一种与大豆耐盐性相关的QTL、SNP分子标记及应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与大豆耐盐性相关的QTL，位于2号染色体的M7322‑M7321‑M7306区间，由SNP分子标记M7322、M7321、M7306定位。与该QTL紧密连锁的分子标记为M7322、M7321、M7306，M7322的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，M7321的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，M7306的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。本发明专利技术还公开了一种与大豆耐盐性相关的QTL的应用，该QTL和分子标记可用于分子标记辅助选择育种，显著提高耐盐性材料的选择效率，为进一步丰富大豆耐盐性调控网络提供了一种最经济有效的分子育种新途径。

A QTL and SNP molecular marker related to salt tolerance of soybean and its application

The invention discloses a salt resistant soybean and related QTL, located on chromosome 2 M7322 M7321 M7306 interval, by SNP molecular markers M7322, M7321, M7306. The molecular markers closely linked with the QTL for M7322, M7321, M7306, M7322 of the nucleotide sequence of SEQ ID NO.1, M7321 nucleotide sequence of SEQ ID NO.2 shows, the nucleotide sequence of M7306 is shown as SEQ ID NO.3. The invention also discloses a soybean salt tolerance related to the application of QTL, the QTL and molecular markers can be used for molecular marker assisted breeding, significantly improve the selection efficiency for salt tolerance materials, to further enrich the soybean salt tolerance regulatory network provides a new way for molecular breeding is the most economical and effective.

