无参转录组自动化分析方法技术

本发明专利技术公开的一种无参转录组自动化分析方法，包括如下步骤：1)输入要进行分析的项目信息步骤；2)开始标准分析步骤；3)查看程序输出和运行日志步骤。本发明专利技术的有益效果在于：基于Perl语言和PBS集群管理软件的自动化分析流程，可进行批量项目分析，自动衔接分析项目，提高服务器使用效率，减少分析人员的分析压力，便于控制分析内容。

Automatic analysis method without reference transcriptome

The invention discloses a non parametric automatic transcriptome analysis method, which comprises the following steps: 1) input to analyze the project information; 2) to standard analysis steps; 3) to see the program output and operation log steps. The invention has the advantages that: process automation Perl language and PBS cluster management software based on the analysis, can be used for batch project analysis, automatic analysis of Cohesion Project, improve server utilization efficiency, reduce the pressure of personnel analysis, content analysis and easy to control.

【技术实现步骤摘要】
无参转录组自动化分析方法
本专利技术涉及生物信息分析
，尤其涉及无参转录组分析系统及方法，特别涉及无参转录组自动化分析方法。
技术介绍
随着第二代测序技术的迅猛发展，其高通量、快速、低成本的特点成为越来越多的生物学研究者在解决生物学问题时的首选，尤其在转录组测序方面更显示出极大的潜力。转录组(transcriptome)即特定生物体在某种状态下所有基因转录产物的总和，也是连接基因组遗传信息与生物功能(蛋白质组)的必然纽带。转录组研究是功能基因组研究的一项重要内容。相对于真核生物全基因组测序来说，转录组测序得到的序列不含有内含子及其它非编码序列，因此转录组测序有着无可比拟的高性价比优势。研究基因组结构的复杂性及遗传语言的根本规律，需要对测序所得的海量数据进行精准且全面的揭示和分析。目前转录组测序及分析技术可以解决新基因的深度发掘、低丰度转录本的发现、转录图谱绘制、可变剪接的调控、代谢途径确定、基因家族鉴定及进化分析等各方面的问题。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，已经被广泛应用于医学、农学等各个领域。目前现存的转录组分析方式存在以下缺陷：每项分析内容可选软件很多，不同本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种无参转录组自动化分析方法，其特征在于，包括如下步骤：1)输入要进行分析的项目信息步骤将项目开题单号、物种类型、email、KAAS注释参考物种、样品过滤数据、样品分组以及需要分析的项目以一行表示一个信息进行输入；2)开始标准分析步骤根据步骤1)所设定的需要分析的项目，进行后续分析，该步骤默认的标准流程包括转录本拼接、Unigene聚类、Unigene功能注释、表达定量、表达差异富集分析以及结构分析；3)查看程序输出和运行日志步骤在分析进行过程中，如果程序出现问题，会将错误信息保存到对应的分析项目的目录下，同时分析流程使用的命令也会写入日志文件；通过检查日志文件和错误信息，保证分析结果的正确...

【技术特征摘要】
1.一种无参转录组自动化分析方法，其特征在于，包括如下步骤：1)输入要进行分析的项目信息步骤将项目开题单号、物种类型、email、KAAS注释参考物种、样品过滤数据、样品分组以及需要分析的项目以一行表示一个信息进行输入；2)开始标准分析步骤根据步骤1)所设定的需要分析的项目，进行后续分析，该步骤默认的标...

【专利技术属性】
技术研发人员：沈立，王智健，姜丽荣，孙子奎，
申请(专利权)人：上海派森诺生物科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：上海,31