用于多种癌症免疫治疗的新型肽和肽组合物制造技术

本发明专利技术涉及用于免疫治疗方法的肽、蛋白、核酸和细胞。特别是，本发明专利技术涉及癌症的免疫疗法。本发明专利技术还涉及单独使用或与其他肿瘤相关肽(能够例如作为刺激抗肿瘤免疫反应或体外刺激T细胞并转入患者的疫苗组合物的活性药物成分)联合使用的肿瘤相关T细胞(CTL)肽表位。与主要组织兼容性复合体(MHC)分子结合的肽或与此同类的肽也可以是抗体、可溶性T细胞受体和其他结合分子的靶标。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于多种癌症免疫治疗的新型肽和肽组合物
本专利技术涉及用于免疫治疗方法的肽、蛋白质、核酸和细胞。特别是，本专利技术涉及癌症的免疫疗法。本专利技术还涉及单独使用或与其他肿瘤相关肽(刺激抗肿瘤免疫反应或体外刺激T细胞并转入患者的疫苗复合物的活性药物成分)联合使用的肿瘤相关T细胞(CTL)肽表位。与主要组织兼容性复合体(MHC)分子结合的肽或与此同类的肽也可以是抗体、可溶性T细胞受体和其他结合分子的靶标。本专利技术涉及数种新型肽序列及其变体，它们源自人肿瘤细胞的HLA-I类分子，可用于引发抗肿瘤免疫反应的疫苗组合物中或作为开发药物/免疫活性化合物和细胞的目标。
技术介绍
根据世界卫生组织(WHO)的资料，癌症是2012年全球范围内四大非传染性致命疾病之一。同年，结直肠癌、乳腺癌和呼吸道癌症在高收入国家被列为前10位死亡原因内(http：//www.who.int/mediacentre/factsheets/fs310/er/)。流行病学2012年，估计全球有1,410万新增癌症病例，3,260万癌症患者(5年之内确诊)，820万癌症死亡病例(Ferlayetal.，2013；Brayetal.，2013)。表1和表2分别提供了全世界和选定区域中与本干预相关的不同癌症类型的估计发病率、5年流行率和死亡率的概述。表1：2012年全球不同癌症类型的估计发病率、5年流行率和死亡率(成年人群，男性和女性)(Ferlayetal.，2013；Brayetal.，2013)。表2：2012年美国、欧盟28国、中国和日本不同癌症类型的估计发病率、5年流行率和死亡率(成年人群，男性和女性)(Ferlayetal.，2013；Brayetal.，2013)。在脑癌、白血病和肺癌组群内，本专利技术特别分别着重于胶质母细胞瘤(GB)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、急性髓性白血病(AML)和非小细胞和小细胞肺癌(NSCLC和SCLC)。GB是最常见的中枢神经系统恶性肿瘤，在美国，年龄调整发病率为3.19例每10万居民。GB的预后极差，1年生存率为35％，5年生存率低于5％。男性性别、较大年龄和种族似乎是GB的危险因素(Thakkaretal.，2014)。CLL是西方世界最常见的白血病，其中大约占全部白血病病例的三分之一。美国和欧洲的发病率相似，估计每年新发病例约有16,000名。CLL在白种人中比在非洲人中更常见，在西班牙裔和美洲原住民中更罕见，在亚洲人中很少发生。在亚洲血统的人群中，CLL的发生率比白种人低3倍(Gunawardanaetal.，2008)。CLL患者的五年总生存率约为79％。AML是在成人和儿童中得到诊断的第二最常见的白血病类型。在美国，估计的新发病例每年约21,000例。AML患者的五年生存率约为25％。肺癌是全球范围内最常见的癌症类型，在很多国家是癌症死亡的首要原因。肺癌分为小细胞肺癌和非小细胞肺癌。NSCLC包括组织学类型腺癌、鳞状细胞癌、大细胞癌，在美国，约占所有肺癌病例的85％。NSCLC的发生与吸烟史密切相关，包括目前和之前的吸烟者，据报告，五年生存率为15％(WorldCancerReport，2014；Molinaetal.，2008)。治疗乳腺癌乳腺癌是一种免疫原性肿瘤实体，原发肿瘤中不同类型的浸润免疫细胞表现出不同的预后和预测意义。在乳腺癌患者中进行过大量的早期免疫试验。大部分已完成的疫苗接种研究均针对HER2和糖类抗原如MUC-1的，并显示了令人失望的结果。对于在乳腺癌患者中使用易普利姆玛和其他T细胞活化抗体进行免疫步骤调制的作用，正在出现临床数据(Emens，2012)。慢性淋巴细胞白血病虽然目前CLL不可治愈，很多患者只显示缓慢的病情进展或症状恶化。由于患者并没有从早期治疗中获益，因此最初方法是“观望和等待”(Richardsetal.，1999)。对于有症状或疾病进展迅速的患者，有几种治疗方案可供选择。这些包括化学疗法、靶向治疗、基于免疫的疗法(如单克隆抗体、嵌合抗原受体(CARS)和主动免疫疗法)和干细胞移植。单克隆抗体被广泛应用于血液恶性疾病。这是由于基于免疫细胞表面分子良好表征和血液或骨髓肿瘤细胞可取性了解了合适的抗原。