【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物信息学，具体涉及一种基于邻近cpg位点共甲基化状态的全基因组甲基化区域拆分方法及其应用。
技术介绍
1、dna甲基化是表观遗传标记，在基因调节、发育和癌症发展过程中起到重要的作用。哺乳动物cpg位点甲基化是一个相对稳定的表观修饰，它们可以通过dnmt1在细胞分裂过程中传递，并通过dnmt3 家族和tet蛋白动态建立或移除。此外，甲基化转移酶和去甲基化酶具有局部一致的活性，这使得dna分子上邻近cpg位点表现出相似的甲基化状态，被称为共甲基化。有研究显示抑癌基因和发育调节子相关的cpg岛的全基因组范围的低甲基化和超甲基化是癌细胞的主要特征，并且全基因组范围内的cpg位点共甲基化状态也为癌症诊断提供了更丰富的信息来源。
2、传统的甲基化研究方法主要在cpg单位点、差异启动子区域、差异甲基化区域的平均甲基化水平去观测细胞群体整体甲基化情况。然而，肿瘤异质性是癌症的主要特征之一，这些方法则难以观测由于异质性造成的细胞群体内部甲基化的多样性。在癌症样本下一代测序（next generation sequencing,...
【技术保护点】
1.一种基于邻近CpG位点共甲基化状态的基因组甲基化区域拆分方法，其特征在于，包括如下步骤：
2.根据权利要求1所述的基因组甲基化区域拆分方法，其特征在于，所述步骤4）包括如下步骤：
3.根据权利要求2所述的基因组甲基化区域拆分方法，其特征在于，所述步骤4）中：
4.根据权利要求1-3任一所述的基因组甲基化区域拆分方法，其特征在于，所述步骤5）包括如下步骤：
5.根据权利要求1-3任一所述的基因组甲基化区域拆分方法，其特征在于，所述步骤1）中，所述测序数据通过如下步骤获得：
6.根据权利要求1-3任一所述的基...
【技术特征摘要】
1.一种基于邻近cpg位点共甲基化状态的基因组甲基化区域拆分方法，其特征在于，包括如下步骤：
2.根据权利要求1所述的基因组甲基化区域拆分方法，其特征在于，所述步骤4）包括如下步骤：
3.根据权利要求2所述的基因组甲基化区域拆分方法，其特征在于，所述步骤4）中：
4.根据权利要求1-3任一所述的基因组甲基化区域拆分方法，其特征在于，所述步骤5）包括如下步骤：
5.根据权利要求1-3任一所述的基因组甲基化区域拆分方法，其特征在于，所述步骤1）中，所述测序数据通过如下步骤获得：
6.根据权利要求1-3任一所述的基因组甲基化区域拆分方法，其...
【专利技术属性】
技术研发人员：邓望龙，叶雷，任用，李诗濛，
申请(专利权)人：江苏先声医学诊断有限公司，
类型：发明
国别省市：
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