一种与谷子米色连锁的SNP标记、引物及应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与谷子米色连锁的SNP标记，包括HC‑06‑436标记和HC‑06‑250标记，所述HC‑06‑436标记位于谷子第六染色体第34024436bp位，所述HC‑06‑250标记位于谷子第六染色体第34035250bp位。本发明专利技术还公开了获得上述SNP标记的扩增引物及应用。本发明专利技术公开的与谷子米色性状连锁的SNP分子标记及其扩增引物，可以对谷子米色进行良好分型，检测SNP多态性差异，可以用于谷子米色性状的分子标记辅助育种，为实现谷子米色性状的早期鉴定和筛选育种提供分子辅助技术支持，对于加快谷子品种的遗传选育和改良进程具有重要的理论和实践指导意义。

SNP marker linked with millet beige and its primer and Application

The invention discloses a millet and beige linked SNP markers, including HC 06 436 markers and HC 06 250 markers, the HC 06 436 markers located on chromosome sixth of millet 34024436bp, the HC 06 250 markers located on chromosome sixth at position 34035250bp of millet. The invention also discloses an amplification primer for obtaining the SNP tag and an application thereof. The invention discloses a and SNP molecular marker linkage and millet was amplified primer, can be a good type of millet beige, detection of SNP polymorphism, can be used for marker assisted breeding of millet Beige traits, provide technical support for molecular assisted breeding for early identification and screening of millet Beige characters, has the important theory and the practical significance to accelerate the genetic breeding of millet varieties and improvement process.

