本发明专利技术提供了鉴定哺乳动物中具有ROS激酶活性的多肽的存在的方法。在一些实施方案中，具有ROS激酶活性的多肽是编码ROS的多核苷酸和编码第二(非-ROS)多肽的多核苷酸之间融合的结果。描述了ROS的三种不同的融合伴侣，即由FIG基因、SLC34A2基因、和CD74基因编码的蛋白。本发明专利技术实现了用于确定生物样品中具有ROS激酶活性的多肽的存在的新方法、用于筛选抑制蛋白的化合物的方法、和用于抑制癌症(例如，肺癌)进展的方法。
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】【专利摘要】本专利技术提供了鉴定哺乳动物中具有ROS激酶活性的多肽的存在的方法。在一些实施方案中，具有ROS激酶活性的多肽是编码ROS的多核苷酸和编码第二(非-ROS)多肽的多核苷酸之间融合的结果。描述了ROS的三种不同的融合伴侣，即由FIG基因、SLC34A2基因、和CD74基因编码的蛋白。本专利技术实现了用于确定生物样品中具有ROS激酶活性的多肽的存在的新方法、用于筛选抑制蛋白的化合物的方法、和用于抑制癌症(例如，肺癌)进展的方法。【专利说明】肺癌中的ROS激酶专利技术背景 本专利技术总体涉及参与肺癌的蛋白质和基因(例如，人肺癌)，以及肺癌的检测、诊断和治疗。许多癌症的特征在于导致细胞过程(包括生长和增殖)的控制异常的细胞信号传递途径的破坏。这些破坏经常是由于特定的信号传递蛋白诸如激酶的活性改变引起的。蛋白激酶蛋白的异常表达可以是癌症的病原因素(和驱动因素)。异常表达可以由蛋白(或其激酶部分)与第二种蛋白(或其部分)的融合、蛋白的截短部分的表达或者由全长蛋白的表达的异常调节所引起。已知导致产生具有异常信号传递活性的激酶融合蛋白的基因易位可以直接导致某些癌症(参见例如，Mitelman 等人，Nature Reviews Cancer 7: 233 - 245, 2007,Futreal 等人，Nat Rev Cancer 4(3): 177 - 183 (2004),和 Falini 等人，Blood 99 (2):409-426 (2002)。例如，BCR-ABL癌蛋白，一种酪氨酸激酶融合蛋白，是病原因素且驱动人慢性髓性白血病(CML)。在至少90-95%的CML病例中发现的BCR-ABL癌蛋白是通过9号染色体上的c-ABL蛋白酪氨酸激酶的基因序列易位到22号染色体上的BCR序列上产生的，产生所谓的 Philadelphia 染色体。参见例如 Kurzock 等人，Λ Engl.J.Med.319: 990-998(1988)。在急性淋巴性白血病(ALL)和急性骨髓性白血病(AML)病例中也能发现易位。这些发现促使FDA批准甲磺酸伊马替尼(由Novartis以商标Gleevec?销售)和dasatinig(由Bristol-Mysers Squibb以商标Sprycel?销售)(ABL激酶的小分子抑制剂)用于治疗CML和ALL。这些药物是设计用来对驱动肿瘤细胞生长的信号传递通路进行干扰的药物实例。这些药物的开发相对于CML和ALL的常规疗法(化疗和放射)而言代表一种显著的进步，其中常规疗法受到众所周知的副作用的烦扰并且经常具有有限的效果，因为它们不能特异性地靶向癌症的根本原因。因此，鉴定驱动癌症的蛋白以便在癌症更可能对治疗响应的早期检测癌症将是有用的。额外地，此类蛋白的鉴定将尤其期望产生新方法来选择用于靶向治疗的患者，以及用于筛选和开发能抑制此类蛋白且因此治疗癌症的新药物。受体酪氨酸激酶(RTKs)的致癌作用已牵涉在许多类型的实体瘤(包括肺癌)中。肺癌(其具有几种亚型，包括非小细胞肺癌和小细胞肺癌)是全世界男性和女性中由癌症导致的死亡的最常见原因。根据美国国家癌症研究所的数据，在美国每14名男性和女性中接近一名将在其人生的某个点被诊断出肺癌。肺癌的两种特别致命的形式是小细胞肺癌(SCLC)和非小细胞肺癌。不幸的是，肺癌经常无法在早期被诊断，并且它经常完全不能对手术响应，甚至当与化疗或放疗组合时。例如，在美国，NSCLC是癌症死亡的主要原因，并且占所有肺癌的约87%。在美国每年有约151，000个NSCLC新病例，并且据估计仅在美国每年超过120，000位患者将死于该疾病。参见“Caflcer Facts and Figures 2005, ” American Cancer Society。