【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本文提供的方法和组合物的一些实施方案涉及封闭式基底，其中核酸与基底的非特异性结合减少。一些实施方案包括使用载体核酸。更多的实施方案包括使用与寡核苷酸，诸如含有一个或多个硫代磷酸酯键的寡核苷酸接触的小珠。此类基底可用于从靶核酸的短读段获得长读段信息的方法中。
技术介绍
1、用于核酸样品的下一代测序(ngs)的当前方案通常采用将dna或rna转化成片段化可测序模板的文库的样品制备过程。样品制备方法通常需要多个步骤、材料转移以及昂贵的仪器来实现片段化，并且因此往往是困难、繁琐、昂贵且低效的。
2、在一种方法中，核酸片段文库可使用基于转座体的方法来制备，其中，两个转座子末端序列(其中一个连接到标签序列)与转座酶形成转座体复合物。该转座体复合物用于在溶液中将靶核酸片段化并加标签，以生成准备好用于测序仪的标签片段化文库。该转座体复合物可被固定在固体表面上，诸如通过附加在两个末端序列之一的5'端的生物素。使用固定化转座体通过减少手动和总的文库制备时间、成本和试剂要求，降低样本输入量要求，以及能够使用未纯化或降解的样本作为文库制备的起点，提...
【技术保护点】
1.一种用于稳定核酸样品的方法，所述方法包括使所述核酸样品与以下物质接触：(i)寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包含含有硫代磷酸酯键的主链；或(ii)载体核酸。
2.根据权利要求1所述的方法，其中使所述核酸样品与所述寡核苷酸接触。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述寡核苷酸包含20个、40个、60个或更多个连续核苷酸。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸包含60个连续核苷酸或由60个连续核苷酸组成。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中至少50％、70％、90％或95％的所述主链包含硫
...【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种用于稳定核酸样品的方法，所述方法包括使所述核酸样品与以下物质接触：(i)寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包含含有硫代磷酸酯键的主链；或(ii)载体核酸。
2.根据权利要求1所述的方法，其中使所述核酸样品与所述寡核苷酸接触。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述寡核苷酸包含20个、40个、60个或更多个连续核苷酸。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸包含60个连续核苷酸或由60个连续核苷酸组成。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中至少50％、70％、90％或95％的所述主链包含硫代磷酸酯键。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中100％的所述主链包含硫代磷酸酯键。
7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸包含缺乏在低于25℃、0℃或低于-40℃的温度下形成发夹结构的能力的序列。
8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸包含[aaa(ct)x]y的核苷酸序列基序，其中x为2至5，并且y为2至6。
9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸包含与seq id no:02-04中任一项所示的核苷酸序列至少70％、90％、95％或100％的序列同一性。
10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸包含seq id no:02中所示的核苷酸序列。
11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸包含dna。
12.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸包含rna。
13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸是单链的。
14.根据权利要求1所述的方法，其中使所述核酸样品与所述载体核酸接触；其中所述核酸样品包含靶核酸。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述载体核酸和所述靶核酸各自来源于彼此不同的界、门、纲、目、科、属或种的生物体的基因组；任选地，其中所述载体核酸来源于鱼的基因组。
16.根据权利要求14或15所述的方法，其中所述载体核酸包含鲑鱼精dna、trna或sirna。
17.根据权利要求14至16中任一项所述的方法，其中所述载体核酸具有小于5000个连续核苷酸的平均长度；任选地，100个至5000个连续核苷酸范围内的平均长度；任选地，100个至1000个连续核苷酸范围内的平均长度。
18.根据权利要求14至16中任一项所述的方法，其中所述载体核酸具有大于5000个连续核苷酸的平均长度；任选地，5000个至10000个连续核苷酸范围内的平均长度。
19.根据权利要求14至18中任一项所述的方法，其中所述靶核酸包含衔接子；任选地，其中所述衔接子包含选自p5序列(seq id no:05)、p7序列(seq id no:06)或它们的互补序列的核苷酸序列。
20.根据权利要求14至19中任一项所述的方法，其中所述靶核酸具有小于10nm、100pm、20pm或5pm的浓度。
21.根据权利要求14至20中任一项所述的方法，其中所述靶核酸包含：(i)噬菌体核酸；任选地，其中所述噬菌体是phix；或(ii)哺乳动物核酸；任选地，其中所述靶核酸是人的。
22.根据权利要求14至21中任一项所述的方法，其中所述靶核酸包含dna；任选地，其中所述靶核酸是单链的。
23.根据权利要求1至22中任一项所述的方法，其中所述靶核酸具有小于500nm、100nm、10nm、100pm、20pm或5pm的浓度。
