基于Proton的转录组测序数据的比较分析方法和系统技术方案

本发明专利技术提供了一种基于Proton的转录组测序数据的比较分析方法和系统。其中，该方法包括通过Proton测序平台获取某一物种至少两个转录组的原始测序数据；过滤掉不合格数据，获得clean reads；然后进行第一步分析和第二步分析，其中，所述第一步分析包括：将clean reads分别比对到所述物种的参考基因组；进行转录本定量分析；筛选出显著差异表达的基因；进行显著差异表达基因功能分析；所述第二步分析包括：将clean reads分别比对到所述物种的参考基因组；进行可变剪接分析；进行基因结构优化分析；进行新转录本预测；进行SNP分析；进行基因融合检测。本发明专利技术的方法和系统可以提高转录组测序数据比较分析的准确度和可靠性。

【技术实现步骤摘要】

【技术保护点】
一种基于Proton的转录组测序数据的比较分析方法，其特征在于，该方法包括：通过Proton测序平台获取某一物种至少两个转录组的原始测序数据；过滤所述各组原始测序数据中的不合格数据，获得所述各个转录组的待分析数据；对所述各个转录组的待分析数据进行第一步分析和第二步分析，其中，所述第一步分析包括：(1)将所述各个转录组的待分析数据分别比对到所述物种的参考基因组；(2)利用RPKM标准化方法对所述各个转录组的待分析数据进行转录本定量分析；(3)对转录本定量分析后的所述各个转录组的待分析数据进行两两差异比较，并根据设定的阀值筛选出显著差异表达的基因；(4)对所述显著差异表达的基因进行功能分析；所述第二步分析包括：(1)将所述各个转录组的待分析数据分别比对到所述物种的参考基因组；(2)可变剪接分析：得到各个基因的可信的剪接位点，对剪接位点信息进行计算，获得含有可变剪接形式的基因注释结果；和/或基因结构优化分析：根据比对结果进行基因结构的优化分析；和/或新转录本预测：根据比对结果进行新转录本的预测；和/或SNP分析：根据比对结果进行SNP预测；和/或基因融合检测：根据比对结果进行融合基因检测。

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：庄振华，袁永娴，马寿福，
申请(专利权)人：深圳华大基因科技服务有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44