CLL治疗中所用的常见单克隆抗体靶向作用于CD20或CD52。利妥昔单抗是第一个经FDA批准用于治疗NHL的单克隆抗CD20抗体，现已广泛应用于CLL治疗。与氟达拉滨/环磷酰胺组合治疗相比，利妥昔单抗/氟达拉滨/环磷酰胺组合治疗带来了更高的CR率并提高了总生存率(OS)，后者已成为首选治疗方案(Halleketal.，2008)。Ofatumomab靶向作用于CD20，用于治疗难治性CLL患者(Wierdaetal.，2011)。Obinutuzumab是与苯丁酸氮芥组合的一线治疗中使用的另一种单克隆抗CD20抗体(Goedeetal.，2014)。阿仑单抗是一种抗CD52抗体，用于治疗化疗耐药性疾病患者或存在不良预后因素(如del17p或p53突变)的患者(Parikhetal.，2011)。新型单克隆抗体靶向作用于CD37(otlertuzumab、BI836826、IMGN529和(177)Lu-tetulomab)或CD40(dacetuzumab和lucatumumab)，并在临床前环境中进行了测试(RobakandRobak，2014)。一些已完成和正在进行的试验是基于具有CD19特异性的工程自体嵌合抗原受体(CAR)修饰的T细胞(Mausetal.，2014)。到目前为止，只有少数患者显示出可检测到或持续性的CAR。Porter等人和Kalos等人在CART细胞试验中检测到了一例部分反应(PR)和2例完全反应(CR)(Kalosetal.，2011；Porteretal.，2011)。主动免疫治疗包括以下策略：基因治疗、整体修饰的肿瘤细胞疫苗、基于DC的疫苗和肿瘤相关抗原(TAA)衍生肽疫苗。基因治疗方法利用自体基因修饰肿瘤细胞。这些B-CLL细胞用免疫(共同)刺激基因(如IL-2、IL-12、TNF-α、GM-CSF、CD80、CD40L、LFA-3和ICAM-1)转染，以提高抗原提呈和T细胞活化(Carballidoetal.，2012)。虽然肿瘤细胞中的特异性T细胞应答和减少是很容易观察到，但是免疫应答仅仅是短暂性的。几项研究已经使用自体DC作为抗原提呈细胞来引起抗肿瘤反应。DC已经在体外载有肿瘤相关肽、全肿瘤细胞裂解物和肿瘤衍生RNA或DNA。另一种策略采用全肿瘤细胞与DC融合并产生DC-B-CLL细胞杂合物。转染的DC引发CD4+和CD8+T细胞应答(Mulleretal.，2004)。载有肿瘤细胞裂解物或凋亡体的融合杂合体和DC增加肿瘤特异性CD8+T细胞应答。显示出临床反应的患者IL-12血清水平增加，Tregs数量减少(Palmaetal.，2008)。不同的方法使用改变的肿瘤细胞来引发或增加CLL特异性免疫应答。此策略的一个实例是产生三瘤细胞：B-CLL细胞融合至具有抗APC特异性的抗Fc受体表达杂交瘤细胞。三瘤细胞在体外诱导CLL特异性T细胞应答(Kronenbergeretal.，2008)。另一种策略利用以芽孢杆菌卡介苗作为本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种肽及其药用盐，所述肽包括选自SEQ ID No.1至SEQ ID No.289、SEQ ID No.的305和SEQ ID No.306的氨基酸序列、以及与SEQ ID No.1至SEQ ID No.289、SEQ ID No.305和SEQ ID No.306具有至少88％同源性的其变体序列，其中变体肽与主要组织兼容性复合体(MHC)结合和/或诱导T细胞与该变体肽发生交叉反应，其中所述肽不是全长多肽。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.12.11 GB 1521894.4;2015.12.11 US 62/266,2331.一种肽及其药用盐，所述肽包括选自SEQIDNo.1至SEQIDNo.289、SEQIDNo.的305和SEQIDNo.306的氨基酸序列、以及与SEQIDNo.1至SEQIDNo.289、SEQIDNo.305和SEQIDNo.306具有至少88％同源性的其变体序列，其中变体肽与主要组织兼容性复合体(MHC)结合和/或诱导T细胞与该变体肽发生交叉反应，其中所述肽不是全长多肽。2.根据权利要求1所述的肽，其中所述肽有能力与MHC-I或-II类分子结合，其中所述肽与MHC结合时能够被CD4和/或CD8T细胞识别。3.根据权利要求1或2所述的肽或其变体，其中氨基酸序列包括SEQIDNo.1至SEQIDNo.289、SEQIDNo.305和SEQIDNo.306中任一个的连续氨基酸延伸区段。4.根据权利要求1至3中任一项所述的肽或其变体，其中所述肽或其变体的总长度为8至100个氨基酸、优选为8至30个氨基酸、更优选为8至16个氨基酸、最优选为该肽由或基本由SEQIDNo.1至SEQIDNo.289、SEQIDNo.305和SEQIDNo.306中任一项的氨基酸序列组成，优选为SEQIDNo.2、24、32、39、64、72、106、149、251、305和306。