【技术实现步骤摘要】
本申请属于生物，具体地，本申请涉及核酸富集方法、染色质互作分析方法及试剂盒。
技术介绍
1、在真核细胞中，染色质有序地折叠成复杂的三维结构。其中，高维染色质结构与长距离基因调控相关，基因调控又控制着发育和细胞命运。染色质空间结构在基因表达和细胞功能调控中参与如转录、复制、dna修复和染色体转移等过程，其空间结构异常可能导致发育缺陷和人类疾病的发生。因此，研究染色质空间结构对理解细胞功能和疾病发生具有重要意义。
2、过去，基因组捕获技术(如染色质构象捕获、chromosome conformation capture，3c)是最早用于研究三维基因组结构的技术。然而，这些技术需要事先了解相互作用区域，才能量化基因组中基因座之间的相互作用，其检测特征为一对一检测。随后发展出的染色体构象捕获芯片(4c)和染色体构象捕获碳拷贝(5c)等技术在一定程度上解决了这一限制，但仍存在覆盖范围有限的问题。
3、为了克服这些限制，高通量基因组捕获技术hi-c(high-throughput/resolutionchromosome conformation capture)应运而生。hi-c技术结合了dna酶切和大规模测序方法，可以绘制出全基因组水平上染色质的相互作用。除了hi-c，还出现了一些结合了染色质免疫共沉淀测序技术的新方法，如chia-pet技术(chromatin interaction analysis withpaired-end tag)、hichip技术(high-throughput chromosome
4、单细胞hi-c(schi-c)技术作为hi-c技术的进一步发展，具有重要意义。由于某些样本细胞数量有限，且癌细胞的三维基因组结构可能高度不均匀，发展schi-c技术有助于验证hi-c结果并揭示癌症等疾病的分子异质性。然而，其在检测染色质互作检测中仍存在一些不足，如由于采用生物素富集导致信号丢失。
5、另外，二倍体染色质构象捕获(dip-c)技术的出现也是对hi-c技术的重要补充。dip-c利用多末端标记扩增方法进行全基因组扩增，具有高灵敏度和低假阳性的优点，可构建分辨率高达20kb的人类二倍体单细胞三维图谱。然而，其在检测染色质互作检测中仍存在一些不足，如由于不富集导致大量测序数据浪费。
6、因此，当前染色质互作检测技术仍有待改进。
技术实现思路
1、本申请旨在至少在一定程度上解决现有技术中存在的技术问题至少之一。为此，本申请一个目的在于提供一种高效的染色质互作检测方法。
2、具体而言，本申请提供了如下技术方案：
3、在本申请的第一方面，本申请提出了一种核酸富集方法。根据本申请的实施例，该方法包括：a.采用限制性内切酶对待富集染色质进行酶切处理；b.对酶切处理产物进行pcr扩增处理；c.采用甲基转移酶对pcr扩增处理产物进行甲基化修饰处理；d.富集甲基化修饰处理产物；其中，所述限制性内切酶的酶切位点适于被所述甲基转移酶进行甲基化修饰。在本申请的一些示例中，基于本方法进行核酸富集能够避免染色质互作信号的损失，避免测序数据浪费，显著降低染色质互作检测成本。
4、在本申请的第二方面，本申请提出了一种测序文库构建方法。根据本申请的实施例，该方法包括：利用第一方面所述的方法进行核酸富集，对核酸富集产物进行测序文库构建。在本申请的一些示例中，基于本方法能够获得用于染色质互作分析的高质量测序文库。
5、在本申请的第三方面，本申请提出了一种测序文库。根据本申请的实施例，该测序文库通过第二方面所述的方法构建获得。在本申请的一些示例中，该测序文库包含更多染色质互作信息。
6、在本申请的第四方面，本申请提出了一种染色质互作分析方法。根据本申请的实施例，该方法包括：对第三方面所述的测序文库进行测序处理；以及对测序数据进行分析。在本申请的一些示例中，通过分析染色质互作，有助于理解基因组三维结构，如染色质的空间组织和基因座之间的相互作用方式；以及辅助药物研发等。
7、在本申请的第五方面，本申请提出了一种试剂盒。根据本申请的实施例，该试剂盒包括：限制性内切酶和甲基转移酶；和任选地，交联剂、核酸连接酶、内切酶、解交联剂、抗体、磁珠或胶珠和纯化试剂中的至少之一；其中，所述限制性内切酶的酶切位点适于被所述甲基转移酶进行甲基化修饰。在本申请的一些示例中，基于该试剂盒能够简便、快捷用于核酸富集。
8、本申请的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本申请的实践了解到。
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1.一种核酸富集方法，其特征在于，包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述待富集染色质预先经过交联处理；
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述限制性内切酶选自DpnII、MboI、AluI、MspI、HpaII、HhaI、TaqI、BamHI、EcoRI及同裂酶中的至少之一。
4.根据权利要求1～3任一项所述的方法，其特征在于，在所述酶切处理之后，PCR扩增处理之前，进一步包括：采用所述核酸连接酶对酶切处理产物进行连接处理；
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述打断处理选自内切酶打断，在所述打断处理后，进一步包括：对打断处理产物进行末端加A处理；
6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，在所述接头连接处理前，进一步包括：对末端加A处理产物进行解交联处理；
7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在所述PCR扩增处理之后，所述甲基化修饰处理之前，进一步包括：对PCR扩增处理产物进行纯化处理。
8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述甲基转移酶选自Dam甲基
9.一种测序文库构建方法，其特征在于，包括：
10.一种测序文库，其特征在于，所述测序文库通过权利要求9所述的方法构建获得。
11.一种染色质互作分析方法，其特征在于，包括：
12.一种试剂盒，其特征在于，包括：限制性内切酶和甲基转移酶；和
13.根据权利要求12所述的试剂盒，其特征在于，所述限制性内切酶选自DpnII、MboI、AluI、MspI、HpaII、HhaI、TaqI、BamHI和EcoRI及同裂酶中的至少之一；
...【技术特征摘要】
1.一种核酸富集方法，其特征在于，包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述待富集染色质预先经过交联处理；
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述限制性内切酶选自dpnii、mboi、alui、mspi、hpaii、hhai、taqi、bamhi、ecori及同裂酶中的至少之一。
4.根据权利要求1～3任一项所述的方法，其特征在于，在所述酶切处理之后，pcr扩增处理之前，进一步包括：采用所述核酸连接酶对酶切处理产物进行连接处理；
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述打断处理选自内切酶打断，在所述打断处理后，进一步包括：对打断处理产物进行末端加a处理；
6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，在所述接头连接处理前，进一步包括：对末端加a处理产物进行解交联处理；
7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在所述pcr...
【专利技术属性】
技术研发人员：唐冲，陈智超，谢烨明，谭陈，
申请(专利权)人：深圳华大基因股份有限公司，
类型：发明
国别省市：
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