【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及细胞分析领域，尤其涉及一种整合单细胞转录组、块转录组和临床表型信息的细胞分析方法和装置。
技术介绍
1、将临床表型特征整合入细胞分析领域中仍然是一个严峻的挑战。传统的对细胞异质性的研究往往依赖于仅来自单细胞数据的表型信息，忽视了在大规模测序中可获得的丰富临床数据。尝试将临床信息与单个细胞相关联的努力仍然有限，并且缺乏噪声鲁棒性。已有方法包括scissor[1],scdeal[2],scab[3],pacsi[4],and degas[5]。以上方法都是通过评估单细胞和块转录组之间的相似性来进行多组学数据整合，进而将块转录组数据所对应的临床表型信息映射到单细胞上。但是已有方法都是在单细胞转录组和块转录组数据上直接整合。由于不同类型数据间的不匹配性、各种噪声干扰，使得已有方法的结果无法可靠地估计每个细胞所对应的临床表型。
2、因此，本领域的技术人员致力于开发一种噪音更小、能够可靠估计细胞亚群特征的细胞分析方法，使得能够深入了解疾病进展相关细胞/分子微观特征，进而设计更加有效的治疗方案。
3、参考文献：<...
【技术保护点】
1.一种整合单细胞转录组、块转录组和临床表型信息的细胞分析方法，其特征在于，所述方法整合单细胞转录组数据以及块转录组数据，所述块转录组数据包括匹配的临床表型元信息。
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述临床表型元信息包括生存期、治疗响应性。
3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述方法具体为：
4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，应用偏最小二乘判别分析即PLSDA将单细胞数据X′S和X′B投影到另一个特征空间中，新的特征空间由与不同临床表型判别相关的动态特征构成，即伪动态空间，基于X′B和临床元数据构建伪动态空间投影...
【技术特征摘要】
1.一种整合单细胞转录组、块转录组和临床表型信息的细胞分析方法，其特征在于，所述方法整合单细胞转录组数据以及块转录组数据，所述块转录组数据包括匹配的临床表型元信息。
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述临床表型元信息包括生存期、治疗响应性。
3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述方法具体为：
4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，应用偏最小二乘判别分析即plsda将单细胞数据x′s和x′b投影到另一个特征空间中，新的特征空间由与不同临床表型判别相关的动态特征构成，即伪动态空间，基于x′b和临床元数据构建伪动态空间投影模型，然后将该模型应用于x′s，具体步骤如下：
5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，使用seuratr包对细胞x″s进行聚类。
6.如权利要求5所述的方法...
【专利技术属性】
技术研发人员：邹欣，
申请(专利权)人：上海谷艾生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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