.

【技术实现步骤摘要】
DDR2突变作为黑素瘤或基底细胞癌的可靶向的特征本专利技术申请是基于申请日为2013年12月26日、申请号为201380073712.X(国际申请号为PCT/US2013/077832)、名称为“DDR2突变作为黑素瘤或基底细胞癌的可靶向的特征”的专利技术专利申请的分案申请。
本技术涉及在黑素瘤和基底细胞癌中DDR2基因中的新型突变。
技术介绍
提供下列说明书以辅助读者理解。并不承认所提供的信息或引用的参考文献是本专利技术的现有技术。黑素瘤和基底细胞癌皮肤癌是所有癌症中最为常见的一种，每年使多于一百万美国人受到其痛苦，该数字在快速上升中。如果在早期诊断和治疗，其也是最容易治愈的一种。如果使其发展至蔓延到其它位点的程度，则预后很差。目前每年出现多于8000例黑素瘤死亡。黑素瘤是黑素细胞的恶性肿瘤。黑素细胞主要存在于皮肤、皮肤的外层(表皮)和下一层(真皮)之间，但其也在身体的其他部分发现，包括肠和眼部(参见葡萄膜黑素瘤)。黑素瘤可在身体包含黑素细胞的任何部位或作为未知的原发病灶的转移性肿瘤发生。黑素瘤相比其他皮肤癌较不常见但其危险得多并引起与皮肤癌相关的死亡的大多数(75％)。黑素瘤源于对黑素细胞的DNA损伤。该疾病的早期通常始于将肿瘤限制在表皮的径向生长期，然后是真皮的“垂直生长期”(VGP)。一些黑素瘤获得进一步的侵入潜力，生长入周围的组织并可能通过血液或淋巴管蔓延到身体各处以形成转移。在VGP过程中针对肿瘤的免疫反应可通过肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)的存在和活性来判断。这些细胞有时攻击原发肿瘤，且在某些情况中，原发肿瘤随只有转移性肿瘤的诊断消退(regress)。多重遗传事件已与黑素瘤的发病机制(疾病进展)相关。一些黑素瘤病例具有清楚的遗传素因。在CDKN2A、CDK4、MC1R、MDM2SNP309和与着色性干皮(XP)相关的基因中的种系突变使患者易患黑素瘤。家族性黑素瘤的其他情况是遗传异质性的，且已在染色体臂1p、9p和12q上鉴定针对家族性黑素瘤的推定基因座。临床和病理诊断黑素瘤首先通常通过对皮肤色素病变的目视检查检测，值得注意的是显示以下的那些：(A)不对称性，(B)不均匀、参差不齐或有缺口的边界，(C)不同深浅的棕色，黑色或棕褐色的颜色和(D)近期大小上变化的直径。相反，非肿瘤性的色素痣(moles)或痣(nevi)是对称的，具有常规边界，甚至着色，并随时间不显示大小/直径的变化。诊断主要关注的是在良性痣、可随时间显示进展的发育异常的痣和黑素瘤间进行区分。颜色和形状不规则的色素痣接受进一步针对黑素瘤的病情检查。通过目视检查和镜下皮肤检查或体内诊断工具如共聚焦显微镜，通常获得可疑的色素痣的样品(活检)。样品制备当已鉴定非典型色素痣时，进行皮肤活检以对其进行最佳诊断。使用局部麻醉以使该区域麻木，随后对所述色素痣进行活检。随后将活检材料送至实验室由病理学家进行评估。皮肤活检可以是打孔或刮样活检，或完全切除。完全切除是优选的方法，但如果患者具有美容上的顾虑(即所述患者不想要疤痕)且病灶/损害(lesion)较小，则打孔活检也可满足。由于横切黑素瘤且由此损失重要的预后信息的风险，因此通常应避免铲或深刮活检。大多数皮肤科医生和皮肤病理学家基于病灶/损害如何对称和黑素细胞中细胞学非典型的程度使用诊断方案用于对黑素细胞/损害分类。在该分类中，将痣分类为明确良性、非典型/发育异常或明确黑素瘤。良性痣不展示明显的细胞学非典型并对称生长。可认为非典型的痣具有非对称生长和/或具有(温和的、适度的或严重的)细胞学非典型。通常，细胞学非典型相比结构非典型引起更重要的临床顾虑。与黑素瘤一起，具有适度和严重细胞学非典型的痣可能需要进一步切除以确保手术切缘是病灶/损害的彻底清除。黑素瘤的皮肤活检报告的重要方面包括样式(pattern)(原位组分、径向或垂直生长的存在/不存在)、侵入深度、淋巴细胞浸润的存在、血管或淋巴管侵入的存在/不存在、先前存在的良性黑素瘤的存在/不存在和有丝分裂指数。针对非典型痣和黑素瘤皮肤活检报告的其他重要方面是对于病理学家指示切缘是否清除了肿瘤。如果在边缘存在任何非典型黑素细胞或如果确诊黑素瘤，则实施再次切除。也可基于在初始生物活检和再次切除所见的肿瘤参数实施淋巴结切除。可对黑素瘤生物活检、再次切除或淋巴结转移样品实施进一步的分子测试以对可靶向的遗传改变进行评估来帮助选择最佳疗法。BRAFBRAF是产生称为B-Raf蛋白的人基因。还将该基因称作原癌基因B-Raf和v-Raf鼠类肉瘤病毒原癌基因同源物B1，而蛋白则更正式称为丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶B-Raf。B-Raf是丝氨酸/苏氨酸特异性蛋白激酶的Raf激酶家族成员。该蛋白在调节MAP激酶/ERK信号传导途径中发挥作用，其影响细胞分离、分化和生长因子表达。在2002年，BRAF在人癌症中显示突变。已鉴定了多于30种与人癌症相关的BRAF基因的突变。BRAF突变的频率在人癌症中广泛变化，从黑素瘤和一些良性痣类型中的约60％至常见癌症如肺腺癌(ACA)和结肠直肠癌中的约1-10％。在90％的BRAF突变的肿瘤中，在核苷酸1799处的胸腺嘧啶取代为腺嘌呤。这导致激活片段中在密码子600处的缬氨酸(V)由谷氨酸(E)取代(V600E)。在乳头状甲状腺癌、结肠直肠癌、黑色素瘤和非小细胞肺癌中已广泛观察到该突变。在2011年六月，意大利的科学家团队使用了大规模平行测序在毛发细胞白血病的100％病例中查明突变V600E为可能的驱动突变。比较少见的是，V600E突变还可通过双核苷酸取代发生。已发现的BRAF突变为R462I、I463S、G464E、G464V、G466A、G466E、G466V、G469A、G469E、N581S、E586K、D594V、F595L、G596R、L597V、T599I、V600D、V600E、V600K、V600R、K601E、E602K和A728V等。这些突变大多聚集在基因的两个区中：N叶(lobe)的甘氨酸富集P环和活化区段和侧翼区。这些突变的许多使活化区段从失活状态变为活化状态。例如，在V600突变中，P环中的Val600的脂肪族侧链与Phe467的苯环相互作用。用更大的带电残基替换中等大小的疏水Val侧链(如在人肿瘤中发现的Val至Glu、Asp、Lys或Arg的变化)可使在失活构象中维持DFG基序的相互作用变得不稳定，导致活性位置中的构象位移。每种BRAF激酶突变对MEK磷酸化活性具有不同影响，其中多数突变相比未突变的B-Raf蛋白具有更高的磷酸化活性，但一些突变显示降低的或者甚至不存在的激酶活性，称为“抑制性”BRAF突变。这些抑制性突变的影响表现为激活野生型C-Raf，其随后传递信号至ERK。BRAF还已成为用于肿瘤治疗的重要药物靶标。已开发治疗由BRAF突变驱动的癌症的药物。2011年8月17日，其中之一维罗非尼由FDA批准用于治疗晚期黑素瘤。其他BRAF-定向的激酶抑制剂包括GDC-0879、PLX-4720、苯磺酸索拉非尼、达拉非尼和LGX818。DDR2盘状结构域受体家族成员2，还称为DDR2或CD167b(167b分化簇)，是响应胞外信号调节细胞生长、分化和代谢的受体酪氨酸激酶(RTK)。先前已在3-4本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种在个体中诊断黑素瘤的方法，其包括：(a)分析来自所述个体的生物样品，(b)检测所述样品中编码具有突变的DDR2蛋白的核酸的存在，所述突变选自下组：R105C、P321L、R458H、S467F、P476S、I488S、F574C、S667F、S674F、R680L、L701F、R742Q和T836A，和(c)当检测到所述突变时，将所述个体诊断为患有黑素瘤，由此指示所述个体患有黑素瘤，优选地所述黑素瘤是晚期黑素瘤。

