用于诊断纯发-甲外胚叶发育不良的方法和组合物技术

本发明专利技术鉴定了与纯发-甲外胚叶发育不良(pure?hair-nail?ectodermal?dysplasias，PHNED，MIM?602032)相关的致病基因，HOXC13基因。在此基础上，本发明专利技术提供了突变的HOXC13基因及其用途，包含突变的HOXC13基因的载体、宿主细胞以及试剂盒。此外，本发明专利技术还提供了用于诊断或治疗纯发-甲外胚叶发育不良的方法，用于所述方法的诊断剂或治疗剂，以及包含所述诊断剂或治疗剂的试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
【专利摘要】本专利技术鉴定了与纯发-甲外胚叶发育不良(pure?hair-nail?ectodermal?dysplasias，PHNED，MIM?602032)相关的致病基因，HOXC13基因。在此基础上，本专利技术提供了突变的HOXC13基因及其用途，包含突变的HOXC13基因的载体、宿主细胞以及试剂盒。此外，本专利技术还提供了用于诊断或治疗纯发-甲外胚叶发育不良的方法，用于所述方法的诊断剂或治疗剂，以及包含所述诊断剂或治疗剂的试剂盒。【专利说明】用于诊断纯发-甲外胚叶发育不良的方法和组合物
本专利技术涉及分子遗传学领域以及疾病诊断和治疗领域。特别地，本专利技术鉴定了与纯发-甲外胚叶发育不良(pure hair-nail ectodermal dysplasias,PHNED,MIM 602032)相关的致病基因，H0XC13基因。在此基础上，本专利技术提供了突变的H0XC13基因及其用途，包含突变的H0XC13基因的载体、宿主细胞以及试剂盒。此外，本专利技术还提供了用于诊断或治疗纯发-甲外胚叶发育不良的方法，用于所述方法的诊断剂或治疗剂，以及包含所述诊断剂或治疗剂的试剂盒。
技术介绍
只累及毛发和指甲，而不伴有其他外胚叶异常的一类遗传性外胚叶发育不良的疾病称为纯发-甲外胚叶发育不良。此类疾病的临床表现主要是少毛或者无毛以及甲营养不良，并且其遗传模式可以是常染色体显性或隐性遗传。Naeem等人对几个近亲结婚的常染色体隐性遗传的PHNED家系进行了连锁分析，将此类疾病的致病基因定位于17pl2_q21.2以及12pll.l-q21.1两个区域。随后他们在一个表现为先天性普秃伴二十甲营养不良的巴基斯坦家系中发现，KRT85 (MM602767，之前也称为hHb5)是致病基因。Shimomura等人也证实，KRT85的功能丧失突变是PHNED的致病原因。然而，在其他一些团队报道的PHNED中并未发现KRT85基因突变。此外，我们对一个中国回族五代近亲结婚的家系进行了 KRT85基因的检测，未发现有意义的突变。因此，此类疾病存在临床表现和遗传的异质性，其致病的分子机制仍需要进一步研究证实。最近,外显子组测序(exome sequencing)已成功地应用于发现稀有单基因疾病的致病基因，如Freeman-Sheldon综合征的MYH3基因，Schinzel-Giedion综合征的SETBPl基因，以及严重大脑畸形的 TOR62 基因等(Ng SB, Turner EH, Robertson PD, et al, Targetedcapture and massively pa rallel sequencing of 12 human exomes.Nature2009, 461(7261):272-276;Hoischen A, van Bon BW, Gilissen C, et al.De novo mutations of SETBPlcause Schinzel-Giedion syndrome.Nat Genet 2010:42(6):483-5;Bilguvar K,Oz turkAK,Louvi A, et al, ffhole-exome sequencing identifies recessive WDR62 mutations insevere brain malformations.Nature2010, 467 (7312): 207-210)。外显子组测序技术已被证明为减少稀有单基因疾病的候选基因个数甚至发现其致病基因的有力、有效手段。通过对很少的几个个体(包括患者及正常对照)进行外显子组测序，以筛选与疾病相关的变异，其成功率大为提升。