一种筛选高碱消值水稻的引物组合和方法及其应用技术

本发明专利技术涉及基因工程技术领域，特别是涉及一种筛选高碱消值水稻的引物组合和方法及其应用。引物组合包括SNP位点特异性引物对和反向引物；SNP位点特异性引物对的上游引物和下游引物的核苷酸序列依次如SEQ ID No.1～2所示；反向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。本发明专利技术通过测序ALK基因序列在chr.6的6752756处(既A‑GC和G‑GC)设计了A‑GC、G‑GC的分子标记，该标记由一对SNP等位特异引物及一条反向引物组成，以区分该位点的A/G碱基。若该位点碱基为A，为高碱消值；若为G为低碱消值。本发明专利技术提供的引物组合能够筛选高碱消值的水稻，提高育种材料的选择效率，降低漏检率。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及基因工程，特别是涉及一种筛选高碱消值水稻的引物组合和方法及其应用。

技术介绍

1、水稻是世界上主要粮食作物之一。2023年我国水稻播种面积为289.91万公顷,稻谷总产量为20660.3万吨。近年来随着物质生活水平的提高，人们对稻米品质的要求越来越高，其中食味品质包括直链淀粉含量、糊化温度、胶稠度等。

2、高振宇等最早通过图位克隆发克隆了alk基因，该基因包括8个外显子和7个内含子。根据不同品种间alk基因序列差异及减消法分析结果，推测alk基因编码区内的碱基替换可能引起了支链淀粉晶体层结构的改变，从而导致了糊化温度的改变。进一步研究发现，alk基因第8外显子的3个snp(4198a/t、4329g/t、4330c/t)组合差异对ssⅱa功能和淀粉的糊化特性至关重要。李闯等分析了云南哈尼梯田收集到的111份水稻材料，发现g-tt类型以籼稻为主，占75％；a-gc类型以粳稻为主，约占73％。由这3个snp组成的3种组合类型(a-gc、g-gc和g-tt)中，a-gc和g-tt两种组合主要控制低(<66℃)和中低(66-70℃)本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种筛选高碱消值水稻的引物组合，其特征在于，包括SNP位点特异性引物对和反向引物；

2.一种筛选高碱消值水稻的方法，其特征在于，包括以下步骤：

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述步骤1)扩增的体系为：2×PARMSmastermix 5μL、浓度为10μM的上游引物0.15μL、浓度为10μM的下游引物0.15μL、浓度为10μM的反向引物0.15μL、基因组DNA 10～100ng，ddH2O补足至10μL。

4.根据权利要求2或3所述的方法，其特征在于，所述扩增的程序为：94℃20min；94℃20s，65～57℃每循环降低0.8℃...

【技术特征摘要】

1.一种筛选高碱消值水稻的引物组合，其特征在于，包括snp位点特异性引物对和反向引物；

2.一种筛选高碱消值水稻的方法，其特征在于，包括以下步骤：

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述步骤1)扩增的体系为：2×parmsmastermix 5μl、浓度为10μm的上游引物0.15μl、浓度为10μm的下游引物0.15μl、浓度为10μm的反向引物0.15μl...

【专利技术属性】
技术研发人员：杜雪树，杨大兵，胡亮，李进波，万丙良，夏明元，戚华雄，
申请(专利权)人：湖北省农业科学院粮食作物研究所，
类型：发明
国别省市：