【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及靶向病原微生物基因组捕获测序方法，具体涉及一种病原微生物全长基因组投影式捕获探针的设计方法。
技术介绍
1、液相杂交捕获测序，是根据核酸分子碱基互补配对原理，将设计好的带有生物素标记的核酸探针与基因组目标区域结合后，通过链霉亲和素磁珠将探针吸附，未结合探针的区段会被洗脱丢弃，从而对目标区域进行靶向富集测序的一项技术。
2、在病原微生物检测方面，常规的靶向富集方案是基于pcr扩增技术，针对特定的区域实现扩增富集放大，进而通过测序分析变异或鉴定物种属性。该方案虽然有较高的灵敏度，但局限性也很明显，一般主要存在以下的问题：
3、1)扩增目标区域有限，一般是针对保守区的特征区域设计引物，覆盖度有限；
4、2)引物设计困难，一些疑难复杂序列、高gc、重复元件等区域难以设计合适的引物；
5、3)无法实现对不同菌株、不同亚型的一管式检测；
6、4)不适用于新物种的发现和分型鉴定。
7、所以综上所述，如何对目标区域进行有效而全面的靶向富集测序是一个有待解决的技术问题。
【技术保护点】
1.一种病原微生物全长基因组投影式捕获探针的设计方法，其特征在于，具体包括以下步骤：
2.如权利要求1所述的病原微生物全长基因组投影式捕获探针的设计方法，其特征在于，所述步骤三中评估序列全长比对相似性的规则是：
3.如权利要求1所述的病原微生物全长基因组投影式捕获探针的设计方法，其特征在于，所述步骤六中对探针序列进行评估和打分的规则是：
4.如权利要求1所述的病原微生物全长基因组投影式捕获探针的设计方法，其特征在于，所述步骤七中对探针序列相似性的评估规则为：
5.如权利要求1所述的病原微生物全长基因组投影式捕获探针的设计...
【技术特征摘要】
1.一种病原微生物全长基因组投影式捕获探针的设计方法，其特征在于，具体包括以下步骤：
2.如权利要求1所述的病原微生物全长基因组投影式捕获探针的设计方法，其特征在于，所述步骤三中评估序列全长比对相似性的规则是：
3.如权利要求1所述的病原微生物全长基因组投影式捕获探针的设计方法，其特征在于，所述步骤六中对探针序列进行评估和打分的规则是：
4.如权利要求1所述的病原微生物全长基...
【专利技术属性】
技术研发人员：赵翠梅，姚义安，黄飞飞，徐蕙枫，谭红伟，
申请(专利权)人：上海市同济医院，
类型：发明
国别省市：
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