24.根据权利要求1至23中任一项所述的方法，所述方法还包括对所述核酸样品进行测序，其中与缺乏所述寡核苷酸或所述载体核酸的核酸样品相比，从所述核酸样品获得的序列数据得到改善；任选地，其中所述改善包括选自n50、gc偏倚、重复读段百分比、读段冗余度、错误率、cfr强度、比对百分比、通过滤波器百分比、簇通过滤波器和平均簇密度的改善的测序度量。
25.一种用于减少与基底的非特异性核酸结合的方法，所述方法包括：
26.根据权利要求25所述的方法，其中所述基底包含小珠。
27.根据权利要求25或26所述的方法，其中所述基底包含磁珠。
28.根据权利要求25至27中任一项所述的方法，其中药剂结合至所述基底的表面，其中所述药剂选自链霉亲和素、生物素或它们的衍生物。
29.根据权利要求25至28中任一项所述的方法，其中所述接触持续大于30分钟的时段；任选地，其中所述接触持续大于1小时、6小时或12小时的时段。
30.根据权利要求25至29中任一项所述的方法，其中所述接触在室温下进行。
31.根据权利要求25至29中任一项所述的方法，其中所述接触在约4℃下进行。
32.根据权利要求25至31中任一项所述的方法，所述方法还包括使所述基底与多个转座体接触。
33.根据权利要求25至32中任一项所述的方法，所述方法还包括使所述基底与基因组dna接触。
34.根据权利要求25至33中任一项所述的方法，其中所述核酸包含dna；任选地，其中所述核酸包含基因组dna。
35.根据权利要求25至34中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸包含20个或更多个连续核苷酸；任选地，其中所述寡核苷酸包含40个或更多个连续核苷酸；任选地，其中所述寡核苷酸包含60个或更多个连续核苷酸。
36.根据权利要求25至35中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸包含60个连续核苷酸或由60个连续核苷酸组成。
37.根据权利要求25至36中任一项所述的方法，其中至少50％、70％、90％或95％的所述主链包含硫代磷酸酯键。
38.根据权利要求25至37中任一项所述的方法，其中100％的所述主链包含硫代磷酸酯键。
39.根据权利要求25至38中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸包含缺乏在低于25℃、0℃或低于-40℃的温度下形成发夹结构的能力的序列。
40.根据权利要求25至39中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸包含[aaa(ct)x]y的核苷酸序列基序，其中x为2至5，并且y为2至6。
41.根据权利要求25至40中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸包含与seq id no:02-04中任一项所示的核苷酸序列至少70％、90％、95％或100％的序列同一性。
42.根据权利要求25至41中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸包含seq id no:02中所示的核苷酸序列。
43.根据权利要求25至42中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸包含dna。
44.根据权利要求25至42中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸包含rna。
45.根据权利要求25至44中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸是单链的。
46.一种对与多个基底的非特异性核酸结合的水平进行归一化的方法，所述方法包括进行根据权利要求25至45中任一项所述的方法。
47.根据46所述的方法，其中所述多个基底包含来自不同批次的小珠。
48.一种组合物，所述组合物通过根据权利要求25至45中任一项所述的方法制备。
49.根据权利要求48所述的组合物，其中所述基底包含多个小珠。
50.一种封闭式小珠组合物，所述封闭式小珠组合物包含与寡核苷酸接触的磁珠，其中所述寡核苷酸包含含有硫代磷酸酯键的主链，并且其中与不与所述寡核苷酸接触的小珠的非特异性核酸结合相比，与所述封闭式小珠的非特异性核酸结合减少。
51.根据权利要求50所述的封闭式小珠组合物，其中药剂结合至所述小珠的表面，其中所述药剂选自链霉亲和素、生物素或它们的衍生物。
52.根据权利要求50或51所述的封闭式小珠组合物，其中所述核酸包含dna；任选地，其中所述核酸包含基因组dna。
53.根据权利要求50至52中任一项所述的封闭式小珠组合物，其中所述寡核苷酸包含20个、40个、60个或更多个连续核苷酸。
54.根据权利要求50至53中任一项所述的封闭式小珠组合物，其中至少50％、70％、90％或95％的所述主链包含硫代磷酸酯键。
55.根据权利要求50至54中任一项所述的封闭式小珠组合物，其中100％的所述主链包含硫代磷酸酯键。
56.根据权利要求50至55中任一项所述的封闭式小珠组合物，其中所述寡核苷酸包含缺乏在低于25℃、0℃或-40℃的温度下形成发夹结构的能力的序列。
57.根据权利要求50至56中任一项所述的封闭式小珠组合物，其中所述寡核苷酸包含[aaa(ct)x]y的核苷酸序列基序，其中x为2至5，并且y为2至6。
58.根据权利要求50至57中任一项所述的封闭式小珠组合物，其中所述寡核苷酸包含与seq id no:02-04中任一项所示的核苷酸序列至少70％、90％、95％或100％的序列同一性。
59.根据权利要求50至58中任一项所述的封闭式小珠组合物，其中所述寡核苷酸包含seq id no:02中所示的核苷酸序列。
60.根据权利要求50至59中任一项所述的封闭式小珠组合物，其中所述寡核苷酸包含dna。
61.根据权利要求50至59中任一项所述的封闭式小珠组合物，其中所述寡核苷酸包含rna。
62.根据权利要求50至61中任一项所述的封闭式小珠组合物，其中所述寡核苷酸是单链的。
63.根据权利要求50至62中任一项所述的封闭式小珠组合物，所述封闭式小珠组合物还包含结合至所述小珠的转座体。
64.一种用于制备核酸文库的方法，所述方法包括：
65.根据64所述的方法，其中步骤(c)和/或(d)包括...
【专利技术属性】
技术研发人员：盛欣，李建森，A·阿斯兰尼安，M·卡彭特，T·R·格罗斯，N·阿塔艾，T·竹井，M·A·N·梅西纳格罗斯，
申请(专利权)人：因美纳有限公司，
类型：发明
国别省市：
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