【技术实现步骤摘要】
一种与谷子米色连锁的SNP标记、引物及应用
本专利技术属于分子生物学
，具体涉及一种与谷子米色连锁的SNP标记、引物及应用。
技术介绍
我国是谷子(小米)的原产地和世界上栽培面积最大、产量最高的国家，产量约占全世界总量的80％。同时，我国也是谷子遗传资源数量最多、多样性最丰富的国家。米色、氨基酸含量等是影响谷子品质的重要因子，研究与谷子品质性状相关的基因及其位置功能等，对于指导谷子遗传育种具有重要的意义。单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)是基因组水平上由单个核苷酸碱基的变异引起的DNA序列多态性，其在基因组中数量多，分布广泛，遗传稳定性好。随着基因测序技术的发展和成本的降低，对不同个体同一基因或基因片段进行直接测序和序列比较，就能够确定碱基是否存在变异。因此，SNP检测有利于基因分型，适用于快速和规模化地筛查未知或已知SNP与某遗传性状的关系。目前主要利用SSR标记定位谷子性状相关的QTL，与SNP标记相比，SSR标记数量少，对整个基因组覆盖度低，且自动化程度低，而利用谷子F2群体的简化基因组测序检测多态性的SNP分子标记的开发应用研究不多。开发与谷子品质、产量等相关性状的SNP分子标记，对谷子辅助选育体系的建立具有重要意义。
技术实现思路
本专利技术提供的一种与谷子米色连锁的SNP标记、引物及应用，可以对谷子米色进行良好分型，用于谷子米色性状的分子标记辅助育种。本专利技术提供了一种与谷子米色连锁的SNP标记，包括HC-06-436标记和HC-06-250标记，所述HC-06-436标记位于谷子第六染色体第34024436bp位，所述HC-06-250标记位于谷子第六染色体第34035250bp位。本专利技术还提供了一种根据上述与谷子米色连锁的SNP标记的扩增引物：所述HC-06-436的扩增引物为：HC-06-436F：5’-TGTCATCATCTGCTCCTTCG-3’；HC-06-436R：5’-GAGGATGAGGATCACGGATG-3’；所述HC-06-250的扩增引物为：HC-06-250F：5’-CGTTGAGATGGCTGAGTTGA-3’；HC-06-250R：5’-CTCCTTTCTCCTGGATGGTG-3’。本专利技术还提供了一种根据上述与谷子米色连锁的SNP标记，在谷子米色性状的分子标记辅助育种中的应用。本专利技术还提供了一种根据上述与谷子米色连锁的SNP标记扩增引物，在谷子米色性状的分子标记辅助育种中的应用。本专利技术利用定位的谷子米色的QTL，根据位点序列信息开发鉴定谷子米色的SNP特异性标记，开展谷子米色性状SNP分子标记(HC-06-436标记和HC-06-250标记)的开发，提供的HC-06-436的扩增引物和HC-06-250的扩增引物可以对谷子米色进行良好分型，检测SNP多态性表达的差异，可以用于谷子米色性状的分子标记辅助育种，为实现谷子米色性状的早期鉴定、筛选和育种提供分子辅助技术支持，对于加快谷子优质品种的选育和改良进程具有重要的理论和实践指导意义。附图说明图1是谷子父母本基因组DNA电泳胶图；其中，M是D2000Mark，P1是母本“黑枝谷”基因组DNA条带，P2是父本“长农35号”基因组DNA条带；图2是谷子父母本的PCR扩增产物电泳胶图；其中，M是D2000Mark，13-3P1是：以HC-06-436F和HC-06-436R为引物，以母本“黑枝谷”基因组DNA为模板的PCR扩增条带；13-3P2是：以HC-06-436F和HC-06-436R为引物，以父本“长农35号”基因组DNA为模板的PCR扩增条带；13-4P1是：以HC-06-250F和HC-06-250R为引物，以母本“黑枝谷”基因组DNA为模板的PCR扩增条带；13-4P2是：以HC-06-250F和HC-06-250R为引物，以父本“长农35号”基因组DNA为模板的PCR扩增条带。具体实施方式下面结合附图和具体实施例对本专利技术进行详细说明，但不应理解为本专利技术的限制。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法，下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。一、分子标记的获得1、遗传群体的构建选择由山西省农业科学院谷子研究所选育的黄米色长农35号与青米色黑枝谷作为亲本材料，杂交后鉴定F1，共得到144个F2单株。采用穴播方式，将F2种植于山西农科院谷子研究所试验田，行长6m，行距0.33m，株距15cm，双亲各1行，田间试验中的栽培管理措施同当地大田管理一致。2、谷子F2群体建库测序2.1、DNA的提取针对上一步中获得的144个谷子F2单株，用CTAB法分别提取父母本及144个谷子F2单株的基因组DNA，具体方法如下：(1)称取1.0g新鲜叶片，剪碎放入研钵，用液氮研磨后加入3mL1.5×CTAB，研磨成匀浆转入15mL的离心管中，然后往研钵中加入1mL1.5×CTAB冲洗，再转入离心管中，混匀后于65℃水浴30min，期间不时缓慢摇匀。其中1.5×CTAB配方如下(1L)：15g的CTAB、75mL的1mol/LTris.Cl(pH为8.0)、30mL的0.5mol/LEDTA、61.4g的NaCl，加去离子水定容至1L，使用前加入2ml的巯基乙醇，使巯基乙醇的终浓度为0.2ml/100ml。(2)待冷却至室温，加入等体积氯仿/异戊醇(24:1，v/v)，轻轻混匀，至下层液变为深绿色。(3)4200rpm离心10min，将上层水相移到新的15mL离心管，加2倍体积预冷的无水乙醇，混合静止5min。于-20℃放置30min沉淀DNA。(4)4200rpm离心10min，弃掉上清，加入1mL75％乙醇洗涤沉淀1次，倒置离心管干燥DNA，加入200μLTE溶解DNA。(5)用0.8％的琼脂糖凝胶检测基因组DNA，谷子父母本基因组DNA电泳胶图见图1。其中，M是D2000Mark，P1是母本“黑枝谷”基因组DNA条带，P2是父本“长农35号”基因组DNA条带。(6)将得到的父母本及144个谷子F2单株的基因组DNA存于-20℃备用。2.2、基因组连锁图谱的构建利用RADseq方法，提取上述146个样本(144个F2、2个亲本)个体的基因组DNA并进行DNA质量检测，对合格的DNA进行酶切，电泳回收DNA片段，并加上接头进行cluster制备，最后上机测序。具体包括：(1)检测基因组DNA的浓度，并用水调整为20ng/μL。(2)采用EcoRI酶对基因组DNA进行酶切，打断基因组DNA，得到酶切产物。其中，酶切体系如表1所示。酶切温度为65℃，时间为10min。表1酶切反应体系(3)对上一步中的酶切产物进行连接反应，得到连接产物，其中连接体系如表2所示，22℃连接反应1h，65℃、30min使失活T4DNA连接酶。表2连接反应体系(4)用3％琼脂糖凝胶电泳1h，EB染色后切取300-700bp大小片段。用QIAquickKit进行胶纯化回收，回收产物溶于30μLEBsolution，得到电泳产物。(5)磁珠纯化，完成建库。具体纯化方法为：首先向PCR产物中加入1.2倍体积磁珠，静置10min。然后，置于磁力架上吸附，去除上清。然后，加入本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种与谷子米色连锁的SNP标记，包括HC‑06‑436标记和HC‑06‑250标记，其特征在于，所述HC‑06‑436标记位于谷子第六染色体第34024436bp位，所述HC‑06‑250标记位于谷子第六染色体第34035250bp位。

【技术特征摘要】
1.一种与谷子米色连锁的SNP标记，包括HC-06-436标记和HC-06-250标记，其特征在于，所述HC-06-436标记位于谷子第六染色体第34024436bp位，所述HC-06-250标记位于谷子第六染色体第34035250bp位。2.一种根据权利要求1所述的与谷子米色连锁的SNP标记的扩增引物，其特征在于：所述HC-06-436的扩增引物为：HC-06-436F：5’-TGTCATCATCTGCTCCTTCG-3’；HC-06...

【专利技术属性】
技术研发人员：王军，杨慧卿，杜国华，王智兰，杜晓芬，邹洪锋，郭二虎，彭建祥，雍建朋，韩芳，蔡伟，夏秋菊，李云飞，袁峰，倪雪梅，张林义，彭书忠，
申请(专利权)人：山西省农业科学院谷子研究所，
类型：发明
国别省市：山西,14