一种快速匹配育种改良亲本组合物、获取方法及应用技术

本发明专利技术属于基因育种技术领域，公开了一种快速匹配育种改良亲本组合物、获取方法及应用。该方法获取得到基础SNP标记；基于收集到的表型进行GWAS分析，并对和表型相关联的标记进行优势基因型的鉴定，构建功能位点优势基因型库；计算功能位点对表型的贡献度PVE进行分析，同时计算每一个材料或群体的连锁区域Block，构建材料PVE分值库和Block库；基于优势基因型、功能位点的PVE、材料/群体的连锁区域Block进行两两材料间的匹配组合，获取每个材料的最佳组合亲本。本发明专利技术可实现更多有利基因型聚合的状态。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于基因育种，尤其涉及一种快速匹配育种改良亲本组合物、获取方法及应用。

技术介绍

1、育种是提高作物产量的重要手段。常规育种手段主要利用性状记录值、基于系谱计算的个体间亲缘关系，综合考虑性状差异进行样本的选择。但在这过程中也存在很多问题，包括亲本要存在表型差异，而往往判定表型存在差异是需要大量材料的表型进行统计的，这不仅需要很长的培育周期，还需要耗费不少的人力。基因组信息很大程度上决定着表型的发展方向，因此可通过基因组直接对不同亲本候选者的变异信息进行匹配和组合来确定获取优质目标性状子代潜力较大的最佳组合亲本以避免大量的表型统计和较长的生长周期，此外已知功能位点代表性得到过验证，涵盖这些位点很有必要。

2、优势位点需要被考虑。基因组上存在大量的变异信息，这些变异信息对不同的表型存在不同的效应，因此通过gwas分析鉴定到的大量和表型相关联的标记往往对表型有着更大的影响潜力。

3、位点间的搭载效应具有很强的改良突破潜力，位于同一个block区域内的位点往往处于很强的连锁状态，因此会出现一个优势的基因型可能搭载着多个劣势的位点。本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种快速匹配育种改良亲本组合物的获取方法，其特征在于，该方法分析功能位点之间的基因型互补情况，结合每一个功能位点对表型的贡献度PVE以及不同分群/材料之间的Block进行评估，为亲本组合时打破位点之间搭载效应以此在子代中聚合更多优势基因型提供参考；具体包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的快速匹配育种改良亲本组合物的获取方法，其特征在于，在步骤S1中，获取得到基础SNP标记，包括：

3.根据权利要求1所述的快速匹配育种改良亲本组合物的获取方法，其特征在于，在步骤S2中，在表型中，单株产量高和粒重表现高的基因型为优势基因型；株高在范围内表现低的基因型被判断为优...

【技术特征摘要】

1.一种快速匹配育种改良亲本组合物的获取方法，其特征在于，该方法分析功能位点之间的基因型互补情况，结合每一个功能位点对表型的贡献度pve以及不同分群/材料之间的block进行评估，为亲本组合时打破位点之间搭载效应以此在子代中聚合更多优势基因型提供参考；具体包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的快速匹配育种改良亲本组合物的获取方法，其特征在于，在步骤s1中，获取得到基础snp标记，包括：

3.根据权利要求1所述的快速匹配育种改良亲本组合物的获取方法，其特征在于，在步骤s2中，在表型中，单株产量高和粒重表现高的基因型为优势基因型；株高在范围内表现低的基因型被判断为优势基因型。

4.根据权利要求1所述的快速匹配育种改良亲本组合物的获取方法，其特征在于，在步骤s2中，构建功能位点优势基因型库，包括：根据实验以及gwas结果，对材料的每个性状相关基因型位点进行评分，优势等位基因型评分为1，劣势等位基因评分为-1；按照每个位点的顺序以及分值情况，每个样本形成一个基因型分值矩阵；最终所有样本材料共同组成功能位点优势基因型库。

5.根据权利要求1所述的快速匹配育种改良亲本组合物的获取方法，其特征在于，在步骤s3中，计算功能位点对表型的贡献度pve进行分析，包括：使用软件r包lme4计算功能位点对表型的贡献度pve进行分析；

6.根据权利要求1所述的快速匹配育种改良亲本组合物的获取方法，其...

【专利技术属性】
技术研发人员：焦成智，杨思学，周川清，
申请(专利权)人：天津极智基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：