本发明专利技术提供了与结直肠癌肝转移相关的长链非编码RNA CLMAT1及其应用。所述的长链非编码RNA CLMAT1，位于第14号染色体chr14：101379770-101381326，hg19，基因序列长度为1557bp。相比正常肠组织，肠癌中CLMAT1高表达与结直肠癌肝转移成正相关，且患者预后不良，也间接提示患者发生肝转移的可能性较高。
【技术实现步骤摘要】
用来诊断结直肠癌肝转移的发生，可评估结直肠癌患者的预后，并从长链非编码RNA的角度揭示结直肠癌发生肝转移的潜在机制。
技术介绍
我国结直肠癌发病率逐年上升，尤其在北京、上海等城市，已居消化道肿瘤的第1位。肝脏是结直肠癌血行转移最主要的靶器官，也是影响结直肠癌预后的主要因素。15％～25％的结直肠癌病人在确诊时即合并肝转移，而另有15％～25％的病人在结直肠癌原发灶根治术后发生肝转移。结直肠癌肝转移(colorectal liver metastasis，CLM)也是结直肠癌患者最主要的死亡原因，肝转移灶未经治疗的病人其中位生存期仅6.9个月，无法切除病人的5年存活率接近0％。目前认为根治性手术切除是CLM患者获得治愈的有效手段，但临床实际中，绝大多数(80％～90％)的患者肝转移灶因未能早期发现而失去根治性手术切除的机会。因此，早期预测发现肝转移，并给予积极的综合治疗，可提高结直肠癌患者的生存时间和生存质量。 在目前工作中，我们仍局限于通过血清学检测(如CEA、CA199等)或影像学检查(如B超、CT和MRI)去发现CLM，前者敏感性和特异性不高，而后者只能检测出直径1cm以上病灶，无法做到早期发现和预测。课题组前期曾对收治在本单位的1613例CLM病人进行回顾性临床病理分析，发现部分结直肠癌患者即使原发灶无淋巴结转移，甚至肿瘤仅仅侵犯黏膜下层或肌层却也发生肝转移。可见从微观角度去深入了解CLM发生机制并获得其早期诊断标志物是十分必要的，这需要从基因组或转录组学等方面针对CLM开展基础研究。 人类基因组测序完成后的分析结果表明，人类基因组中能编码蛋白的DNA只占整个基因组的3～5％，众多DNA仅仅转录成RNA，而不编码蛋白质，都属于非编码RNA，它们的数量远远大于编码蛋白质的mRNA。近年来，分子生物学技术的不断更新日益彰显出非编码RNA并不是所谓的“转录噪音”，它们在基因转录后调控、剪切和修饰具有十分重要的功能，与疾病各方面有密切的关系。 目前针对非编码RNA的研究已成为分子生物学最热门的前沿研究领域之一，并取得了一定成果，但大部分研究都集中在小RNA(如miRNA)，而忽视了另外一类数量更多(被转录最多)且序列比较长的非编码RNA，即长链非编码RNA(long noncoding RNA，lncRNA)。 LncRNA作为一类转录本长度在200nt～100kb之间的RNA，其本身并不编码蛋白，而是以RNA的形式在多种层面上调控基因的表达水平。相对于蛋白编码序列以及小分子RNA，lncRNA的研究虽还仅仅处于起步阶段，但其已展现出繁多的分子生物学功能，如调节转录模式，调控蛋白活性，改变RNA的剪切模式等等。2011年《Nature》《Cell》等杂志均多篇幅报道了lncRNA研究的必要性及重要意义，癌症遗传学家Pandolfi在针对转录调控网络机制所提出的竞争性内源RNA假说中，也认为lncRNA是揭开RNA“语言”秘密的关键一员。可见，lncRNA为人们提供了一个从未涉足的调控领域，也预示其在不同的组织细胞中可能有不同的表达谱，并且这种表达谱差异可能与许多生物学过程有密切联系。 众多研究证实，lncRNA在乳腺癌、肝癌、肺癌等肿瘤组织或细胞中存在异常表达，且与患者预后相关。肿瘤中lncRNA表达水平的变化甚至能够作为肿瘤诊断的标记，如lncRNA-DD3在大约90％的前列腺癌病例中存在高表达，从而被作为特异性标记用于临床诊断；lncRNA-MALAT1与非小细胞肺癌转移密切关联也使其成为肺癌患者诊断的标志。最近新报道的lncRNA，如SChLAP1、AK050349及AFAP1-AS1分别在前列腺癌、肝癌及食道鳞癌转移中起到一定作用，进一步预示了lncRNA与肿瘤侵袭转移密切相关。就肠癌尤其CLM来说，已有零星文献证实lncRNA-H19、HULC、HOTAIR、CCAT1等与CLM存在关联，如lncRNA-HULC被发现在肠癌肝转移灶上存在高表达，且可从外周循环中测得该lncRNA的表达。然而迄今为止，lncRNA与结直肠癌转移的相关报道仍停留在单个lncRNA表达验证的水平上，尚无文献直接针对CLM相关lncRNA表达谱及其功能等系统研究进行报道。