【技术特征摘要】
2012.12.27 US 61/746,303;2013.09.06 US 61/874,6601.一种在个体中诊断黑素瘤的方法，其包括：(a)分析来自所述个体的生物样品，(b)检测所述样品中编码具有突变的DDR2蛋白的核酸的存在，所述突变选自下组：R105C、P321L、R458H、S467F、P476S、I488S、F574C、S667F、S674F、R680L、L701F、R742Q和T836A，和(c)当检测到所述突变时，将所述个体诊断为患有黑素瘤，由此指示所述个体患有黑素瘤，优选地所述黑素瘤是晚期黑素瘤。2.一种在个体中诊断黑素瘤的方法，其包括：(a)分析来自所述个体的生物样品，(b)检测所述样品中具有突变的DDR2蛋白的存在，所述突变选自下组：R105C、P321L、R458H、S467F、P476S、I488S、F574C、S667F、S674F、R680L、L701F、R742Q和T836A，和(c)当检测到所述突变时，将所述个体诊断为患有黑素瘤，由此指示所述个体患有黑素瘤，优选地所述黑素瘤是晚期黑素瘤。3.一种在个体中诊断基底细胞癌(BCC)的方法，其包括：(a)分析来自所述个体的生物样品，(b)检测所述样品中编码具有突变的DDR2蛋白的核酸的存在，所述突变选自下组：N146K、R399Q和S702F，和(c)当检测到所述突变时，将所述个体诊断为患有BCC，由此指示所述个体患有BCC。4.一种在个体中诊断基底细胞癌(BCC)的方法，其包括：(a)分析来自所述个体的生物样品，(b)检测所述样品中具有突变的DDR2蛋白的存在，所述突变选自下组：N146K、R399Q和S702F，和(c)当检测到所述突变时，将所述个体诊断为患有...

【专利技术属性】
技术研发人员：D·M·琼斯，Y·王，S·比洛因弗雷泽，J·温德姆，
申请(专利权)人：奎斯特诊断投资股份有限公司，
类型：发明
国别省市：美国,US