裸鼹鼠MHC基因SNP位点及其应用制造技术

本发明专利技术属于生物技术检测领域，具体涉及裸鼹鼠MHC基因SNP位点及其应用。本发明专利技术的裸鼹鼠MHC基因SNP位点，位于裸鼹鼠基因组序列NW_004624754.1上：G23900093A、A23727234G、G23764780A、A24081146G，以及C24080600T。本发明专利技术首次建立裸鼹鼠的SNP标记位点，可用于裸鼹鼠群落的遗传多态性检测，为裸鼹鼠的SNP多态性检测奠定坚实的基础。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物技术检测领域，具体涉及裸鼹鼠MHC基因SNP位点，以及将该些SNP位点可用于裸鼹鼠种群遗传多样性检测。
技术介绍
裸鼹鼠不仅寿命是啮齿类中最长的，还具备抗自发及实验性肿瘤的特性。另外，大量的报道表明裸鼹鼠具有哺乳动物罕见的诸多特点：其皮肤缺乏P物质，无痛觉；可在低氧条件下长期生存，具备较强的耐低氧能力；以蜜蜂式群居，群落中有一个雌性王鼠专门从事繁殖工作；繁殖力旺盛，雌王鼠即使进入老年期仍能保持旺盛的生殖能力。因此，作为一种新型实验动物，近年来裸鼹鼠得到国际上的广泛重视，但是对于其遗传学的研究目前报道较少。遗传背景清晰是裸鼹鼠实验动物化的重要前提，因此，裸鼹鼠的遗传学研究迫在眉睫，尤其是分子遗传学研究。单核苷酸多态性(SNP)，即基因组水平上的单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性。目前，SNP占所有已知多态性的90％以上，且在不同群体中的分布频率也有一定差异，该差异可以代表某一群体或亚群的遗传差异。SNP是于限制性内切酶技术、微卫星标记技术之后的第三代分子遗传学检测技术。目前SNP检测方法有PCR-RFLP，PCR-SSCP，AS-PCR，测序以及基因芯片等。但至今为止，对于裸鼹鼠的分子遗传学研究，仅见限制性内切酶技术以及微卫星标记技术的报道，尚未见SNP标记的相关研究报道。
技术实现思路
为了解决上述检测技术的不足，本专利技术筛选并建立了裸鼹鼠MHC基因序列的SNP位点，以及该些SNP位点在检测裸鼹鼠MHC基因型中的应用。本专利技术的目的通过以下技术方案来实现：本专利技术的第一目的在于提供裸鼹鼠MHC基因SNP位点，位于裸鼹鼠基因组序列NW_004624754.1上：多态性位点G23900093A基因型为G/A，位点位置为第23900093个碱基，序列位置：NW_004624754.1：23899921-23900100；核苷酸序列如SEQIDNo.1-2所示；多态性位点A23727234G基因型为A/G，位点位置为第23727234个碱基，序列位置：NW_004624754.1：23727192-23727560；核苷酸序列如SEQIDNo.3-4所示；多态性位点G23764780A基因型为G/A，位点位置为第23764780个碱基，序列位置：NW_004624754.1：23764601-23764870；核苷酸序列如SEQIDNo.5-6所示；多态性位点A24081146G基因型为A/G，位点位置为第24081146个碱基，序列位置：NW_004624754.1：24081291-24080842；核苷酸序列如SEQIDNo.7-8所示；多态性位点C24080600T基因型为C/T，位点位置为第24080600个碱基，序列位置：NW_004624754.1:24080751-24080392；核苷酸序列如SEQIDNo.9-10所示。本专利技术的第二目的在于提供针对上述各SNP位点对应的引物对，具体如表1所示：多态性位点G23900093A的引物，核苷酸序列如SEQIDNo.11-12所示。多态性位点A23727234G的引物，核苷酸序列如SEQIDNo.13-14所示。多态性位点G23764780A的引物，核苷酸序列如SEQIDNo.15-16所示。多态性位点A24081146G的引物，核苷酸序列如SEQIDNo.17-18所示。多态性位点C24080600T的引物，核苷酸序列如SEQIDNo.19-20所示。表1.本专利技术的再一目的在于提供上述SNP位点和引物对在检测裸鼹鼠MHC基因型中的应用。本专利技术的另一目的在于提供一种检测裸鼹鼠MHC基因型的方法，包括：使用上述SNP位点和引物对待测裸鼹鼠进行检测时，确定所述待测裸鼹鼠MHC基因型。所述检测裸鼹鼠MHC基因型的方法，包括以下步骤：提取待测裸鼹鼠的基因组DNA；使用权利要求2所述的引物对，将所述待测裸鼹鼠的基因组DNA进行PCR扩增，获得PCR扩增产物；对所述PCR扩增产物进行测序，获得测序结果；基于所述测序结果，确定所述待测裸鼹鼠的所述SNP位点的基因型。主要组织相容性复合体((majorhistocompatibilitycomplex，MHC)是具有序列保守以及高多态性的基因家族。其多态性与免疫排斥、免疫发生发展密切相关，有助于扩大种群对抗原肽的提呈范围，有利于维持种群的生存和延续。裸鼹鼠MHC基因序列上的SNP标记位点的信息筛选及建立，可作为鉴定裸鼹鼠基因型的方法，应用于裸鼹鼠种群遗传多样性的检测和免疫学的研究。使用SNP位点引物针对基因组DNA水平进行检测，剪取群落中裸鼹鼠的尾尖部提取基因组DNA，以基因组DNA为模板，使用相对应SNP位点的引物以及保真taq酶进行PCR，目的片段测序，测序结果与基因组数据库的目的片段序列进行比对，得出目的基因的基因型。本专利技术首次建立裸鼹鼠的SNP标记位点，可用于裸鼹鼠群落的遗传多态性检测，为裸鼹鼠的SNP多态性检测奠定坚实的基础。附图说明图1为SNP位点G23900093A测序比对结果；图2为SNP位点A23727234G测序比对结果；图3为SNP位点G23764780A测序比对结果；图4为SNP位点A24081146G测序比对结果；图5为SNP位点C24080600T测序比对结果；上述图1-图5，方框为比对结果的突变位点；划下标线处为正反引物所在位置；A、B、C、D分别为裸鼹鼠个体。具体实施方式下面结合具体实施例，进一步阐述本专利技术。应理解，这些实施例仅用于说明本专利技术而不用于限制本专利技术的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。除非另外说明，否则百分比和份数按重量计算。除非另行定义，文中所使用的所有专业与科学用语与本领域熟练人员所熟悉的意义相同。此外，任何与所记载内容相似或均等的方法及材料皆可应用于本专利技术中。文中所述的较佳实施方法与材料仅作示范之用。实施例1裸鼹鼠MHC基因SNP位点的获得随机剪取裸鼹鼠种群中4个个体(A、B、C、D)的尾尖部提取基因组DNA，以基因组DNA为模板，引物为5个SNP位点对应的引物，使用高保真扩增酶分别进行PCR。接着双向测序扩增产物，将测序结果进行比对。检测步骤：1)提取基因组DNA：随机剪取裸鼹鼠群落(裸鼹鼠群落为本实验室饲养)中4个个体的本文档来自技高网...

