本发明专利技术涉及与猪产仔数性状相关的SNP位点，具体涉及猪3号染色体上一个与窝产仔数相关的SNP位点及其引物，属生物技术领域。该SNP位点为基因组版本NCBI Build Sscrofa 10.2的Chr3:59516174；该位点的等位基因为T和C，有C/C、T/C和T/T三种基因型，扩增该位点的引物及延伸引物为：Chr3-2-PCRU：5’-TAG TGG CCT CTT CCT GTC AC-3’；Chr3-2-PCRL：5’-CAA AAT AAG GAG CTG GTT CCT-3’；Chr3-2-SNPU：5’-AGG GGC AGC ACA GGC CCC CAT TCA G-3’。带有T/C基因型的猪产仔数高于C/C基因型,T为提高猪产仔数的有益等位基因并且T/C杂合猪产仔数最高。本发明专利技术的有益效果在于：全基因组重测序方法能够快速、批量地筛选与性状相关的SNP位点或基因，基因组版本NCBI Build Sscrofa 10.2的Chr3:59516174这个位点能够作为遗传标记用于猪的遗传育种提高母猪的产仔数。
【技术实现步骤摘要】
：本专利技术涉及与猪产仔数性状相关的SNP位点，具体涉及猪3号染色体上一个与窝产仔数相关的SNP位点及其引物，属生物
技术介绍
：猪的产仔数性状是猪繁殖性状的主要组成部分，提高猪产仔数对提高养猪业的总体经济效益意义重大。我国的太湖猪以高产而闻名，窝产仔数比大多数其它中国地方猪种以及国外猪种的窝产仔数多4-5头(《中国猪品种志》张仲葛主编，上海科技出版社，1986)。太湖猪中与高产仔数相关的多态位点，能够作为遗传标记用于提高母猪的产仔数。全基因组重测序方法已广泛应用于各个物种的相关研究，它能够快速全面地筛选出与性状、功能相关的基因或突变位点，弥补了QTL定位以及候选基因方法费时费力、单一等不足。在国内外尚未见本专利技术中SNP位点与猪窝产仔数相关的公开文献报道。
技术实现思路
：本专利技术的目的是提供猪3号染色体上一个与窝产仔数相关的SNP位点及其引物。本专利技术选择了二花脸猪(太湖猪的一种)，藏猪，巴马香猪，莱芜猪，及滇南小耳猪5个中国地方猪种以及野猪进行了全基因组重测序。6个猪种的重测序个体数分别为11个，11个，9个，10个，10个和10个。重测序数据跟参考基因组(NCBIBuildSscrofa10.2)进行比对，利用SAMTools软件进行SNPs位点的提取。专利技术人比较了二花脸猪与其它5个猪种，在3号染色体上发现一个SNP位点(基因组版本NCBIBuildSscrofa10.2的Chr3:59516174)与猪的产仔数相关。该位点的等位基因为T和C，有C/C、T/C和T/T三种基因型。筛选到该位点后，专利技术人在白色杜洛克×二花脸猪杂交资源群F2代母猪个体中对其进行验证和相关性分析，结果发现该位点与猪产仔数有显著相关性。本专利技术的有益效果在于：全基因组重测序方法能够快速、批量地筛选与性状相关的SNP位点或基因，基因组版本NCBIBuildSscrofa10.2的Chr3:59516174这个位点能够作为遗传标记用于猪的遗传育种提高母猪的产仔数。附图说明：图1为白色杜洛克×二花脸猪F2代母猪资源群中Chr3:59516174位点3种基因型的产仔数比较(图中两种基因型产仔数比较时，*表示0.01≤P≤0.05；**表示P＜0.01)。具体实施方案：(1)SNP位点的群体分布特征本专利技术选择二花脸猪(太湖猪的一种)，藏猪，巴马香猪，莱芜猪，及滇南小耳猪5个中国地方猪种以及野猪进行了全基因组重测序。6个猪种的重测序个体数分别为11个，11个，9个，10个，10个和10个。重测序数据跟参考基因组(NCBIBuildSscrofa10.2)进行比对，利用SAMTools软件进行SNPs位点的提取。专利技术人比较了二花脸猪与其它5个猪种，在3号染色体上发现一个SNP位点(基因组版本NCBIBuildSscrofa10.2的Chr3:59516174)与猪的产仔数相关。从重测序的分析结果来看，其它4个中国地方猪种和野猪中该位点等位基因C的频率平均为87.4％，而在二花脸猪中等位基因T的频率为100％。(2)SNP位点的鉴定在引物设计网站设计SNAPSHOT引物，包括一对PCR扩增引物(Chr3-2-PCRU：5’-TAGTGGCCTCTTCCTGTCAC-3’；Chr3-2-PCRL：5’-CAAAATAAGGAGCTGGTTCCT-3’)和延伸引物(Chr3-2-SNPU：5’-AGGGGCAGCACAGGCCCCCATTCAG-3’)。