【技术实现步骤摘要】
一种与大豆耐盐性相关的QTL、SNP分子标记及应用
本专利技术属于分子生物学
，具体涉及一种与大豆耐盐性相关的QTL、SNP分子标记及应用。
技术介绍
近年来，我国约有10％的耕地出现了不同程度的盐渍化，我国北方粮食主产区降水量很少，导致含盐地下水上升，盐分停留在土壤中；滨海地区受到海水的侵蚀，土壤盐碱化也不断扩大。盐胁迫对大豆生长发育和产量有很大的影响，根据高盐胁迫下植物正常生长的比率对植物进行盐胁迫耐受性分级，分级结果显示栽培大豆是一种中度耐盐的农作物。大豆的耐盐性取决于其自身对盐胁迫的耐受能力，不同品种的耐受能力不同。目前，通过连锁分析对大豆耐盐性相关基因进行了广泛的数量性状基因位点(Quantitativetraitlocus，QTL)定位研究，通过定位发现大豆耐盐性相关QTL主要集中在3号染色体上，这些耐盐性相关的QTL赋予了大豆显著的耐盐性，并且耐盐QTL在野生大豆种和栽培大豆种中是非常保守的。但是，目前耐盐性相关QTL的作用机理及应用研究还尚未充分进行，尚未形成可有效用于育种的状况。因此，有必要寻找一个可以更有效反应大豆耐盐性QTL以及与其相关的SNP(Singlenucleotidepolymorphism，单核苷酸的多态性)分子标记，进而在大豆耐盐性遗传改良中应用。
技术实现思路
本专利技术提供的一种与大豆耐盐性相关的QTL、SNP分子标记，与大豆耐盐性性状紧密相关，可以作为大豆耐盐性状改良中的分子标记辅助选择，从而加速大豆耐盐性状的改良进程。本专利技术的第一个目的是提供一种与大豆耐盐性相关的QTL，与大豆耐盐性相关的QTL位于2号染色体的M7322-M7321-M7306区间，由SNP分子标记M7322、M7321、M7306定位。本专利技术的第二个目的是提供一种与上述的QTL紧密连锁的SNP分子标记，所述SNP分子标记为M7322，M7322的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，M7322的扩增引物为：M22F：5’-ACGAGAAAGCCCAAGGTT-3’，如SEQIDNO.4所示；M22R：5’-ACTCGGAGCATCTCTGATAAG-3’，如SEQIDNO.5所示。本专利技术的第三个目的是提供一种与上述的QTL紧密连锁的SNP分子标记，所述分子标记为M7321，M7321的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示，M7321的扩增引物为：M21F：5’-TGTTGGTTTCTTTGGAGGG-3’，如SEQIDNO.6所示；M21R：5’-AACCCAGGTGATTCCAGGT-3’，如SEQIDNO.7所示。本专利技术的第四个目的是提供一种与上述的QTL紧密连锁的SNP分子标记，所述分子标记为M7306，M7306的核苷酸序列如SEQIDNO.3所示，M7306的扩增引物为：M06F：5’-GGTAAGCAAACCAGAGTATCCT-3’如SEQIDNO.8所示；M06R：5’-CCTCAACTGAATGGTTTGG-3’，如SEQIDNO.9所示。本专利技术的第五个目的是提供一种上述QTL在大豆耐盐性性状选育中的应用。本专利技术的第六个目的是提供一种上述SNP分子标记，在大豆耐盐性性状分子标记辅助选择选育中的应用。与现有技术相比，本专利技术提供的一种与大豆耐盐性相关的QTL，具有以下有益效果：(1)迄今为止，大豆耐盐性QTL定位大多只是初级定位，耐盐性属于典型的数量性状，对其定位的精确性较差。QTL随机定位是在不同组合的不同遗传背景下发生多样化的重组过程，因此定位的QTL具有杂交组合特异性，标记区间过大，随着世代和遗传背景的改变可能会丧失，不利于应用。本专利技术筛选的作图区间M7306-M7321-M7322仅为1.007cM，距离很小，且筛选出的分子标记M7322、M7321、M7306均与大豆耐盐性的性状紧密连锁、显著相关，可用于分子标记辅助选择育种，能够显著提高耐盐性材料的选择效率，为进一步丰富大豆耐盐性调控网络提供了一种最经济有效的分子育种新途径。(2)以M7321居中的M7306-M7321-M7322的QTL区间，其中M7321为LOD最高点，其贡献率为12.61％。与此标记紧密相连的QTL的加性效应为正值，即长岭野生豆为该QTL的供体，即长岭野生豆该位点基因使盐胁迫耐受力增强。无论是从QTL的定位，还是QTL对表型的贡献率来看，以M7321居中的M7322-M7321-M7306的区间都是大豆耐盐性的理想标记区间。附图说明图1是位于2号染色体上的50-150cM遗传图谱部分与耐盐性有关的QTL的扫描结果；图2是位于2号染色体上M7322-M7321-M7306区间的遗传图谱及QTL作图区间。具体实施方式下面结合附图和具体实施例对本专利技术进行详细说明，但不应理解为本专利技术的限制。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法，下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。本专利技术提供的一种与大豆耐盐性相关的QTL，与大豆耐盐性相关的QTL位于2号染色体的M7322-M7321-M7306区间，由SNP分子标记M7322、M7321、M7306定位。具体按照以下方法获得：一、遗传群体的构建以耐盐性低的大豆地方品种一千粒为母本，耐盐性高的长岭野生豆为父本，进行有性杂交，F1代选择长势良好的单株收获，然后采用单粒传法，繁种加代到F5，接着单株收获，次年种成株行，连续种植3代，获得F5:8家系，从中随机选取200个家系进行遗传图谱构建。二、遗传图谱的构建1.用CTAB法提取上述亲本及200个子代F5:8家系的DNA，用Thermonanodrop2000检测DNA浓度，并用1％琼脂糖电泳检测DNA的纯度及完整性。2.利用北京百迈客生物科技有限公司自主研发的SLAF-seq技术和HighMap软件对2个亲本和200个子代开发高密度分子标签，进行遗传图谱构建，具体步骤如下：(1)基因组酶切：利用酶切预测软件对已公布大豆参考基因组进行酶切预测，选择内切酶RsaI和HaeIII对检测合格的各样品基因组进行酶切，然后选择基因组片段范围在364-414bp的SLAF-seq片段。(2)基因测序：对得到的SLAF-seq片段用KlenowFragment(3′→5′exo–)(NEB)和dATP在37℃下进行3′端加A处理，连接Dual-index测序接头，然后进行PCR扩增及PCR扩增产物的纯化、切胶回收目的片段，并对回收的目的片段进行cDNA文库质检，cDNA文库质检合格后用IlluminaHiSeqTM2500进行测序。为评估建库实验的准确性，选用水稻(Oryzasativa)作为对照(Control)进行相同的处理参与建库和测序。所述PCR扩增使用的引物为F：AATGATACGGCGACCACCGA和R：CAAGCAGAAGACGGCATACG。利用AgencourtAMPureXPbeads(BeckmanCoulter,HighWycombe，UK)进行PCR扩增产物的纯化。(3)SNP标签与基因分型：根据测序Reads在参考基因组上的定位结果，利用GATK软件进行局部重比对(LocalRealignment)和变异检测，同时采用samtools软件进行变异检测，取GAT本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种与大豆耐盐性相关的QTL，其特征在于，与大豆耐盐性相关的QTL位于2号染色体的M7322‑M7321‑M7306区间，由SNP分子标记M7322、M7321、M7306定位。

【技术特征摘要】
1.一种与大豆耐盐性相关的QTL，其特征在于，与大豆耐盐性相关的QTL位于2号染色体的M7322-M7321-M7306区间，由SNP分子标记M7322、M7321、M7306定位。2.一种与权利要求1所述的QTL紧密连锁的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记为M7322，M7322的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，M7322的扩增引物为：M22F：5’-ACGAGAAAGCCCAAGGTT-3’，如SEQIDNO.4所示；M22R：5’-ACTCGGAGCATCTCTGATAAG-3’，如SEQIDNO.5所示。3.一种与权利要求1所述的QTL紧密连锁的SNP分子标记，其特征在于，所述分子标记为M7321，M7321的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示，M7321的...

【专利技术属性】
技术研发人员：邱红梅，王跃强，王丽，王洋，马晓萍，高淑芹，姚丽颖，侯云龙，陈健，胡金海，
申请(专利权)人：吉林省农业科学院，
类型：发明
国别省市：吉林,22