本发明专利技术涉及与冠心病相关的12号染色体易感区域标签单核苷酸多态性位点及其组成的单体型与应用。所述标签单核苷酸多态性位点为染色体12q21上邻近ATP2B1基因区域的一段紧密连锁区域内rs1401982、rs2681472、rs2681492、rs2681485、rs11105354、rs12579302、rs17249754、rs11105364、rs11105368、rs7136259、rs11105378位点。所述单体型在上述位点的单核苷酸分别为A、A、T、A、A、A、G、T、G、C、C；G、G、C、G、G、G、A、G、C、T、T；或G、A、T、G、A、A、G、T、G、T、C。本发明专利技术的标签单核苷酸多态性位点及单体型在冠心病的预防和/或诊断中有重要的应用前景。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及与冠心病相关的12号染色体易感区域标签单核苷酸多态性位点及其组成的单体型与应用，具体涉及染色体12q21上邻近ATP2B1基因区域的一段紧密连锁区域的基因内一系列区域标签单核苷酸多态性位点、所述单核苷酸多态性位点组成的单体型及其检测方法以及用于检测人群冠心病患病风险中的应用。
技术介绍
动脉粥样硬化性心脑血管病已成为世界范围关注的主要健康问题。2004年的世界卫生组织(WHO)报告显示，全世界每年心血管疾病以冠心病和脑卒中为主导致的死亡人数达高达1720万，占所有死亡人数的三分之一。预计2020年这一数字将进一步增加50%， 高达2500万，心血管疾病是全球人类的“头号杀手”。在中国进行的一项大规模前瞻性研究也显示，心脏疾病已经成为中国人群的主要死亡原因，分列男、女性死亡原因的第2位和第I位。我国每年新发心肌梗死50万人，随着生活方式的改变以及动脉粥样硬化相关的危险因素持续增加，冠心病与心肌梗死发病也还将呈持续上升趋势。大量的研究资料表明，冠心病是一种复杂疾病，是由多个微效基因与环境因素长期相互作用所致。因此鉴定出与冠心病相关的易感基因或致病基因，在人群中进一步筛选增加疾病风险的易感基因确定易感个体，将有助于冠心病的发病风险预测、新药开发、诊断和个体化治疗。从基础到临床，人们对此进行了大量的研究，并在冠心病的危险因素和冠心病发生的病理生理学方面积累了大量的知识，但是关于冠心病与心肌梗死发生的确切遗传分子机制却知之甚少，对于怎样鉴定遗传易感基因以及鉴定受试者的冠心病遗传易感性，一直缺乏全面系统有效的识别方法。
技术实现思路
针对上述问题，本专利技术的一个目的是提供一种染色体12q21区域基因的标签单核苷酸多态性位点；本专利技术的另一个目的是提供一种由染色体12q21区域基因的标签单核苷酸多态性位点组成的染色体12q21区域基因单体型，特别是提供一种由染色体12q21区域基因的标签单核苷酸多态性位点组成的染色体12q21区域基因危险性单体型；本专利技术的另一个目的是提供一种检测本专利技术的染色体12q21区域基因的标签单核苷酸多态性位点的方法；本专利技术的另一目的是提供一种检测染色体12q21区域基因的标签单核苷酸多态性位点的试剂在制备检测染色体12q21区域基因单体型的制剂或试剂盒中的应用；本专利技术的另一个目的是提供一种检测染色体12q21区域基因单体型的方法；本专利技术的另一目的是提供一种体外检测冠心病相关基因的方法；本专利技术的另一目的是提供一种检测染色体12q21区域基因的标签单核苷酸多态性位点的试剂在制备用于体外检测冠心病相关基因的制剂或试剂盒中的应用；本专利技术的另一目的是提供一种检测染色体12q21区域基因的标签单核苷酸多态性位点的试剂在制备用于体外检测待测样品中是否含有染色体12q21区域基因危险性单体型的制剂或试剂盒中的应用；本专利技术的另一目的是提供一种体外检测待测样品中是否含有染色体12q21区域基因危险性单体型的方法；本专利技术的另一目的是提供一种体外检测来自待测个体的样品中染色体12q21区域基因的标签单核苷酸多态性位点的试剂在制备预测待测个体患冠心病的危险性的制剂或试剂盒中的应用；本专利技术的另一目的是提供一种体外预测待测个体患冠心病的危险性的方法；本专利技术的另一目的是提供一种检测染色体12q21区域基因的标签单核苷酸多态性位点的多态性的试剂盒。首先，本专利技术提供了染色体12q21区域基因的标签单核苷酸多态性位点(tagging SNPs，tSNPs)，该位点分别为染色体12q21区域基因的单核苷酸位点rsl401982、rs2681472、rs2681492、rs2681485、rslll05354、rsl2579302、rsl7249754、rslll05364、rslll05368、rs7136259和rslll05378。