【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术的是用于分析各种生物流体中的游离核酸，特别是涉及血浆和血清中的游离rna(cfrna)和游离dna(cfdna)的组合物和方法。
技术介绍
1、背景描述包括可用于理解本专利技术的信息。并不承认本文提供的任何信息是现有技术或与当前要求保护的专利技术相关，也不承认具体地或隐含地引用的任何出版物是现有技术。
2、本文中的所有出版物和专利申请都通过引用并入，其程度如同每个单独的出版物或专利申请被具体地且单独地指明通过引用并入一样。在并入的参考文献中的术语的定义或用法与本文提供的该术语的定义不一致或相反的情况下，适用本文提供的该术语的定义，而不适用该术语在该参考文献中的定义。
3、最近，血液和其他生物流体中存在的游离核酸(cfna)，特别是游离dna(cfdna)和游离rna(cfrna)被提议作为检测对象患病细胞和患病组织如癌细胞或肿瘤的潜在标志物。为此，需要从生物流体中分离出循环核酸，已知本领域中有多种试剂盒和方法可实现这种分离。例如，cfdna和/或cfrna可通过固相(通常是硅基)吸附和随后的纯化进行分离...
【技术保护点】
1.一种在无细胞液体中处理核酸的方法，其包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中cfTNA包含大小为17个碱基至200个碱基的cfRNA片段，以及大小为50个碱基至300个碱基的cfDNA片段。
3.根据权利要求1所述的方法，其中cfTNA包含大小为30个碱基至250个碱基的cfRNA片段，以及大小为75个碱基至400个碱基的cfDNA片段。
4.根据权利要求2或权利要求3中任一项所述的方法，其中cfRNA片段和cfDNA片段共同构成所有cfTNA的至少30％。
5.根据权利要求2或权利要求3中任一项所述的方法，其中c...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种在无细胞液体中处理核酸的方法，其包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中cftna包含大小为17个碱基至200个碱基的cfrna片段，以及大小为50个碱基至300个碱基的cfdna片段。
3.根据权利要求1所述的方法，其中cftna包含大小为30个碱基至250个碱基的cfrna片段，以及大小为75个碱基至400个碱基的cfdna片段。
4.根据权利要求2或权利要求3中任一项所述的方法，其中cfrna片段和cfdna片段共同构成所有cftna的至少30％。
5.根据权利要求2或权利要求3中任一项所述的方法，其中cfrna片段和cfdna片段共同构成所有cftna的至少40％。
6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中从生物流体中获得cftna的步骤包括同步分离cfrna和cfdna。
7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中反转录包括使用随机引物法合成第一链的步骤。
8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中反转录包括在第二链合成中插入dutp的步骤。
9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中接头连接包括连接具有3'-dtmp突出端的接头的步骤。
10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中接头连接包括连接接头的步骤，所述接头含有p5序列部分、p7序列部分、第一索引序列部分、第二索引序列部分、第一测序引物结合位点序列部分和/或第二测序引物结合位点序列部分的至少一个。
11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中扩增包括6个至15个扩增周期。
12.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中靶向富集对每个目的cdna使用多个杂交探针，所述多个杂交探针分别在不同位点与目的cdna结合。
13.根据权利要求12所述的方法，其中多个杂交探针以平铺方式与目的cdna结合，并且其中多个杂交探针提供至少2x的平铺密度。
14.根据权利要求12所述的方法，其中多个杂交探针以平铺方式与目的cdna结合，其中步长为n，其中n是1至10的整数。
15.根据权利要求12所述的方法，其中多个杂交探针中的每个都具有100个碱基至150个碱基的长度。
16.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其还包括扩增第一和第二靶向富集cdna文库的步骤。
17.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其还包括对第一和第二靶向富集cdna文库，或扩增后的第一和第二靶向富集cdna文库进行测序的步骤。
18.一种以提高的灵敏度检测cftna突变的方法，其包括：
19.根据权利要求18所述的方法，其中从生物流体获得cftna的步骤包括同步分离cfrna和cfdna。
20.根据权利要求18所述的方法，其中cftna包含大小为17个碱基至200个碱基的cfrna片段，以及大小为50个碱基至300个碱基的cfdna片段。
21.根据权利要求18所述的方法，其中的cftna包含大小为30个碱基至250个碱基的cfrna片段，以及大小为75个碱基至400个碱基的cfdna片段。
22.根据权利要求20或权利要求21中任一项所述的方法，其中cfrna片段和cfdna片段共同构成所有cftna的至少30％。
23.根据权利要求20或权利要求21中任一项所述的方法，其中cfrna片段和cfdna片段共同构成所有cftna的至少40％。
24.根据权利要求18至权利要求23中任一项所述的方法，其中靶向富集对每个目的cdna使用多个杂交探针，所述多个杂交探针分别在不同位点与目的cdna结合。
25.根据权利要求24所述的方法，其中多个杂交探针以平铺方式与目的cdna结合，并且其中多个杂交探针提供至少2x的平铺密度。
26.根据权利要求24所述的方法，其中多个杂交探针以平铺方式与目的cdna结合，其中步长为n，其中n是1至10的整数。
27.根据权利要求24所述的方法，其中多个杂交探针中的每个都具有100个碱基至150个碱基的长度。
28.根据权利要求18至权利要求27中任一项所述的方法，其中测序步骤包括双端测序。
29.根据权利要求18至权利要求28中任一项所述的方法，其中测序步骤以至少20x的读取深度进行。
30.根据权利要求18至权利要求29中任一项所述的方法，其中检测突变的步骤检测单个核苷酸改变、一个或多于一个核苷酸的插入、一个或多于一个核苷酸的缺失、倒置、易位和拷贝数变化中的至少一个。
31.根据权利要求18至权利要求30中任一项所述的方法，其中检测突变的步骤包括测定突变等位基因丰度。
32.根据权利要求18至权利要求31中任一项所述的方法，其中，与单独测序cfdna相比，增加了独特突变的检测。
33.根据权利要求18至权利要求32中任一项所述的方法，其中，与单独测序cfdna相比，增加了突变等位基因丰度检测的灵敏度。
34.一种用于序列分析的试剂盒，其包括：
35.根据权利要求34所述的试剂盒，其中生物流体是人的血浆或血清。
36.根据权利要求34至权利要求35中任一项所述的试剂盒，其中第一试剂主要包含大小为17个碱基至200个碱基的cfrna片段和大小为50个碱基至300个碱基的cfdna片段。
37.根据权利要求36所述的试剂盒，其中第二试剂主要包含大小为17个碱基至200个碱基的cfrna片段。
38.根据权利要求34至权利要求35中任一项所述的试剂盒，其中cfrna片段和cfdna片段共同构成所有cftna的至少30％。
39.根据权利要求34至权利要求35中任一项所述的试剂盒，其中第一试剂是由第二试剂制备的。
40.一种用于序列分析的试剂盒，其包括：
41.根据权利要求40所述的试剂盒，其中第一和第二靶向富集cdna文库使用相同的目的cdna进行靶向富集。
42.根据权利要求40或权利要求41所述的试剂盒，其中目的cdna编码癌症相关基因、细胞信号传导相关基因、免疫表型相关基因或受体...
【专利技术属性】
技术研发人员：马赫·阿尔比塔尔，
申请(专利权)人：基因组检测合作社公司，
类型：发明
国别省市：
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