本说明书公开的是通过观测选择的微ＲＮＡ序列的调控改变来预测鳞状细胞肺癌的预后的方法。这些序列可包括ｈｓａ－ｍｉｒ－１４６ｂ、ｈｓａ－ｍｉｒ－１９１、ｈｓａ－ｍｉｒ－２０６、ｈｓａ－ｍｉｒ－２９９－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉｒ－１５５、ｈｓａ－ｍｉｒ－１５ａ、ｈｓａ－ｍｉｒ－１２２ａ、ｈｓａ－ｍｉｒ－５１３、ｈｓａ－ｍｉｒ－１８４、ｈｓａ－ｍｉｒ－５１１、ｈｓａ－ｍｉｒ－１００、ｈｓａ－ｍｉｒ－１０ａ、ｈｓａ－ｍｉｒ－４５３、ｈｓａ－ｍｉｒ－３７９、ｈｓａ－ｍｉｒ－２０２、ｈｓａ－ｍｉｒ－２１、ｈｓａ－ｍｉｒ－１２６、ｈｓａ－ｍｉｒ－４９４、ｈｓａ－ｍｉｒ－４３２、ｈｓａ－ｍｉｒ－３７０以及这些序列的组合。
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
在一个实施例中，本专利技术涉及一种方法，该方法通过观测选择的微RNA(miRNA)序 列产生的调控改变来提供对鳞状细胞肺癌的预后。通过观测特定序列的上调或下调，可确 定癌细胞的存在以及癌的预后这两种情况。
技术介绍
肺癌是世界范围内癌相关死亡的最通常原因，而非小细胞肺癌(NSCLC)为支气管 肺癌的最常见类型。NSCLC是80 %的美国全部肺癌死亡的原因并且主要由腺癌和鳞状上皮 细胞癌(SSC)以及大细胞癌组成，大细胞癌较少。尽管可进行有可能治愈的外科手术，但大 约40%的患者会在5年内复发。最近，NSCLC的基因组分布分析使得能对患有该疾病的患 者进行预后。这种基因组分类器(genomic classifier)可包含最多数百种用于鉴别患有 早期NSCLC的患者的基因，这些患者可能会受益于外科手术切除加上化学疗法。
技术实现思路
在本专利技术的一种形式中，本专利技术包括用于检测细胞样品中鳞状细胞肺癌的存在的 方法。申请者已发现了某些miRNA，其在鳞状细胞肺癌中相对于野生型细胞受到差异调控。 通过测定这类miRNA的调控改变程度，可确定组织样品是否包括鳞状细胞肺癌细胞。在另一种形式中，本专利技术为预测鳞状细胞肺癌的预后的方法。申请者已发现了 某些其他miRNA，其使得能对患有鳞状细胞肺癌的患者对预后进行预测。通过监测这些 miRNA,可提供更准确的预后。附图说明本专利技术参照附图进行公开，其中图1A是将所关注的miRNA序列的数目与预测预后相关的坐标图。图1B是针对miR_146b表达的两种差异水平的存活百分比与时间相关的坐标图。对应参考符号表明贯穿若干视图的对应部分。本文列出的例子示出了本专利技术的几 个实施例，但是不应该理解为以任何方式限制本专利技术的范围。具体实施例方式定义短语“调控改变”指细胞组分(例如miRNA)相对于野生型细胞中相同细胞组分丰 度的丰度改变。短语“下调”指所考虑的细胞组分丰度的下降，而短语“上调”指组分丰度 增加。根据差异miRNA调控鉴别鳞状细胞肺癌将鳞状细胞肺癌组织与野生型组织比较并鉴定了十五种差异表达的miRNA(表 1)。组织样品包括细胞系和临床样品两者。根据常规技术从细胞样品提取总RNA。例如，可 将mirVana分离试剂盒(Ambion)用于速冻样品而将RecoverAll 总核酸分离试剂盒用于 福尔马林固定石蜡包埋的(FFPE)样品(Ambion)。也可以使用其他常规的RNA提取方法。 一旦提取总RNA后，可通过凝胶电泳分离小的(少于四十个核苷酸的)RNA。对样品进行分 析以确定特定miRNA序列的种类和丰度。可将任何合适的技术用来确定种类和丰度，例如 但不限于市售的miRNA试剂盒，例如mirVana Bioarray (Ambion)。