本专利技术基于外显子组测序技术鉴定了与PHNED相关的致病基因-H0XC13基因。在此基础上，本专利技术提供了突变的H0XC13基因及其用途，包含突变的H0XC13基因的载体、宿主细胞以及试剂盒。此外，本专利技术还提供了用于诊断或治疗PHNED的方法，用于所述方法的诊断剂或治疗剂，以及包含所述诊断剂或治疗剂的试剂盒。本专利技术所鉴定的PHNED致病基因，为进一步探明该疾病的发病机制奠定了重要基础，并且有可能为患者的治疗方案提供全新的理论依据。同时，PHNED的致病基因的鉴定对研究毛发指甲发育生长的生理过程和研究其他先天或者后天性脱发疾病有重要意义。
技术实现思路
在本专利技术中，除非另有说明，否则本文中使用的科学和技术名词具有本领域技术人员所通常理解的含义。并且，本文中所用的分子遗传学、核酸化学和分子生物学相关术语和实验室操作步骤均为相应领域内广泛使用的术语和常规步骤。同时，为了更好地理解本专利技术，下面提供相关术语的定义和解释。如本文中所使用的，术语“H0XC13基因”是指同源异形盒基因C13(H0ME0B0X C13，H0XC13，MM142976)，其属于转录因子的同源异形盒家族。H0XC13基因含有2个外显子，其示例性cDNA序列如SEQ ID NO:1所示。如本文中所使用的，H0XC13基因的第N个外显子被简称为外显子N (N为1-2的整数)。如本文中所使用的，当用具体的序列来描述基因或核酸时，其不仅包括该具体序列所代表的基因或核酸，而且包括该具体序列的互补序列所代表的基因或核酸。在本申请中，虽然为了方便起见，在多数情况下针对基因或核酸只给出了一条链的序列，然而本领域技术人员可以明确获知其互补链 的序列。因此，本申请事实上也公开了所述互补链的序列。例如，当提及H0XC13基因的cDNA序列时，其不仅包括cDNA的实际序列，而且包括所述实际序列的互补序列。又如，当提及SEQ ID NO:1时，其不仅包括SEQ ID NO:1所示的序列，而且包括SEQ ID NO:1的互补序列。本申请中的核酸序列包括DNA形式和RNA形式。除非上下文特别指明，否则本专利技术的核酸序列不仅包括DNA形式，而且包括RNA形式。例如，当提及SEQ ID NO:1时，其不仅包括DNA形式(例如，cDNA序列),而且包括RNA形式(例如，mRNA序列)。如本文中所使用的，术语“突变”，当用于描述基因或DNA时，是指基因序列或DNA序列中一个或多个(例如，几个)碱基的添加、缺失和/或置换；当用于描述蛋白质时，是指蛋白质氨基酸序列中一个或多个(例如，几个)氨基酸残基的添加、缺失和/或置换。如本文中所使用的，术语“沉默突变”是指这样的基因突变，其引起mRNA中的密码子发生改变，但由于密码子的简并性而未引起编码的氨基酸发生改变。如本文中所使用的，术语“非沉默突变”是指除了沉默突变以外的基因突变，包括但不限于，错义突变、无义突变和移码突变等。如本文中所使用的，术语“功能丧失性突变”是指这样的突变，其导致突变基因所编码的蛋白丧失了其生物学功能。如本文中所使用的，术语“杂合突变”是指这样的突变，其仅存在于一对等位基因中的一个基因中。如本文中所使用的，术语“纯合突变”是指这样的突变，其在一对等位基因中的两个基因中同时存在。如本文中所使用的，术语“c.390”是指cDNA序列的第390位碱基(以起始密码子ATG的碱基A为第I位碱基)，其中“c.”表示cDNA，数字“390”表示第390位碱基。本文中所使用的其他类似的本文档来自技高网...

【技术保护点】
突变的HOXC13基因，其与SEQ?ID?NO:1相比具有至少1个非沉默突变，并且所述突变的HOXC13基因编码功能丧失的蛋白或导致PHNED的发生；例如，所述非沉默突变选自添加，缺失和置换中的一种或多种；例如，所述非沉默突变位于HOXC13基因的外显子区域；例如，所述非沉默突变位于HOXC13基因的第1个外显子；例如，所述非沉默突变位于：c.390；例如，所述非沉默突变是：c.390C→A。

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：刘轩竹，戴兰兰，管李萍，杨勇，林志淼，陈荃，王俊，汪建，杨焕明，
申请(专利权)人：深圳华大基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：