包括三种不同亚型的NSCLC经常仅在它已经转移以后被检测到，因此在诊断的两年内死亡率是75%。因此，发现在早期鉴定肺癌的新方法和治疗肺癌的新方法(和新试剂)将是有用的。专利技术概沭 本专利技术基于发现癌症、特别是肺癌中异常ROS表达和/或活性。哺乳动物肺癌中ROS的异常表达可能是由于，例如，哺乳动物肺癌中全长ROS激酶的表达，因为健康、正常肺组织和细胞不表达ROS激酶蛋白或ROS激酶活性。哺乳动物肺癌中ROS的异常表达也可能是由于截短ROS (例如，包含ROS激酶的一部分，包括激酶结构域)或本文公开的ROS融合蛋白之一的存在。肺癌中所有公开的ROS的表达导致ROS激酶结构域的表达；因此，所有公开的ROS融合多肽具有活性ROS激酶活性。因此，在第一个方面，本专利技术提供了用于检测生物样品中具有ROS激酶活性的多肽的存在的方法，所述生物样品来自哺乳动物肺癌或疑似哺乳动物肺癌。该方法包括以下步骤:获得来自哺乳动物肺癌或疑似哺乳动物肺癌的生物样品；并且利用至少一种特异性结合具有ROS激酶活性的所述多肽的试剂来确定所述多肽是否在所述生物样品中存在，其中所述试剂与所述生物样品的特异性结合的检测表明所述生物样品中存在所述多肽。在另一个实施方案中，所述试剂是抗体。在一些实施方案中，所述试剂(例如抗体)是可检测地标记的。在另一个实施方案中，所述试剂特异性结合全长ROS多肽。在另一个实施方案中，所述试剂特异性结合ROS激酶结构域。在另一个实施方案中，所述试剂特异性结合ROS融合多肽(例如，特异性结合CD74-R0S融合多肽、SLC34A2-R0S (S)多肽、SLC34A2-R0S(L)多肽、SLC34A2-R0S(VS)多肽、FIG-ROS (L)多肽、FIG-ROS(S)多肽、或FIG-ROS (VL)多肽。在本专利技术方法的各个实施方案中，具有ROS激酶活性的多肽是全长ROS多肽。在另一个实施方案中，所述多肽是ROS融合多肽。在另一个实施方案中，所述ROS融合多肽选自 CD74-R0S 融合多肽、SLC34A2-R0S(S)多肽、SLC34A2-R0S (L)多肽、SLC34A2-R0S (VS)多肽、FIG-ROS (L)多肽、FIG-ROS(S)多肽、和FIG-ROS(VL)多肽。在各个实施方案中，具有ROS 激酶活性的多肽包含 SEQ ID NO: USEQ ID NO: 61、SEQ ID NO: 58、SEQ ID NO: 56、SEQ ID NO: 60,SEQ ID NO: 28,SEQ ID NO: 7,SEQ ID NO: 5 或 SEQ ID NO: 22 的氨基酸序列。在一些实施方案中，以选自流式细胞术测定、体外激酶测定、免疫组织化学(IHC)测定、免疫荧光(IF)测定、酶联免疫吸附测定(ELISA)和Western印迹分析测定的形式实施所述方法。在一个实施方案中，检测到所述多肽的激酶活性。在另一个实施方案中，所述试剂是重同位素标记(AQUA)肽。在另一个实施方案中，所述重同位素标记(AQUA)肽包含含有ROS融合多肽的融合连接的氨基酸序列。在另一个实施方案中，使用质谱分析法实施所述方法。在另一个方面，本专利技术提供了用于检测编码生物样品中具有ROS激酶活性的多肽的多核苷酸的存在的方法，所述生物样品来自哺乳动物肺癌或疑似哺乳动物肺癌。该方法包括以下步骤:(a)获得来自哺乳动物肺癌或疑似哺乳动物肺癌的生物样品并且(b)本文档来自技高网...
【技术保护点】
用于检测生物样品中FIG‑ROS融合多肽的存在的方法，所述生物样品来自哺乳动物肺癌或疑似哺乳动物肺癌，所述方法包括以下步骤：(a) 获得哺乳动物肺癌或疑似哺乳动物肺癌的生物样品；并且(b) 利用至少一种特异性结合所述多肽的试剂来确定在所述生物样品中是否存在所述多肽，其中所述试剂与所述生物样品的特异性结合的检测表明所述生物样品中存在所述多肽。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...
【专利技术属性】
技术研发人员：VM林库纳斯，H哈克，TL古，A郭，AP波塞马托，KE克罗斯比，MA塔克，C里弗斯，
申请(专利权)人：细胞信号科技公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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