本发明涉及甘蔗的微卫星及其侧翼序列、微卫星分离的方法、适于使用这些序列进行指纹分析的方法以及可以用于如下应用的方法：甘蔗属复合组成员的鉴定、种质收集物的管理、祖先的选择、品种之间的鉴别、杂交体的鉴定、需要的基因组序列的基因渗入、亲子关系...