一种融合门控机制与对比学习的化合物-蛋白质相互作用预测方法技术

技术编号:44918117 阅读:25 留言:0更新日期:2025-04-08 18:59
本发明专利技术提出了一种融合门控机制与对比学习的化合物‑蛋白质相互作用预测方法,包括如下步骤:首先通过编码层对氨基酸序列和化合物分子进行特征提取,对于氨基酸序列,采用n‑gram方法对其进行分割,以保留局部序列特征,并通过长短期记忆网络(LSTM)来捕捉序列中的有序性和长期依赖性,从而获取更丰富的序列表示,对于化合物分子,利用图神经网络(GNN)提取其原子特征和分子结构信息,充分捕捉分子图中的拓扑关系和局部结构;接下来,模型通过门控机制(Gate Mechanism)将提取到的特征进行融合,有效过滤掉冗余信息,保留关键特征,从而增强特征表达的精度;在此基础上,引入对比学习(Contrastive Learning),通过对相似和非相似样本的对比学习,进一步提高模型的区分能力,使其能够更精确地识别化合物与蛋白质之间的相互作用;最后,模型通过解码层将化合物与蛋白质的特征拼接,实现对相互作用的准确预测。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物信息学和深度学习,具体是一种融合门控机制与对比学习的化合物-蛋白质相互作用(compound-protein interaction, cpi)预测模型。该模型旨在解决现有cpi预测方法在特征提取和信息融合方面的局限性,通过引入门控机制和对比学习技术,提高cpi预测的准确性和可靠性,从而加速新药研发进程,降低药物研发成本。本专利技术所涉及的涵盖了化合物与蛋白质相互作用的计算预测,包括但不限于生物化学实验方法、基于结构的计算方法以及基于机器学习的预测方法。在此基础上,本专利技术提出了一种新的计算模型,该模型结合了深度学习中的门控机制和对比学习技术,能够更有效地提取和融合化合物与蛋白质的特征信息,实现对cpi的精确预测。


技术介绍

1、本部分的陈述仅仅是提供了与本专利技术相关的
技术介绍
信息,并不必然构成在先技术。在生物医药和药物研发领域,化合物-蛋白质相互作用(compound-proteininteraction, cpi)的预测是药物发现过程中的一个关键环节。cpi的准确预测有助于科研人员快速筛选潜在的药物候选分子,从而加速新药研发进程,本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种融合门控机制与对比学习的化合物-蛋白质相互作用预测方法,其特征是,包括如下过程:

2.如权利要求1所述的一种融合门控机制与对比学习的化合物-蛋白质相互作用预测方法,其特征是,所述编码层对氨基酸序列进行特征提取时,采用n-gram方法对其进行分割,并通过长短期记忆网络(LSTM)捕捉序列中的有序性和长期依赖性。

3.如权利要求1所述的一种融合门控机制与对比学习的化合物-蛋白质相互作用预测方法,其特征是,所述编码层对化合物分子进行特征提取时,利用图神经网络(GNN)提取其原子特征和分子结构信息,充分捕捉分子图中的拓扑关系和局部结构。

4.如权利要求...

【技术特征摘要】

1.一种融合门控机制与对比学习的化合物-蛋白质相互作用预测方法,其特征是,包括如下过程:

2.如权利要求1所述的一种融合门控机制与对比学习的化合物-蛋白质相互作用预测方法,其特征是,所述编码层对氨基酸序列进行特征提取时,采用n-gram方法对其进行分割,并通过长短期记忆网络(lstm)捕捉序列中的有序性和长期依赖性。

3.如权利要求1所述的一种融合门控机制与对比学习的化合物-蛋白质相互作用预测方法,其特征是,所述编码层对化合物分子进行特征提取时,利用图神经网络(gnn)提取其原子特征和分子结构信息,充分捕捉分子图中的拓扑关系和局部结构。

4.如权利要求1所述的一种融合门控机制与对比学习的化合物-蛋白质相互作用预测方法,其特征是,所述门控机制通过sigmoid激...

【专利技术属性】
技术研发人员:柳楠贾晓田刘承慧荆昊
申请(专利权)人:山东建筑大学
类型:发明
国别省市:

网友询问留言 已有0条评论
  • 还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。

1