【技术实现步骤摘要】
一种番茄全基因组芯片及其应用
[0001]
[0002]本专利技术属于全基因组基因芯片
,特别涉及一种番茄全基因组芯片及其应用。
技术介绍
[0003]分子标记技术(Molecular Marker Technology)是分子育种中的重要工具。传统分子标记,例如限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)和简单序列重复(Simple Sequence Repeat,SSR)在遗传育种领域中发挥着重要作用。但是,也存在一定局限性,例如在基因组分布数量少,以及操作过程繁琐、通量低,导致无法满足大规模商业化育种应用的需求。单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)指基因组单个核苷酸的变异,包括单个碱基对的转换、颠换、插入或缺失。SNP作为基因组中分布更为广泛的遗传标记,具有密度高、遗传稳定性高和易于自动化分析等特点,已发展成为动物遗传变异研究中较为常见的分子标记。
[0004]目前,用于SNP位点分型的基因芯片技术中,传统的固相芯片基于探针与DNA序列的互补杂交,通过标记物的荧光显色信号进行分型。液相芯片基于重测序技术,对每个目标位点进行专一性捕获,并进行高深度的重测序,具有检测准确性高、通量大的优点。液相芯片一般包括根据DNA互补原理,为每个待测位点设计的一条生物素(Biotin)标记、覆盖目标SNP的探针,这些探针在液态中与基因组目标区域杂交形成双链,可以利用链霉亲和素包衣的磁珠与带有生物素的 ...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种番茄全基因组芯片,其特征在于,该芯片的基因分型对象包括定位于番茄参考基因组SL2.50上的1377个SNP位点和80个Indel位点;这些SNP位点和Indel位点在参考基因组的分子标记位点包括:SL2.50ch01_1124825;SL2.50ch01_1125796;SL2.50ch01_1677737;SL2.50ch01_2078506;SL2.50ch01_3973295;SL2.50ch01_3974505;SL2.50ch02_34285108;SL2.50ch02_34285162;SL2.50ch03_64540483;SL2.50ch04_1813305;SL2.50ch04_1813331;SL2.50ch04_39555167;SL2.50ch05_6381569;SL2.50ch05_6404126;SL2.50ch06_2161990;SL2.50ch06_2162280;SL2.50ch06_2163925;SL2.50ch06_2354841;SL2.50ch06_34370002;SL2.50ch06_34370158;SL2.50ch06_34389411;SL2.50ch06_34389561;SL2.50ch06_35009157;SL2.50ch06_35009202;SL2.50ch06_35009232;SL2.50ch06_35009237;SL2.50ch06_35009245;SL2.50ch06_35009250;SL2.50ch06_35009260;SL2.50ch06_35009272;SL2.50ch06_35950028;SL2.50ch06_37186202;SL2.50ch07_63597481;SL2.50ch08_61642121;SL2.50ch09_56697;SL2.50ch09_57025;SL2.50ch09_4943007;SL2.50ch09_5090186;SL2.50ch09_13621583;SL2.50ch09_13621676;SL2.50ch09_13621682;SL2.50ch09_13621846;SL2.50ch09_71434430;SL2.50ch09_71436208;SL2.50ch09_72029144;SL2.50ch09_72029219;SL2.50ch09_72032340;SL2.50ch09_72032691;SL2.50ch11_9317442;SL2.50ch11_54264376;SL2.50ch11_54531455;SL2.50ch11_54531515;SL2.50ch11_54897353;SL2.50ch11_54913693;SL2.50ch11_55071011;SL2.50ch11_55299325;SL2.50ch12_2941301;SL2.50ch12_3809589;SL2.50ch12_4543132;SL2.50ch01_78745063;SL2.50ch01_78747579;SL2.50ch01_78747639;SL2.50ch01_78747668;SL2.50ch01_78747838;SL2.50ch01_78911282;SL2.50ch01_82203699;SL2.50ch01_82205102;SL2.50ch01_82207046;SL2.50ch02_45196896;SL2.50ch03_52152865;SL2.50ch03_52152879;SL2.50ch03_52152905;SL2.50ch03_52153104;SL2.50ch03_52153202;SL2.50ch03_52153309;SL2.50ch03_52153473;SL2.50ch03_52153858;SL2.50ch03_52154291;SL2.50ch03_52154481;SL2.50ch03_52154565;SL2.50ch03_52154574;SL2.50ch03_52154673;SL2.50ch03_52154825;SL2.50ch03_52155769;SL2.50ch03_52180873;SL2.50ch03_52182577;SL2.50ch03_52386476;SL2.50ch03_52406077;SL2.50ch03_65751759;SL2.50ch05_8998720;SL2.50ch05_9313748;SL2.50ch01_40124913;SL2.50ch01_53317722;SL2.50ch01_72488048;SL2.50ch01_77558637;SL2.50ch01_98247086;SL2.50ch02_29935554;SL2.50ch02_44944551;SL2.50ch04_978312;SL2.50ch04_4834961;SL2.50ch04_9633653;SL2.50ch04_53335117;SL2.50ch05_44420698;SL2.50ch05_54497816;SL2.50ch06_15767679;SL2.50ch06_37444105;SL2.50ch08_1381293;SL2.50ch08_23948349;SL2.50ch08_28887544;SL2.50ch08_44832241;SL2.50ch08_45610138;SL2.50ch08_49276668;SL2.50ch08_57714845;SL2.50ch08_58664027;SL2.50ch08_60599653;SL2.50ch08_61583858;SL2.50ch08_62573296;SL2.50ch08_63731190;SL2.50ch08_64621335;SL2.50ch08_65360761;SL2.50ch09_1468885;SL2.50ch09_5365363;SL2.50ch09_15147765;
SL2.50ch09_37706150;SL2.50ch09_42531761;SL2.50ch10_10257147;SL2.50ch11_500493;SL2.50ch11_2795604;SL2.50ch11_4360855;SL2.50ch11_7764094;SL2.50ch11_8090264;SL2.50ch11_8297787;SL2.50ch11_8705537;SL2.50ch11_8764030;SL2.50ch11_8885924;SL2.50ch11_8990978;SL2.50ch11_9273987;SL2.50ch11_9679304;SL2.50ch11_9825111;SL2.50ch11_51503295;SL2.50ch11_55107953;SL2.50ch01_21006695;SL2.50ch01_97390074;SL2.50ch08_21514991;SL2.50ch08_21935647;SL2.50ch08_30124360;SL2.50ch08_33554881;SL2.50ch08_33572491;SL2.50ch08_38712700;SL2.50ch08_50888332;SL2.50ch08_51018195;SL2.50ch08_54478887;SL2.50ch08_56039111;SL2.50ch08_57456680;SL2.50ch08_58242820;SL2.50ch08_58416149;SL2.50ch08_60629674;SL2.50ch08_61189832;SL2.50ch08_62230910;SL2.50ch08_64423423;SL2.50ch08_65229257;SL2.50ch09_12741885;SL2.50ch09_15742079;SL2.50ch09_17741716;SL2.50ch09_29293428;SL2.50ch09_39342186;SL2.50ch09_43433842;SL2.50ch09_48527593;SL2.50ch11_10108015;SL2.50ch11_10261139;SL2.50ch11_11892235;SL2.50ch11_11964698;SL2.50ch11_12358446;SL2.50ch11_12437087;SL2.50ch11_12527879;SL2.50ch11_13305592;SL2.50ch11_13816619;SL2.50ch11_16722717;SL2.50ch11_16910740;SL2.50ch11_1803553;SL2.50ch11_21561965;SL2.50ch11_21720369;SL2.50ch11_37251169;SL2.50ch11_37453090;SL2.50ch11_46447098;SL2.50ch11_4797112;SL2.50ch11_49374653;SL2.50ch11_50510190;SL2.50ch11_51447653;SL2.50ch11_54433869;SL2.50ch11_55446914;SL2.50ch11_8705656;SL2.50ch11_8830219;SL2.50ch12_41942023;SL2.50ch12_42437286;SL2.50ch12_60945631。2.根据权利要求1所述的番茄全基因组芯片,其特征在于,所述芯片为液相芯片。3.根据权利要求2所述的番茄全基因组芯片的应用,其特征在于,包括在番茄育种中的应用。4.根据权利要求2所述的番茄全基因组芯片的应用,其特征在于,包括在番茄基因组选择、番茄性状相关基因的定位、番茄遗传多样性分析、番茄回交转育、番茄全基因组关联分析、番茄品种鉴定、番茄亲缘关系鉴定或番茄种质资源改良与保护中的应用。5.根据权利要求3所述的番茄...
【专利技术属性】
技术研发人员:李纪锁,贾芝琪,康东木,贾明朝,张砚迪,李营,
申请(专利权)人:北京博纳东方农业科技发展有限公司北京中研益农种苗科技有限公司河南农业大学,
类型:发明
国别省市:
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