一种用于降低基于边连接边测序的原位测序方法中细胞核背景的探针引物组及其应用技术

本申请涉及空间转录组学的技术领域，具体涉及一种用于降低基于边连接边测序的原位测序方法中细胞核背景的探针引物组及其应用。该探针引物组包括用于形成滚环扩增产物的至少一个成环探针和能够与滚环扩增产物杂交的检测探针组；成环探针与靶标序列特异杂交互补；以5’至3’为正向，原位测序方法依次包括上游正向测序、上游反向测序、下游反向测序以及下游正向测序；检测探针组包括上游锚定引物、下游锚定引物、第一荧光测序探针组以及第二荧光测序探针组；其中，上下游的锚定引物与荧光测序探针组的方向相同，为双端同向测序。利用本申请提供的探针引物组可有效提升信噪比，同时提高该方法的信号检出量以及可检测的靶标通量。

【技术实现步骤摘要】

本申请涉及空间转录组学的，尤其涉及一种用于降低基于边连接边测序的原位测序方法中细胞核背景的探针引物组及其应用。

技术介绍

1、器官由不同的细胞类型组成，具有高度结构化，以正确高效地行使其相应的生物学功能。传统的bulk rna-seq(rna测序技术)和scrna-seq(单细胞rna测序)破坏了组织的结构，因此丧失了细胞或基因原始的空间信息。为了更加充分地理解特定细胞类型的基因功能，以及空间位置邻近细胞或基因之间的交流，我们需要了解基因表达的丰度及其表达的具体时间和空间位置信息。这一迫切需求使得空间转录组学技术在近年得到了迅速发展。

2、空间转录组学技术能够定位和区分功能基因在特定组织区域内的活跃表达，从而为基础研究和临床诊断提供重要信息。作为一项突破性的组学研究新技术，其能够检测组织样本中不同微环境下的基因活动情况，绘制活动基因表达的空间图谱。

3、目前，根据目标基因的空间定位和丰度确定方式，空间转录组学技术主要分为基于显微成像的方法以及基于测序的方法两大类。基于显微成像的方法是根据细胞或者组织内mrna分子的原始位置进行原位测本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种用于降低基于边连接边测序的原位测序方法中细胞核背景的探针引物组，其特征在于，所述探针引物组包括用于形成滚环扩增产物的至少一个成环探针和能够与所述滚环扩增产物杂交的检测探针组；

2.根据权利要求1所述的探针引物组，其特征在于，所述靶标序列包括细胞本身的RNA和外源性基因在细胞内部表达的RNA。

3.根据权利要求1所述的探针引物组，其特征在于，所述细胞为游离的待测细胞或组织内的细胞。

4.根据权利要求1所述的探针引物组，其特征在于，所述成环探针为双连接探针或锁式探针。

5.一种用于原位测序方法的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求...

【技术特征摘要】

1.一种用于降低基于边连接边测序的原位测序方法中细胞核背景的探针引物组，其特征在于，所述探针引物组包括用于形成滚环扩增产物的至少一个成环探针和能够与所述滚环扩增产物杂交的检测探针组；

2.根据权利要求1所述的探针引物组，其特征在于，所述靶标序列包括细胞本身的rna和外源性基因在细胞内部表达的rna。

3.根据权利要求1所述的探针引物组，其特征在于，所述细胞为游离的待测细胞或组织内的细胞。

4.根据权利要求1所述的探针引物组，其特征在于，所述成环探针为双连接探针或锁式探针。

5.一种用于原位测序方法的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求1...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘玲，路锟，高锦月，缪志刚，王春明，顾志鹏，
申请(专利权)人：厦门德运芯准科技有限公司，
类型：发明
国别省市：