【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于猪基因组育种芯片，具体涉及一种基于干扰转录因子结合强度的猪功能突变位点基因芯片及其构建方法和应用。
技术介绍
1、猪育种发展至今，已有几千年的历史。在我国，由于复杂多样的生态环境和社会经济条件，逐渐形成了丰富多彩的地方猪种资源。加强以基因技术、人工智能等科技融合发展为标志的现代生物育种技术的发展是必然趋势，也是突破种业发展的重要瓶颈。
2、基因组育种是利用高通量测序技术对群体进行研究，根据生长速度或抗病性等经济性状更精确地选择个体，获取对人类有利的基因组信息来改良畜禽的育种方法。然而，目前的基因组育种方法主要依赖于普通分子标记识别畜禽生物体基因组中的基因信息。虽然这种方法已被证明可以提高育种准确性，但它忽略了遗传变异功能属性：即未考虑基因组调控元件的对基因表达和性状的调控作用。
3、基因的表达受调控元件的调控影响，谱系特异性调控元件的鉴定可以揭示畜禽复杂表型的遗传基础，且调控元件区域内变异的发生有可能导致基因表达模式的改变，从而影响生物体的表型。目前，基因组重测序技术的广泛应用已经鉴定了海量的基因组...
【技术保护点】
1.一种基于干扰转录因子结合强度的动物功能突变位点基因芯片的构建方法，其特征在于，包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的构建方法，所述动物包括：猪、牛、羊、鸡、鸭、马、兔子、虾、贝类、养殖鱼类。
3.根据权利要求1所述的构建方法，所述S4.转录因子结合功能区域划分：依据转录因子在基因组功能区域结合的可能性，将基因组功能区域划分为5个大类，12个小类，并根据不同类别的重要性赋予不同的分值：第一类为影响转录因子结合的可能性最大的区域，进一步划分为1a、1b、1c、1d 4个小类，1a类的分值为12，包括数量性状基因座区域、染色质开放区域、无核小体...
【技术特征摘要】
1.一种基于干扰转录因子结合强度的动物功能突变位点基因芯片的构建方法，其特征在于，包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的构建方法，所述动物包括：猪、牛、羊、鸡、鸭、马、兔子、虾、贝类、养殖鱼类。
3.根据权利要求1所述的构建方法，所述s4.转录因子结合功能区域划分：依据转录因子在基因组功能区域结合的可能性，将基因组功能区域划分为5个大类，12个小类，并根据不同类别的重要性赋予不同的分值：第一类为影响转录因子结合的可能性最大的区域，进一步划分为1a、1b、1c、1d 4个小类，1a类的分值为12，包括数量性状基因座区域、染色质开放区域、无核小体区域、转录因子足迹区域、完全位于转录因子足迹区域的转录因子motif区域五个功能区域的交集区域，1b类的分值为11，包括染色质开放区域、无核小体区域、转录因子足迹区域、完全位于转录因子足迹区域的转录因子motif区域四个功能区域的交集区域，1c类的分值为10，包括数量性状基因座区域、染色质开放区域、无核小体区域、包含部分转录因子motif的转录因子足迹区域四个功能区域的交集区域，1d类的分值为9，包括染色质开放区域、无核小体区域、包含部分转录因子motif的转录因子足迹区域三个功能区域的交集区域；第二类为影响转录因子结合的可能性中等的区域，进一步划分2a、2b、2c、2d 4个小类，2a类的分值为8，包括数量性状基因座区域、染色质开放区域、转录因子足迹区域、完全位于转录因子足迹区域的转录因子motif区域四个功能区域的交集区域，2b类的分值为7，包括染色质开放区域、转录因子足迹区域、完全位于转录因子足迹区域的转录因子motif区域三个功能区域的交集区域，2c类的分值为6，包括数量性状基因座区域、染色质开放区域、包含部分转录因子motif的转录因子足迹区域三个功能区域的交集区域，2d类的分值为5，包括染色质开放区域、包含部分转录因子motif的转录因子足迹区域两个功能区域的交集区域；第三类为影响转录因子结合的可能性较小的区域，进一步划分3...
【专利技术属性】
技术研发人员：赵书红，赵云霞，李新云，马瑞仙，匡仁卓，项韬，胡明阳，谢胜松，朱猛进，廖胤龙，
申请(专利权)人：崖州湾国家实验室，
类型：发明
国别省市：
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