一种16S rRNA基因通用引物的个性化改进方法及系统技术方案

本发明专利技术公开了一种16S rRNA基因通用引物的个性化改进方法及系统。16SrRNA基因的通用引物不能覆盖所有微生物常常导致漏检个性化研究中的目标微生物，改进通用引物以提高对目标微生物的覆盖率可以解决这个问题。该方法将1条通用引物与1条经silva网站评估的未被通用引物覆盖的目标微生物的16SrRNA基因通过本发明专利技术生成1条覆盖该目标序列的新通用引物，将新通用引物与其未覆盖的16S rRNA基因迭代运行就可获得新一轮的引物，从而使通用引物对该目标微生物的覆盖率尽可能的提高。本发明专利技术能够针对不同研究所需覆盖的微生物类别对通用引物进行个性化改进，获得比以往的经典通用引物更高的覆盖率，且改进后的通用引物能比改进前检出更多的目标微生物。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于微生物领域，生物信息学领域，具体涉及一种16s rrna基因通用引物的个性化改进方法及系统。

技术介绍

1、利用16s rrna基因高通量测序技术是表征微生物群落结构的常见手段，其原理基于该技术所使用的通用引物与目标微生物的16s rrna基因的匹配。当引物不能匹配目标微生物时，则会存在漏检。由于微生物16s rrna基因的多样性，并不存在100％覆盖所有微生物的通用引物，只存在尽可能覆盖更多微生物的通用引物。以parada和apprill设计的经典引物515f-806r

2、(f:gtgycagcmgccgcggtaa；r:ggactacnvgggtwtctaat)为例，它对silva数据库中的细菌和古菌的覆盖率分别高达83.6％和83.5％的数据而被earth microbiome project(https://earthmicrobiome.org/protocols-and-standards/16s/)推荐使用。但是，在引物515f-806r看似很高的覆盖率的背后，它未覆盖的细菌有62406种,古菌有3306种，如果这本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种16S rRNA基因通用引物的个性化改进方法，其特征在于，包括：

2.如权利要求1所述的16S rRNA基因通用引物的个性化改进方法，其特征在于，上述S1和S2步骤迭代循环，每一轮迭代均以上一轮迭代获得的新通用引物作为待改进的目标通用引物，重新执行S1和S2步骤，直至达到简并碱基数量上限被终止引物改进为止，以迭代过程中最新获得的新通用引物作为最终的个性化改进结果。

3.如权利要求1所述的16S rRNA基因通用引物的个性化改进方法，其特征在于，在利用简并碱基替换碱基过程中，所有可选的简并碱基按照简并程度分为三个优先级，最优先选择的是简并程度为2的6个简并碱...

【技术特征摘要】

1.一种16s rrna基因通用引物的个性化改进方法，其特征在于，包括：

2.如权利要求1所述的16s rrna基因通用引物的个性化改进方法，其特征在于，上述s1和s2步骤迭代循环，每一轮迭代均以上一轮迭代获得的新通用引物作为待改进的目标通用引物，重新执行s1和s2步骤，直至达到简并碱基数量上限被终止引物改进为止，以迭代过程中最新获得的新通用引物作为最终的个性化改进结果。

3.如权利要求1所述的16s rrna基因通用引物的个性化改进方法，其特征在于，在利用简并碱基替换碱基过程中，所有可选的简并碱基按照简并程度分为三个优先级，最优先选择的是简并程度为2的6个简并碱基，分别为a/g＝r、c/t＝y、a/c＝m、g/t＝k、g/c＝s、a/t＝w，次优选择的是简并程度为3的4个简并碱基，分别为a/c/t＝h，g/c/t＝b，g/a/c＝v，g/a/t＝d，最后选择的是简并程度为4的1个简并碱基，为a/t/c/g＝n。

4.如权利要求1所述的16s rrna...

【专利技术属性】
技术研发人员：沈超峰，秦智慧，徐心，苏鹏，
申请(专利权)人：浙江大学，
类型：发明
国别省市：