上述多态性位点是在大量实验的基础上得出的。在本专利技术的具体实施方式中，首先使用全基因组芯片(Affymetrix Axiom Genome-Wide CHBI Array Plate)芯片对1515例冠心病患者和5019例正常人对全基因组范围内SNP进行基因分型，利用芯片得到的数据，评价基因型和表型的关联关系，从而得到可能与冠心病之 间存在潜在关联的染色体区域；其次选择相应染色体区域代表性的位点使用FludigmO EPltmGENETIC ANALYSIS system, Taqman MGB探针法进行基因分型实验，进一步在15460例冠心病患者和11472例对照样本中验证。在数据分析中使用Haploview软件计算染色体区域位点间的连锁不平衡(Linkage disequilibrium, LD)情况,用r2表示(0-1),同时构建单体型(haplotype)比较其在患者和正常对照之间的单体型差异,验证并确定冠心病的易感人群。使用logistic回归分析评估每个SNP位点与冠心病的关系，计算危险等位基因的相对危险度(Odds ratio,OR)和95%的可信区间。本专利技术中，通过大量实验研究分析首次得出，位于染色体12q21上邻近ATP2B1基因区域的一段紧密连锁区域内(更具体地说该区域位于染色体12q21上88505kb 88650kb区域间，数据来源人类基因组数据库Human (NCBIbuild36) 一系列 SNP 位点(rsl401982、rs2681472、rs2681492、rs2681485、rslll05354、rsl2579302、rsl7249754、rslll05364、rslll05368、rs7136259 和 rslll05378,特别是rs7136259)与冠心病易感性显著相关，在本专利技术的大量实验结果基础上，这些SNPs可以作为染色体12q21区域基因的标签SNPs，为研究染色体12q21区域基因功能提供了新的方法，在保证研究把握度的前提下，能够有效减少研究环节，降低研究成本。在本专利技术的大量实验结果基础上，本专利技术的进一步研究发现，这一系列SNPs位点与冠心病易感性显著相关，见表1，这些SNPs的危险等位基因分别是rsl401982多态性位点为G，rs2681472多态性位点为G，rs2681492多态性位点为C，rs2681485多态性位点为G，rslll05354多态性位点为G，rsl2579302多态性位点为G，rsl7249754多态性位点为A，rslll05364多态性位点为G，rslll05368多态性位点为C，rs7136259多态性位点为T，rslll05378多态性位点为T。携带这些危险等位基因的个体发生冠心病的相对风险是没有携带者的I. 21-1. 27倍。其中染色体rs7136259多态性位点T等位基因携带者的冠心病发病风险是C等位基因的携带者的I. 21倍(OR = I. 21,95% Cl :1. 11-1. 33)。该区域 rs7136259 和 rsl401982, rs2681472, rs2681492, rs2681485,rslll05354,rsl2579302,rsl7249754，rsl 1105364，rsl 1105368，rsl 1105378 多态性位点具有强的连锁不平衡(r2 >0. 8，本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种染色体12q21区域基因单体型，该单体型在rs1401982、rs2681472、rs2681492、rs2681485、rs11105354、rs12579302、rs17249754、rs11105364、rs11105368、rs7136259和rs11105378位点的单核苷酸分别为：A、A、T、A、A、A、G、T、G、C、C；G、G、C、G、G、G、A、G、C、T、T；或G、A、T、G、A、A、G、T、G、T、C。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：顾东风，黄建凤，李宏帆，王来元，陈恕凤，
申请(专利权)人：中国医学科学院阜外心血管病医院，
类型：发明
国别省市：
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