【技术保护点】
裸鼹鼠MHC基因SNP位点，其特征在于，位于裸鼹鼠基因组序列NW_004624754.1上：多态性位点G23900093A基因型为G/A，位点位置为第23900093个碱基，序列位置：NW_004624754.1：23899921‑23900100；核苷酸序列如SEQ ID No.1‑2所示；多态性位点A23727234G基因型为A/G，位点位置为第23727234个碱基，序列位置：NW_004624754.1：23727192‑23727560；核苷酸序列如SEQ ID No.3‑4所示；多态性位点G23764780A基因型为G/A，位点位置为第23764780个碱基，序列位置：NW_004624754.1：23764601‑23764870；核苷酸序列如SEQ ID No.5‑6所示；多态性位点A24081146G基因型为A/G，位点位置为第24081146个碱基，序列位置：NW_004624754.1：24081291‑24080842；核苷酸序列如SEQ ID No.7‑8所示；多态性位点C24080600T基因型为C/T，位点位置为第24080600个碱基，序列位置：NW_004624754.1:24080751‑24080392；核苷酸序列如SEQ ID No.9‑10所示。...

【技术特征摘要】
1.裸鼹鼠MHC基因SNP位点，其特征在于，位于裸鼹鼠基因组序列
NW_004624754.1上：
多态性位点G23900093A基因型为G/A，位点位置为第23900093个碱基，序
列位置：NW_004624754.1：23899921-23900100；核苷酸序列如SEQIDNo.1-2
所示；
多态性位点A23727234G基因型为A/G，位点位置为第23727234个碱基，序
列位置：NW_004624754.1：23727192-23727560；核苷酸序列如SEQIDNo.3-4
所示；
多态性位点G23764780A基因型为G/A，位点位置为第23764780个碱基，序
列位置：NW_004624754.1：23764601-23764870；核苷酸序列如SEQIDNo.5-6
所示；
多态性位点A24081146G基因型为A/G，位点位置为第24081146个碱基，序
列位置：NW_004624754.1：24081291-24080842；核苷酸序列如SEQIDNo.7-8
所示；
多态性位点C24080600T基因型为C/T，位点位置为第24080600个碱基，序
列位置：NW_004624754.1:24080751-24080392；核苷酸序列如SEQIDNo.9...

【专利技术属性】
技术研发人员：崔淑芳，林丽芳，程继帅，杨文静，肖邦，丛薇，赵善民，余琛琳，
申请(专利权)人：中国人民解放军第二军医大学，
类型：发明
国别省市：上海;31