作物线粒体编辑位点预测方法、系统及存储介质技术方案

技术编号:43567374 阅读:21 留言:0更新日期:2024-12-06 17:37
本发明专利技术公开了一种作物线粒体编辑位点预测方法、系统及存储介质,获取多个物种的线粒体基因组序列和对应的C‑to‑U RNA编辑位点注释信息;以编辑位点为中心,在线粒体基因组序列和对应的C‑to‑U RNA编辑位点注释信息序列上游、下游各取设定长度的片段作为正样本;以无编辑位点注释的任一位点为中心,在线粒体基因组序列和对应的C‑to‑U RNA编辑位点注释信息上游、下游各取设定长度的片段作为负样本;利用各物种对应的部分正样本和负样本构建各个物种的训练集,将各物种的训练集作为卷积神经网络的输入,得到各物种对应的最优预测模型。本发明专利技术预测精度高,能够更好的拟合出不同物种C‑to‑U RNA编辑的潜在编码机理。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及编辑位点预测技术,特别是一种作物线粒体编辑位点预测方法、系统及存储介质


技术介绍

1、rna编辑是指由rna水平的核苷酸改变所引起密码子发生变化的一种预定修饰,通过核苷酸的替换、插入或删除而实现,是线粒体基因产生功能蛋白所必需的加工步骤,同时也是细胞核调控线粒体基因表达的重要方式之一,自20世纪首次被发现至今,rna编辑的机理研究一直受到高度关注。

2、c-to-u rna编辑是作物中最常见的类型。高效地、快速地、经济地鉴定c-to-u rna编辑位点仍是一个巨大的挑战。传统rna编辑位点鉴定实验流程复杂,步骤多,成本高,虽然结果较为准确,但是往往只能对编码区单个基因进行鉴定,事实上,非编码区也存在的rna编辑现象同样可以调控基因表达;其次,整个实验流程也会存在许多潜在的干扰,如pcr错误、snp和突变体的dna编辑干扰,以及不同类型细胞基因表达水平对转录本影响等,在鉴定时,需要使用一系列技术手段来减少错误结果的影响。

3、得益于机器学习的发展,为编辑位点高精度预测提供了新的研究思路。众多学者通过传统的机器学习方法,本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种作物线粒体编辑位点预测方法,其特征在于,包括以下步骤:

2.根据权利要求1所述的作物线粒体编辑位点预测方法,其特征在于,所述卷积神经网络训练过程中,学习率设置为0.001。

3.根据权利要求1所述的作物线粒体编辑位点预测方法,其特征在于,所述第一卷积层、第二卷积层尺寸设置为16~30。

4.根据权利要求1所述的作物线粒体编辑位点预测方法,其特征在于,所述正样本和所述负样本的数量相等。

5.根据权利要求1~4之一所述的作物线粒体编辑位点预测方法,其特征在于,步骤S1中:

6.根据权利要求5所述的作物线粒体编辑位点预测方法,...

【技术特征摘要】

1.一种作物线粒体编辑位点预测方法,其特征在于,包括以下步骤:

2.根据权利要求1所述的作物线粒体编辑位点预测方法,其特征在于,所述卷积神经网络训练过程中,学习率设置为0.001。

3.根据权利要求1所述的作物线粒体编辑位点预测方法,其特征在于,所述第一卷积层、第二卷积层尺寸设置为16~30。

4.根据权利要求1所述的作物线粒体编辑位点预测方法,其特征在于,所述正样本和所述负样本的数量相等。

5.根据权利要求1~4之一所述的作物线粒体编辑位点预测方法,其特征在于,步骤s1中:

【专利技术属性】
技术研发人员:周玮覃思东
申请(专利权)人:湖南农业大学
类型:发明
国别省市:

网友询问留言 已有0条评论
  • 还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。

1