一种湖南地方猪品种SNP分子标记组合、SNP芯片及应用制造技术

本发明专利技术公开了一种湖南地方猪品种SNP分子标记组合、SNP芯片及应用。本发明专利技术的湖南地方猪品种SNP分子标记组合包括15478个SNP分子标记，其中包含全基因组位点14134个和群体分化指数高的位点1344个，本发明专利技术的SNP分子标记在全基因组均匀分布，且在8个湖南地方品种(广益黑猪、湘西黑猪、寺门前猪、东山猪、沙子岭猪、大围子猪、宁乡猪和黔邵花猪)的多态性高，有助于提高位点检出率，基于该SNP分子标记组合制得的SNP芯片可大规模的应用于湖南地方猪基因分型检测，为湖南地方猪的全基因组关联分析、全基因组育种选择、遗传多样性评估、种质资源和亲缘关系鉴定、遗传图谱构建及基因定位、分子标记辅助育种选择等提供高效的基因分型技术。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及基因芯片，尤其是涉及一种湖南地方猪品种snp分子标记组合、snp芯片及应用。

技术介绍

1、随着大规模基因分型平台的产生，动植物群体遗传学的研究得到迅速发展。snp技术作为近十年年较为热门的分子遗传标记技术，通过调整不同的密度实现更多的应用场景。目前高密度snp芯片现已广泛应用于畜禽性状遗传解析和育种实践中，常见的snp基因分型手段包括基因芯片和二代测序，囿于传统磁珠芯片标记密度不足和二代测序成本较高的桎梏，结合二者优点的液相芯片应运而生。

2、液相芯片又称悬浮芯片，是基于液相捕获的精准定位测序分型新技术(genotyping by pinpoint sequencing of liquid captured targets，cgps)，其中通过对目标位点探针设计后进行靶向捕获测序，既可以获得较高密度的snp标记，又能保证分型的准确率，同时成本较低，适合大规模分型检测。液相芯片最早是由美国luminex公司开发研制搭建的多功能分析平台，其所有反应都在液相中完成，有机地整合了荧光编码微球技术、激光分析技术、流式细胞技术、高速数字信号本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种湖南地方猪品种SNP分子标记组合，其特征在于，包括15478个SNP分子标记中的至少两个，所述15478个SNP分子标记在猪参考基因组Sscrofa11.1上的染色位置和编号信息如下所示：

2.一种检测权利要求1或权利要求2所述SNP分子标记组合的引物组和/或探针。

3.一种湖南地方猪品种SNP芯片，其特征在于，包括权利要求2所述的引物组和/或探针。

4.根据权利要求3所述的湖南地方猪品种SNP芯片，其特征在于，所述湖南地方猪品种包括广益黑猪、湘西黑猪、寺门前猪、东山猪、沙子岭猪、大围子猪、宁乡猪、黔邵花猪中的至少一种。p>

5.根据权...

【技术特征摘要】

1.一种湖南地方猪品种snp分子标记组合，其特征在于，包括15478个snp分子标记中的至少两个，所述15478个snp分子标记在猪参考基因组sscrofa11.1上的染色位置和编号信息如下所示：

2.一种检测权利要求1或权利要求2所述snp分子标记组合的引物组和/或探针。

3.一种湖南地方猪品种snp芯片，其特征在于，包括权利要求2所述的引物组和/或探针。

4.根据权利要求3所述的湖南地方猪品种snp芯片，其特征在于，所述湖南地方猪品种包括广益黑猪、湘西黑猪、寺门前猪、东山猪、沙子岭猪、大围子猪、宁乡猪、黔邵花猪中的至少一种。

5.根据权利要求4所述的湖南地方猪品种snp芯片，其特征在于，所述snp芯片的相邻snp标记位点间的平均距离为154kb。

6.一种...

【专利技术属性】
技术研发人员：彭英林，刘莹莹，李华丽，朱吉，李玉莲，刘奇，罗保明，吴买生，胡雄贵，陈晨，邓缘，任慧波，崔清明，左剑波，曹丽华，喻国均，杨雄，
申请(专利权)人：湖南省畜牧兽医研究所湖南省家畜育种工作站，
类型：发明
国别省市：