该位点与其它11个位点共24条(12对)引物各取1μl混合为新的多重PCR引物池。首先进行12重PCR反应，反应体系所用试剂为：多重PCR引物池(6.25μMeach)8μl、dNTP(10mMeach)8μl、10×PCRBufferII116μl、MgCl2(25mMStock)234μl、FastStartTaq(5U/μl)24μl和ddH2O460μl，将以上试剂混合液8.5μl和1.5μlDNA(50ng/μl)混合成10μl体系进行12重PCR扩增反应。扩增反应条件为：94℃4min；94℃30s，55℃30s，72℃1min，共40个循环。下一步进行PCR反应纯化，所需试剂为：ExoI(10U/μl)60μl、SAP(1U/μl)130μl、10×SAPBuffer35μl和ddH2O125μl，在每个样品的PCR产物中加入3.5μl上述纯化混合液离心后按以下程序进行反应：37℃40min，96℃10min。然后进行单碱基延伸反应，所需试剂为：SNAPSHOTMultiplexreadyreactionMix100μl、延伸引物池(6.25μMeach，12条延伸引物各取1μl混合)8μl、5×SequencingBuffer200μl和ddH2O300μl，将以上试剂混合液6μl和4μl的纯化产物混合成10μl体系进行延伸反应。延伸反应条件为：96℃10s，50℃5s，60℃30s，共25个循环。接着进行延伸反应产物的纯化，所需试剂为：SAP(1U/μl)120μl、10×SAPBuffer70μl和ddH2O140μl，在每个样品的延伸反应产物中加入上述3.3μl纯化混合液离心后按以下程序进行反应：37℃40min，75℃20min，4℃保存备用。每个样品取5-4μl上述纯化后的SNAPSHOT反应产物和5-6μl的高纯甲酰胺(Hi-DiFormamide)混合成10μl体系离心后上样于ABI3730XL测序仪进行基因分型，使用GeneMarker软件分析分型结果。(注：以上4个步骤的反应试剂混合液用量均为100个样品所需试剂量，从单碱基延伸反应开始，需要避光进行。)(3)白色杜洛克×二花脸猪繁殖性能杂交资源群构建后续的验证实验所用资源群个体样品及其性状数据由江西农业大学动物生物技术国家重点实验室培育基地提供。1998年12月，在江西农业大学科研猪场将从江苏省3个二花脸猪保种场购买的二花脸母猪进行场间血缘的交叉配种。2001年1月根据亲本产仔性能，从3头公猪和11头母猪的纯繁后代中选择了17头二花脸母猪作为资源群体的祖代母本。把SygenPIC公司惠赠的2头优质白色杜洛克公猪作为资源家系的祖代父本。将这2头白色杜洛克和17头二花脸猪杂交产生的F1代个体进行配种，避免全同胞交配，且每头公猪通常与同一头母猪配种，以获得大样本的F2半同胞家系。2003年1月、3月和6月，项目组分别将第1批和第2批F2母猪送往江西省宜春市畜牧良种场本文档来自技高网...
【技术保护点】
猪3号染色体上一个与产仔数相关的SNP位点在白色杜洛克×二花脸猪杂交资源群F2代母猪产仔数分子标记辅助选择中的应用，其特征在于：所述SNP位点的等位基因为T和C，有C/C、T/C和T/T三种基因型，带有C/C基因型的母猪产仔数最低，T为提高猪产仔数的有益等位基因并且T/C杂合猪产仔数最高。
【技术特征摘要】
1.猪3号染色体上一个与产仔数相关的SNP位点在白色杜洛克×二花脸猪
杂交资源群F2代母猪产仔数分子标记辅助选择中的应用，其特征在于：所述SNP
位点的等位基因为T和C，有C/C、T/C和T/T三种基因型，带有C/C基因型的
母猪产仔数最低，T为提高猪产仔数的有益等位基因并且T/C杂合猪产仔数最高。
2.一种检测权利要求1中所述SNP位点的引物在白色杜洛克×二花脸猪杂
交资源群F2代母猪产仔数分子标记辅助选择中的应...
【专利技术属性】
技术研发人员：张亚平，黄路生，谢海兵，任军，艾华水，徐丹，
申请(专利权)人：中国科学院昆明动物研究所，江西农业大学，
类型：发明
国别省市：云南;53
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