5.根据权利要求1至4中任一项所述的肽或其变体，其中所述肽被修饰，和/或包含非肽键。6.根据权利要求1至5中任一项所述的肽或其变体，其中所述肽为融合蛋白的一部分，尤其包含HLA-DR抗原相关不变链(Ii)的N-端氨基酸。7.一种核酸，编码权利要求1至6中任一项所述的肽或其变体，其任选地连接到异源启动子序列。8.一种表达载体，表达权利要求7所述的核酸。9.一种重组宿主细胞，其包括权利要求1至6所述的肽、权利要求7所述的核酸、权利要求8所述的表达载体，其中所述宿主细胞优选为抗原提呈细胞，例如树突状细胞。10.权利要求1至6任一项中所述的肽或其变体、权利要求7中所述的核酸、权利要求8中所述的表达载体、或权利要求9所述的宿主细胞在药物中的用途。11.一种制备权利要求1至6中任一项所述的肽或其变体的方法，该方法包括培养权利要求9所述的宿主细胞，该宿主细胞提呈权利要求1至6所述的肽、或表达权利要求7所述的核酸、或载有权利要求8所述的表达载体，以及从该宿主细胞或其培养基中分离出肽或其变体。12.一种体外制备激活的T淋巴细胞的方法，该方法包括将T细胞与载有抗原的人I或II类MHC分子体外接触一段时间，该时间足以以抗原特异性的方式激活T细胞，人I或II类MHC分子在合适的抗原提呈细胞表面或人工模拟的抗原提呈细胞结构表面上表达，其中所述抗原为权利要求1至4任一项中所述的肽。13.一种激活的T淋巴细胞，由权利要求12所述的方法制成，其有选择性地识别一种细胞，该细胞提呈含权利要求1至4任一项中给定氨基酸序列的多肽。14.一种杀灭患者中靶细胞的方法，其中该靶细胞提呈含有权利要求1至4中任一项给出的氨基酸序列的多肽，所述方法包括向患者施用有效量的权利要求13所述的激活的T细胞。15.一种抗体，特别是可溶性或膜结合性抗体，其特异性地识别权利要求1至5中所述的肽或其变体，优选为与MHC分子结合时的权利要求1至5中任一项所述的肽或变体。16.权利要求1至6任一项中所述的肽、权利要求7所述的核酸、权利要求8所述的表达载体、权利要求9所述的细胞或权利要求13所述的激活的毒性T淋巴细胞或权利要求15所述的抗体在诊断和/或治疗癌症或制造抗癌药物中的用途。17.根据权利要求16所述的用途，其中所述癌症选自脑胶质细胞瘤(GB)、乳腺癌(BRCA)、结直肠癌(CRC)、肾细胞癌(RCC)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、肝细胞癌(HCC)、非小细胞和小细胞肺癌(NSCLC、SCLC)、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、急性骨髓性白血病(AML)、卵巢癌(OC)、胰腺癌(PC)、前列腺癌(PCA)、包括胃食管交界癌(OSCAR)的食管癌、胆囊癌和胆管癌(GBC、CCC)、黑色素瘤(MEL)、胃癌(GC)、膀胱癌(UBC)、子宫癌(UEC)和其他肿瘤，这些肿瘤过表达能够衍生得到SEQIDNo.1至SEQIDNo.289、SEQIDNo.305和SEQIDNo.306的肽的蛋白。18.一种试剂盒，包括：(a)容器，包含药物组合物，该药物组合物含有权利要求1至6中任一项所述的肽或变体、权利要求7所述的核酸、权利要求8所述的表达载体、权利要求10所述的细胞、权利要求13所述的激活的T淋巴细胞、或权利要求15所述的抗体，以溶液或冻干的形式；(b)任选地，第二个容器，其含有冻干剂型的稀释液或重构液；(c)任选地，至少一种以上选自SEQIDNo.1至SEQIDNo.302、SEQIDNo.305和SEQIDNo.306的肽，以及(d)任选地，(i)使用溶液或(ii)重构和/或使用冻干剂型的说明书。19.根据权利要求18所述的试剂盒，进一步包括一个或多个(iii)缓冲剂，(iv)稀释剂，(v)过滤液，(vi)针，或(v)注射器。20.根据权利要求18或19所述的试剂盒，其中所述肽选自SEQIDNo.1至SEQIDNo.289、SEQIDNo.305和SEQIDNo.306。21.一种用于生产个性化抗癌疫苗以用作个体患者的基于化合物的和/或细胞疗法，所述方法包括：a)识别个体患者的肿瘤样本所提呈的肿瘤相关肽(TUMAP)；b)将a)中识别的肽与已经针对免疫原性和/或在肿瘤中相对正常组织过提呈进行预先筛选的...

【专利技术属性】
技术研发人员：安德烈·马尔，托尼·温斯切尼克，克莱特·宋，奥利弗·施尔，延斯·弗里切，哈普瑞特·辛格，
申请(专利权)人：伊玛提克斯生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：德国,DE