在鳞状细胞肺癌细胞中 鉴定了十五种表达相对于野生型样品显著改变的miRNA。表1中示出了这些序列。表1.在正常肺和肺鳞状细胞癌之间差异表达的miRNA。 LN =肺正常信号强度(log2) ；LC =肺癌信号强度(log2)改变倍数=2ae_lN)在本专利技术的一个实施例中，对样品进行分析以确定表1的特定miRNA序列的丰度。 样品可以是组织样品，例如在外科手术操作期间获得的样品。或者，样品可从例如血样或从 类似来源以非侵入性方式获得。确定样品中特定miRNA的丰度并观测相对于一般样品的调 控改变。由于已知miRNA保持在细胞外，所以游离的miRNA可提供鳞状细胞肺癌的筛选方 法。该筛选方法可用非侵入性采样技术来进行，例如简单的血试验。以这种方式，可对高风 险群体中的患者进行常规的检测以帮助鉴别早期的癌发展。在另一个实施例中，对miRNA丰度进行观测以将鳞状细胞肺癌与腺癌区分。通过 观测miRNA表达的调控改变，即使是在组织形态未清晰时也可进行这种区别。肺鳞状细胞癌的预后已经发现了另外的miRNA序列，这些序列使得人们可对肺鳞状细胞癌的预后进行预测。因而二十种miRNA序列被鉴定为与鳞状细胞肺癌预后紧密相关。临床样品在1991年 十月至2002年7月之间收集。还收集了每位患者的病历并在表现出调控改变的那些miRNA 与患者预后之间进行相关分析。该相关分析方法的细节在本说明书其它地方进行论述。以 这种方式，鉴定出强烈影响患者预后的那些miRNA序列。表2列出了所鉴别的序列。表2.与鳞状细胞肺癌预后相关的miRNA。 平均0和平均1分别为野生型组织和癌性组织。使用五倍交叉验证，发现，当单独使用miR_146b(SEQ ID NO. 15)时预测三年内的 总体存活率的最高平均值为78%。当以线性方式向Mir-146b增加三种或更多种另外的 miRNA时，预测准确性降低至大约68%，但此后稳定。参见图1A。与低miRNA_146b组(95 个月)相比，高miRNAmiR-146上调的患者具有显著更差的总体存活率(26个月)。参见图 1B。在图1B中，“高”miRNA-146组(两条线中较低者)定义为miRNA_146水平高于中值的 那些。“低”miRNA-146组(两条线中较高者)定义为miRNA-146水平低于中值的那些。通过测量特定miRNA序列的丰度可给患者提供预测性预后。例如，可收集特定序 列的miRNA丰度与随时间变化的患者存活率相关的统计数据。例如，对于某种miRNA序列 有大的调控改变的患者，该数据可表明在接下来的三年内缓解的可能性为78%。可给患者 提供这种预测性预后。图1B提供了 miR-146b的样品数据，但这种数据不应理解为是限制 性的。可将额外的数据(例如患者的人口统计信息)考虑在内，使得可收集更广泛的统计 fn息omiRNA可用常规的技术从组织样品提取。这种样品可在外科手术操作期间获得。或者，可从非组织样品分离miRNA。例如，可从血液、粪便、尿或其他生物样品分离miRNA。将 样品中存在的特定miRNA的丰度与正常样品进行比较。上调的或下调的miRNA丰度可指示癌。特定miRNA序列的丰度可根据任意已知的技术测定。可使用例如但不限于QPCR。随附的序列表中的miRNA序列代表了通常分离的miRNA序列。所列出的序列末端 的改变是本领域已知的并且在本专利技术的范围内，前提条件是残基有至少95%的同源性。尽管已参考具体的实施例描述了本专利技术，但本领域技术人员将会理解，可进行多 种改变并且可用等价物取代其要素以适应于具体的情况而不背离本专利技术的范围。