技术实现思路
本专利技术的目的是利用高通量lncRNA芯片技术首先在不同肝转移的结直肠癌组织及正常肠组织进行lncRNA表达谱的系统筛查，接着通过逐步扩大临床样本验证，确定可能与CLM相关的目标lncRNA。在此基础上，针对目标lncRNA结 合临床病理资料分析，并进行细胞体外功能实验、裸鼠模型体内实验及初步机制研究，以揭示目标lncRNA对肠癌转移的影响与潜在的调控途径。本专利技术可为CLM早期诊断提供新的线索，并有助于丰富CLM发生的分子机制。 为了达到上述目的，本专利技术提供了一种长链非编码RNA CLMAT1(lncRNA-CLMAT1)，位于第14号染色体chr14：101379770-101381326，hg19，基因序列长度为1557bp。 本专利技术还提供了上述的长链非编码RNA CLMAT1在制备预测结直肠癌患者预后、肝转移或淋巴结转移的试剂、试剂盒或基因芯片中的应用。 本专利技术还提供了一种预测结直肠癌患者预后、肝转移或淋巴结转移的定量PCR检测试剂盒，其特征在于，包括用于检测上述的长链非编码RNA CLMAT1的正向引物：TACACTGACCCCACAGCCTATG和反向引物：CATTTCCCAAGCAGGTTTCC。 本专利技术利用lncRNA芯片分别在无肝转移、异时性肝转移、同时性肝转移的肠癌组织及正常肠黏膜组织上进行筛查，发现1332个CLM差异表达lncRNA。结合生物信息学分析，从中选择40个可能与CLM相关的lncRNA，经扩大临床病例样本验证，最终确定3个在CLM中差异表达显著且目前尚未报道的目标lncRNA，并命名为lncRNA-CLMAT1～3。结合临床资料分析，其中lncRNA-CLMAT1高表达与肠癌患者发生肝转移及淋巴结转移呈显著相关(P＜0.05)；且CLMAT1低表达组患者的中位生存时间明显长于高表达组患者(33.7个月vs.30.1个月，P＝0.04)。提示lncRNA-CLMAT1可能与结直肠癌肝转移的发生有关，其高表达与预后不佳相关。 本专利技术的原理是： 结直肠癌是消化道最常见的恶性肿瘤之一，影响结直肠癌患者预后的最大问题就是肿瘤复发或转移，其中最常见的就是肝转移。传统研究结直肠癌时，往往根据TNM分期，笼统地将结直肠癌归为非转移性、局部转移及远处转移，而未将远处转移性结直肠癌细化为肝转移、腹腔转移等；即使对于CLM，也往往未能根据肝转移发生时期、肝转移有无伴随肝外转移及肝转移灶是否已获得根治性切除等情况而区别对待；而CLM不同亚类别的临床诊治及生存预后差异迥异，异时性肝转移患者生存率好于同时性肝转移。本专利技术充分利用课题组前期建立的 CLM完备的临床资料和组织标本库，针对上述现实问题，重点关注所有转移性结直肠癌：将筛选的病例分为局部转移性结直肠癌与单纯肝转移结直肠癌，并将后者细分为同时本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种长链非编码RNA CLMAT1，位于第14号染色体chr14：101379770‑101381326，hg19，基因序列长度为1557bp。
【技术特征摘要】
1.一种长链非编码RNA CLMAT1，位于第14号染色体chr14：101379770-
101381326，hg19，基因序列长度为1557bp。
2.权利要求1所述的长链非编码RNA CLMAT1在制备预测结直肠癌患者预后、
肝转移或淋巴结转移的试剂、试剂盒或基因芯片中的...
【专利技术属性】
技术研发人员：许剑民，叶乐驰，韦烨，任黎，钟芸诗，朱德祥，常文举，林奇，
申请(专利权)人：复旦大学附属中山医院，
类型：发明
国别省市：上海;31
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