用于光学检测和测序的接头和方法技术

技术编号:44716233 阅读:12 留言:0更新日期:2025-03-21 17:45
本公开提供用于标记底物例如核苷酸、蛋白质、抗体、脂质和细胞的标记试剂。本文提供的标记试剂可包括荧光标记和半刚性接头。本文还提供了用于使用包含此类标记试剂的材料进行核酸测序的方法。

【技术实现步骤摘要】


技术介绍

1、细胞和生物分子的检测、定量和测序对于分子生物学和医学应用(例如,诊断)可能很重要。基因检测可能对许多诊断方法有用。例如,由罕见的遗传学改变(例如,序列变异)或表观遗传标志物的变化(例如癌症和部分或完全非整倍体)引起的病症可以用脱氧核糖核酸(dna)或核糖核酸(rna)序列信息检测或更准确地表征。

2、核酸测序是可用于为核酸样本提供序列信息的过程。这样的序列信息可能有助于诊断和/或治疗患有病况的受试者。例如,受试者的核酸序列可用于鉴定、诊断和潜在地开发用于遗传疾病的治疗。作为另一个实例,对病原体的研究可能导致接触传染病的治疗。

3、核酸测序可以包括荧光标记的部分的使用。此类部分可以用有机荧光染料标记。检测方案的灵敏度可以通过使用具有高消光系数和量子产率的染料来提高,这些特性的乘积可以称为染料的“亮度”。染料亮度可能会因猝灭现象而减弱,包括通过生物材料猝灭、通过与其他染料的邻近猝灭和通过溶剂猝灭。亮度损失的其他途径包括光漂白、对分子氧的反应性和化学分解。


技术实现思路>

1、本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种方法,所述方法包括:

2.根据权利要求1所述的方法,其中所述多个非终止核苷酸包括相同规范碱基类型的核苷酸。

3.根据权利要求1所述的方法,其中所述第一核苷酸包括荧光染料。

4.根据权利要求3所述的方法,其中所述荧光染料是可切割的。

5.根据权利要求4所述的方法,还包括:

6.根据权利要求5所述的方法,其中所述多个非终止核苷酸和所述第二多个非终止核苷酸包括不同规范碱基类型的核苷酸。

7.根据权利要求5所述的方法,其中所述第三核苷酸包括与所述荧光染料相同类型的另外的荧光染料。

8.根据权利要求1所述的...

【技术特征摘要】

1.一种方法,所述方法包括:

2.根据权利要求1所述的方法,其中所述多个非终止核苷酸包括相同规范碱基类型的核苷酸。

3.根据权利要求1所述的方法,其中所述第一核苷酸包括荧光染料。

4.根据权利要求3所述的方法,其中所述荧光染料是可切割的。

5.根据权利要求4所述的方法,还包括:

6.根据权利要求5所述的方法,其中所述多个非终止核苷酸和所述第二多个非终止核苷酸包括不同规范碱基类型的核苷酸。

7.根据权利要求5所述的方法,其中所述第三核苷酸包括与所述荧光染料相同类型的另外的荧光染料。

8.根据权利要求1所述的方法,还包括:

9.根据权利要求8所述的方法,其中所述多个非终止核苷酸和所述第二多个非终止核苷酸包括不同规范碱基类型的核苷酸。

10.根据权利要求8所述的方法,其中所述多个非终止核苷酸和所述第二多个非终止核苷酸包括相同规范碱基类型的核苷酸。

11.根据权利要求8所述的方法,其中所述第三核苷酸包括荧光染料。

12.根据权利要求11所述的方法,其中在不从所述第一核苷酸切割荧光染料的情况下进行(i)中的所述接触。

13.根据权利要求11所述的方法,进一步包括重复(i)-(iii)至少5次,每次在没有从所述第一核苷酸切割荧光染料的情况下使用包含至少20%的标记的核苷酸的非终止核苷酸的不同溶液。

14.根据权利要求1所述的方法,其中所述多个非终止核苷酸中至少约50%、70%、80%、90%、95%或99%是标记的核苷酸。

15.根据权利要求1所述的方法,其中所述多个非终止核苷酸基本上全部是标记的核苷酸。

16.根据权利要求1所述的方法,其中(c)中的所述解析包括确定来自所述溶液的掺入所述生长链中的连续核苷酸的数量。

17.根据权利要求16所述的方法,其中所述数量选自下组:2、3、4、5、6、7或8个核苷酸。

18.根据权利要求16所述的方法,其中在(c)中的所述解析包括处理所述溶液的容差,其中所述容差包括比较所述溶液中掺入的标记的核苷酸与掺入的未标记的核苷酸的比率。

19.根据权利要求1所述的方法,其中所述第二核苷酸未被标记。

20.根据权利要求1所述的方法,其中所述第二核苷酸被标记。

21.根据权利要求1所述的方法,其中所述第一核苷酸和所述第二核苷酸被标记。

22.根据权利要求21所述的方法,其中(b)包括检测来自所述第一核苷酸和所述第二核苷酸的一个或多个信号或信号变化。

23.根据权利要求22所述的方法,其中(c)包括解析来自掺入所述生长链的所述第一核苷酸和所述第二核苷酸的所述一个或多个信号或信号变化。

24.一种试剂盒,包括:多个接头,其中所述多个接头中的接头包括(i)一个或多个水溶性基团和(ii)两个或更多个环体系,其中所述接头通过所述核苷酸的核碱基与所述核苷酸偶联,其中所述两个或更多个环体系中的至少两个环体系通过不多于两个原子彼此连接,并且其中所述接头包括非蛋白原氨基酸,所述非蛋白原氨基酸包括所述两个或更多个环体系中的环体系。

25.根据权利要求24所述的试剂盒,其中所述接头与多个底物偶联。

26.根据权利要求25所述的试剂盒,其中所述多个底物选自由核苷酸、蛋白质、脂质、细胞和抗体组成的组。

27.根据权利要求24所述的试剂盒,其中所述接头与荧光染料连接。

28.根据权利要求24所述的试剂盒,其中所述接头包括多个非蛋白原氨基酸。

29.根据权利要求28所述的试剂盒,其中所述接头包含多个羟脯氨酸。

30.根据权利要求29所述的试剂盒,其中所述接头包含至少三个羟脯氨酸。

31.根据权利要求30所述的试剂盒,其中所述接头包含至少十个羟脯氨酸。

32.根据权利要求24所述的试剂盒,其中所述两个或更多个环体系中的所述至少两个环体系通过sp2碳原子彼此连接。

33.根据权利要求24所述的试剂盒,其中所述两个或更多个环体系中的所述至少两个环体系彼此直接连接而没有中间原子。

34.根据权利要求24所述的试剂盒,其中所述一个或多个水溶性基团选自吡啶鎓、咪唑鎓、季铵基团、磺酸盐、磷酸盐、醇、胺、亚胺、腈、酰胺、硫醇、羧酸、聚醚、醛、硼酸和硼酸酯。

35.根据权利要求24所述的试剂盒,其中所述接头还包括可切割基团,所述可切割基团被配置成被切割以将所述接头的第一部分与所述接头的第二部分分离。

36.根据权利要求35所述的试剂盒,其中所述可切割基团选自叠氮甲基基团、二硫键、烃基二硫代甲基基团和2-硝基苄氧基基团。

37.根据权利要求24所述的试剂盒,...

【专利技术属性】
技术研发人员:琳达·G·李吉拉德·阿莫吉史蒂文·孟肯
申请(专利权)人:阿尔缇玛基因组学公司
类型:发明
国别省市:

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