一种基于医院本地化微生物mNGS平台的大肠杆菌MLST分型的引物组及方法技术

本发明专利技术属于微生物检测技术领域，具体而言，涉及一种基于医院本地化微生物mNGS平台的大肠杆菌MLST分型的引物组及方法。所述的引物组包括扩增dinB基因、icdA基因、pabB基因、polB基因、putP基因、trpB基因、trpA基因以及uidA基因的引物对，对应的核苷酸序列如SEQ ID NO：1~16所示。本发明专利技术根据医院内二代测序平台短测序读长（50 bp）、单端测序的技术特点，重新设计了用于大肠杆菌MLST管家基因扩增引物组，通过优化扩增子长度和位置，使扩增子适配于医院现有的二代测序平台测序工作原理。利用本发明专利技术的引物组、试剂盒或方法能够快速（24小时内）、准确地判定院内感染病原菌之间的亲缘关系，显著提升感染防控的时效性和科学性，具有广阔的临床应用前景。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于微生物检测，具体而言，涉及一种基于医院本地化微生物mngs平台的大肠杆菌mlst分型的引物组及方法。

技术介绍

1、院内感染也称为医院获得性感染，是指患者在医院接受治疗或护理期间感染引发的疾病。医院应积极采取措施预防和控制院内感染的发生，以保障患者的健康安全。其中，早发现、早处理是关键环节，只有及时识别感染迹象并迅速采取有效措施，才能最大程度地减少感染对患者的影响，防止其进一步扩散。为了判定是否发生院内感染，需要对细菌进行“分型”，根据细菌是否为同样的型别来判断是否出现院内感染事件，为后续的隔离、溯源等措施提供依据。

2、目前，用于微生物分型的方法有多种，主要包括：脉冲场凝胶电泳（pulsed-fieldgel electrophoresis，pfge）、多位点序列分型（multilocus sequence typing，mlst）和全基因组测序（wgs，whole genome sequencing）等。其中，mlst 技术具有精度高、标准统一等优点，是目前比较常用的方法。mlst是基于多个保守基因位点的核酸序列进行分型的技术本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基于医院本地化微生物mNGS平台的大肠杆菌MLST分型的引物组，其特征在于，包括扩增dinB基因的引物对、扩增icdA基因的引物对、扩增pabB基因的引物对、扩增polB基因的引物对、扩增putP基因的引物对、扩增trpB基因的引物对、扩增trpA基因的引物对以及扩增uidA基因的引物对；

2.一种基于医院本地化微生物mNGS平台的大肠杆菌MLST分型的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求1所述的引物组，且各引物的浓度各自独立的为10 µM。

3.根据权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括2X TaqMan FastqPCR Maste...

【技术特征摘要】

1.一种基于医院本地化微生物mngs平台的大肠杆菌mlst分型的引物组，其特征在于，包括扩增dinb基因的引物对、扩增icda基因的引物对、扩增pabb基因的引物对、扩增polb基因的引物对、扩增putp基因的引物对、扩增trpb基因的引物对、扩增trpa基因的引物对以及扩增uida基因的引物对；

2.一种基于医院本地化微生物mngs平台的大肠杆菌mlst分型的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求1所述的引物组，且各引物的浓度各自独立的为10 µm。

3.根据权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括2x taqman fastqpcr master mix。

4.权利要求1所述引物组或权利要求2或3所述试剂盒在大肠杆菌mlst分型的大肠杆菌mngs测序建库中的应用。

5.一种大肠杆菌mlst分型的mngs测序建库方法，其特征在于，包括以下步骤：

6.根据权利要求5所述的...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘畅，伏旭，谢晖，李楚楚，张伟明，
申请(专利权)人：南京鼓楼医院，
类型：发明
国别省市：