一种优化力场结构参数的方法技术

本申请公开了一种优化力场结构参数的方法，包括如下步骤：步骤1：读取小分子文件得到小分子的初始三维坐标结构和化学键信息用于后续开源力场的初始参数构建；步骤2：使用开源力场通过小分子文件，获取对应电荷、键、键角和二面角力场参数，作为初始参数；步骤3：使用非经验方法在小分子的初始三维坐标结构上对小分子进行结构优化；步骤4：读取步骤3中优化后结构的键长和键角结构信息。本发明专利技术优化力场结构参数的方法具有计算速度快，保证和原有力场的兼容性；可以无人工干预，流程化优化现有力场。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及数据处理，特别涉及一种优化力场结构参数的方法。

技术介绍

1、在计算机辅助药物设计方法中，自由能微扰（rbfep）是一种基于物理的高精度计算方法。它能够高精度地预测小分子与受体的相对结合强度，有效地排除假阳性结果。

2、然而，准确的自由能计算高度依赖于小分子力场的准确性。虽然常用的开源力场，如gaff和openff，能够正确描述大部分的小分子相互作用，但由于小分子的化学多样性，特别是对于螺环和桥环等结构，预测结果往往不尽如人意。

3、因此，需要寻找一种更有效的方法来解决这个问题，以提高力场优化效率并保持预测的准确性。这就是我们新技术方案的出发点和目标。我们希望通过这项新技术，能够在保证预测准确性的同时，大大提高力场优化效率，从而在大规模的小分子虚拟筛选中取得更好的效果。

技术实现思路

1、针对现有技术中存在的问题，本申请通过计算量较小的结构优化，仅优化结构项的力场参数，以覆盖小分子设计中的化学多样性。

2、本专利技术提供了一种优化力场结构参数的方法，包括如下步本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种优化力场结构参数的方法，其特征在于：包括如下步骤：

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：还包括步骤5：对步骤4中获得的键长的参数进行优化。

3.如权利要求2所述的方法，其特征在于：步骤5中对键长的优化只优化键长对应的两个原子都不在同一个环的情况。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于：还包括步骤6：对步骤4中获得的键角的参数进行优化。

5.如权利要求4所述的方法，其特征在于：步骤6中，3个原子都属于同一个环，那么角度参数不会改变。

6.如权利要求4所述的方法，其特征在于：步骤6中，有1个或者2个原子属于同一个环时，...

【技术特征摘要】

1.一种优化力场结构参数的方法，其特征在于：包括如下步骤：

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：还包括步骤5：对步骤4中获得的键长的参数进行优化。

3.如权利要求2所述的方法，其特征在于：步骤5中对键长的优化只优化键长对应的两个原子都不在同一个环的情况。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于：还包括步骤6：对步骤4中获得的键角的参数进行优化。

5.如权利要求4所述的方法，其特征在于：步骤6中，3个原子都属于同一个环，那么角度参数不会改变。

6.如权利要求4所述的方法，其特征在于：步骤6中，有1个或者2个原子属于同一个环时，那么角度参数会被标记为待定；对于待定的键角参数，首先寻找与该键角参数具有相同顶点原子的键角，并且对这些键角以优化后的结构的角度进行求和；然后，通过减去角度参数不改变的键角参数，获...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨晨星，叶永峰，陈俊，刘灏，
申请(专利权)人：上海天鹜科技有限公司，
类型：发明
国别省市：