因而，旨 在不使本专利技术受限于所公开的具体实施例或考虑用于执行本专利技术的具体方式，而是本专利技术 将包括落入所附权利要求书的范围和精神的所有实施例。Tffe临床样品总共，对六十一份速冻肺SCC样品和10份匹配的正常的相邻肺组织样品的 miRNA表达进行评价。这些样品收集自1991年十月和2002年七月之间的密西根大学 医院(University of Michigan Hospital)的患者，征得了患者的同意和伦理委员会 (Institutional Review Board)的批准。选择用于分析的样品含有高于70%的肿瘤细胞。 在这六十一份肿瘤样品中，五十七份样品具有足够充分的随访临床信息并将其用于预后分 析。这五十七份中有五十四份此前用Affymetrix U133A GeneChip (GS本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种在人中预测鳞状细胞肺癌的预后的方法，包括如下步骤：观测提取的ＲＮＡ中微ＲＮＡ相对于野生型肺组织样品中相同微ＲＮＡ的调控改变，其中所述微ＲＮＡ选自：ＳＥＱＩＤＮＯ．１５、ＳＥＱＩＤＮＯ．１６、ＳＥＱＩＤＮＯ．１７、ＳＥＱＩＤＮＯ．１８、ＳＥＱＩＤＮＯ．１９、ＳＥＱＩＤＮＯ．２０、ＳＥＱＩＤＮＯ．２１、ＳＥＱＩＤＮＯ．２２、ＳＥＱＩＤＮＯ．２３、ＳＥＱＩＤＮＯ．２４、ＳＥＱＩＤＮＯ．２５、ＳＥＱＩＤＮＯ．２６、ＳＥＱＩＤＮＯ．２７、ＳＥＱＩＤＮＯ．２８、ＳＥＱＩＤＮＯ．２９、ＳＥＱＩＤＮＯ．３０、ＳＥＱＩＤＮＯ．３１、ＳＥＱＩＤＮＯ．３２、ＳＥＱＩＤＮＯ．３３、ＳＥＱＩＤＮＯ．３４以及它们的组合；根据所述观测预测鳞状细胞肺癌的预后。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】US 2007-10-30 60/983,756一种在人中预测鳞状细胞肺癌的预后的方法，包括如下步骤观测提取的RNA中微RNA相对于野生型肺组织样品中相同微RNA的调控改变，其中所述微RNA选自SEQ ID NO.15、SEQID NO.16、SEQ ID NO.17、SEQ ID NO.18、SEQ ID NO.19、SEQ ID NO.20、SEQ ID NO.21、SEQ ID NO.22、SEQID NO.23、SEQ ID NO.24、SEQ ID NO.25、SEQ ID NO.26、SEQ ID NO.27、SEQ ID NO.28、SEQ ID NO.29、SEQID NO.30、SEQ ID NO.31、SEQ ID NO.32、SEQ ID NO.33、SEQ ID NO.34以及它们的组合；根据所述观测预测鳞状细胞肺癌的预后。2.根据权利要求1所述的方法，还包括在所述观测调控改变的步骤之前除去多于四十 个核苷酸的RNA的步骤。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述微RNA选自SEQID NO. 15,SEQ ID NO. 16,SEQ ID NO. 19,SEQ ID NO. 20,SEQ ID NO. 24,SEQ ID NO. 25,SEQ ID NO. 26,SEQ ID NO. 30,SEQ ID NO. 31以及它们的组合。4.根据权利要求3所述的方法，其中对上调进行观测。5.根据权利要求1所述的方法，其中所述微RNA选自SEQI...
【专利技术属性】
技术研发人员：M拉波尼，LE多西，
申请(专利权)人：维里德克斯有限责任公司，
类型：发明
国别省市：US[美国]
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