基于ONT测序的动植物转录组poly(A)的测定分析方法技术

本发明专利技术公开了一种基于ONT测序的动植物转录组poly(A)的测定分析方法，涉及转录组研究领域。本发明专利技术提供的测定分析方法，包括富集纯化样本mRNA，建立测序文库；基于ONT进行Tail iso‑seq测序，质控，获取三代有效数据；进行一致性序列鉴定，获得新转录本和新基因，对所述新转录本进行编码区序列预测和功能注释；对所述新转录本的结构进行分析，包括可变剪切分析、融合转录本分析、转录本表达定量与差异表达分析、poly(A)长度分析、poly(A)位点分析和poly(A)与表达的关联分析。本发明专利技术提供的方法既能鉴定全长的新转录本，做定量差异等常规序列分析，又能做poly(A)位点鉴定以及长度鉴定，在关联分析时可以很好的避免不同实验造成的差异；在兼顾测序多种结果的同时具有极高的性价比。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及转录组研究领域，特别涉及基于ont测序的动植物转录组poly(a)的测定分析方法。

技术介绍

1、大部分信使rna(mrna)和长链非编码rna(long intergenic non-coding rna，lincrna)等成熟rna常常会受到众多转录后修饰调控。在poly(a)聚合酶的催化下，大多数的mrna在转录的同时被加上了无模版的poly(a)尾。poly(a)尾被认为是调控rna稳定性和转录效率的关键因子之一。

2、目前rna治疗或rna疫苗药物等领域通常需要对具有poly(a)尾的rna的完整性、准确性和poly(a)长度等进行检测分析。传统的poly(a)长度测定方法是针对3’mrna末端进行扩增和测序，由于polya的长多聚物特性，容易产生pcr扩增的偏倚，保真度较低，序列准确性较低。为了克服这些限制，tail iso-seq应运而生。

3、tail iso-seq是一种基于牛津纳米孔公司(oxford nanopore technologies，ont)的第三代测序平台的cdna测序方法，在实验上运本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基于ONT测序的动植物转录组poly(A)的测定分析方法，其特征在于，步骤包括：

2.根据权利要求1所述的基于ONT测序的动植物转录组poly(A)的测定分析方法，其特征在于，对测序数据进行质控，获取有效数据的方法为：

3.根据权利要求1所述的基于ONT测序的动植物转录组poly(A)的测定分析方法，其特征在于，使用Isoquant软件鉴定一致性序列，具体方法为：以有效测序数据比对参考基因组的bam文件跟基因组注释文件为输入，构建内含子连接图并纠错，再通过构建路径的方式鉴定一致性序列。

4.根据权利要求1所述的基于ONT测序的动植物转录组pol...

【技术特征摘要】

1.一种基于ont测序的动植物转录组poly(a)的测定分析方法，其特征在于，步骤包括：

2.根据权利要求1所述的基于ont测序的动植物转录组poly(a)的测定分析方法，其特征在于，对测序数据进行质控，获取有效数据的方法为：

3.根据权利要求1所述的基于ont测序的动植物转录组poly(a)的测定分析方法，其特征在于，使用isoquant软件鉴定一致性序列，具体方法为：以有效测序数据比对参考基因组的bam文件跟基因组注释文件为输入，构建内含子连接图并纠错，再通过构建路径的方式鉴定一致性序列。

4.根据权利要求1所述的基于ont测序的动植物转录组poly(a)的测定分析方法，其特征在于，利用gffcompare软件将所述一致性序列与基因组的已知转录本进行比较，发现新转录本和新基因。

5.根据权利要求1所述的基于ont测序的动植物转录组poly(a)的测定分析方法，其特征在于，使用orfpy软件对所述新转录本的编码区进行预测，取最长的orf作为新转录本的编码区。

6.根据权利要求1所述的基于ont测序的动植物转录组poly(a)的测定分析方法，其特征在于，对所述新转录本的编码区利用nr、pfam、uniprot、kegg...

【专利技术属性】
技术研发人员：蒋冕，邱婷，曾维科，郭登理，杨柳，李晓静，
申请(专利权)人：武汉贝纳科技有限公司，
类型：发明
国别省市：