【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于性状渐渗的方法和系统相关申请的交叉引用本申请要求2015年11月10日提交的美国临时专利申请序列号62/253,347的权益。
技术介绍
由于遗传和环境影响而不断变化的性状通常被称为“数量性状”。数量性状可以根据以下两个因素与“质量”或“离散”性状区分开来:环境对基因表达的影响,这些影响产生表型的连续分布;以及由多基因遗传产生的复杂分离模式。鉴定与数量性状的表达相关的一个或多个基因组区域导致发现数量性状基因座(QTL)。已经鉴定出不同类型的分子标记,如RAPD(随机扩增多态性DNA)标记、RFLP(限制性片段长度多态性)标记和SCAR(序列表征的扩增区域)标记。但是,大多数这些标记是低通量标记,它们不适合通过自动化进行大规模筛选因此,需要可用于提供用于植物育种和/或性状渐渗的高通量、高容量和/或高密度方法的专利技术。
技术实现思路
本专利技术涉及用于性状渐渗和/或预测/评估回交后非劣种植物和劣种植物数量的方法和系统,其中使用遗传标记而不评估物理植物的表型。一方面,提供用于性状渐渗、预测/评估回交后非劣种植物和劣种植物数量和/或选择具有最有利遗传谱的植物的计算机化方法。该计算机化方法包括:(a)通过收集植物中的全基因组遗传标记信息来生成遗传标记数据库;(b)从至少一个回交植物样本获得序列;(c)将步骤(b)中获得的序列与步骤(a)的遗传标记数据库进行比较以推演遗传标记;以及(d)预测回交植物样本是劣种植物还是非劣种植物。在一个实施方案中,所提供的方法还包括以下步骤:选择预定数量的具有用于杂交的最有利遗传谱的植物。在另一个实施方案中,该预定数量在5与50之间;在10 ...
【技术保护点】
一种用于性状渐渗的计算机化方法,包括:(a)通过收集植物中的全基因组遗传标记信息来生成遗传标记数据库;(b)从至少一个回交植物样本获得序列;(c)将步骤(b)中获得的所述序列与步骤(a)的所述遗传标记数据库进行比较以推演遗传标记;以及(d)预测所述回交植物样本是劣种植物还是非劣种植物。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.11.10 US 62/253,3471.一种用于性状渐渗的计算机化方法,包括:(a)通过收集植物中的全基因组遗传标记信息来生成遗传标记数据库;(b)从至少一个回交植物样本获得序列;(c)将步骤(b)中获得的所述序列与步骤(a)的所述遗传标记数据库进行比较以推演遗传标记;以及(d)预测所述回交植物样本是劣种植物还是非劣种植物。2.根据权利要求1所述的方法,还包括以下步骤:选择预定数量的具有用于杂交的最有利遗传谱的植物。3.根据权利要求2所述的方法,其中所述预定数量在5与50之间。4.根据权利要求1所述的方法,其中所述遗传标记包括单核苷酸多态性(SNP)。5.根据权利要求1所述的方法,其中所述遗传标记数据库是SNP数据库或SNP文库。6.根据权利要求5所述的方法,其中所述SNP数据库或SNP文库包含具有100与500个之间的SNP的全基因组SNP集合。7.根据权利要求5所述的方法,其中所述SNP数据库或SNP文库包含至少1,000个SNP的全基因组SNP集合。8.根据权利要求5所述的方法,其中所述SNP数据库或SNP文库包含具有1,000与100,000个之间的SNP的全基因组SNP集合。9.根据权利要求1所述的方法,其中所述植物选自大豆、玉蜀黍、卡诺拉油菜、棉花、小麦、向日葵和稻谷。10.根据权利要求1所述的方法,其中所述回交植物样本来自第一代、第二代、第三代、第四代、第五代回交植物或其组合。11.根据权利要求5所述的方法,其中步骤(c)的所述比较步骤使用基因型推演模块。12.根据权利要求1所述的方法,其中步骤(d)的所述预测步骤使用标记研究管理器模块。13.根据权利要求12所述的方法,其中所述标记研究管理器模块提供用于预测/评估非劣种植物和劣种植物的数量的可视化输出。14.一种用于性状渐渗的计算机化系统,包括:(a)遗传标记数据库;(b)遗传标记推演模块,其接受来自至少一个回交植物样本的序列的输入;和(c)标记研究管理器模块,其提供可视化输出。15.根据权利要求14所述的系统,其中所述标记研究管理器模块提供用于预测/评估非劣种植物和劣种植物的数量的可视化输出。16.根据权利要求14所述的系统,其中所述标记研究管理器模块提供用于选择预定数量的具有用于杂交的最有利遗传谱的植物的可视化输出。17.根据权利要求16所述的系统,其中所述预定数量在5与50之间。18.根据权利要求14所述的系统,其中所述遗传标记数据库是SNP数据库或SNP文库。19.根据权利要求18所述的系统,其中所述SNP数据库或SNP文库包含具有100与500...
【专利技术属性】
技术研发人员:C·奥克森费尔德,T·曼斯菲尔德,C·埃文斯,J·易,P·马里,J·C·唐,J·L·汉密尔顿,J·迈耶,S·伦斯利,J·W·宾,R·奥斯汀,
申请(专利权)人:美国陶氏益农公司,
类型:发明
国别省市:美国,US
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