用于神经母细胞瘤危险度分级的lncRNA组合、试剂盒及配套的评分模型制造技术

技术编号：41293000 阅读：5 留言：0更新日期：2024-05-13 14:43

本发明专利技术属于生物医药领域，涉及神经母细胞瘤的检测，特别是指用于神经母细胞瘤危险度分级的lncRNA组合、试剂盒及配套的评分模型。本申请通过转录组学筛选神经母细胞瘤（NB）组织的危险度分级潜在生物标记物，建立lncRNA检测试剂盒，基于Logistic回归分析建立了NB血浆无创危险度分级诊断模型，建立的评分模型为：Y=‑0.220‑0.002X<subgt;1</subgt;(AC005498.3)–0.207X<subgt;2</subgt;(PCBP1‑AS1)+0.414X<subgt;3</subgt;(SNHG10)–0.003X<subgt;4</subgt;(LINC01876)–0.005X<subgt;5</subgt;(LOC105372321)；该评分模型可以实现对神经母细胞瘤危险度的分级，灵敏度高。

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【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物医药领域，涉及神经母细胞瘤的检测，特别是指用于神经母细胞瘤危险度分级的lncrna组合、试剂盒及配套的评分模型。

技术介绍

1、神经母细胞瘤（neuroblastoma, nb）通常起源于神经组织中的肾上腺，也可以起源于腹部、胸部、脊髓或颈部脊柱附近的交感神经组织。nb起病隐匿，进展迅速，发病率占所有儿童癌肿瘤的8%，死亡率却占儿童肿瘤相关死亡的15%。临床上基于美国儿童肿瘤协作组（cog）标准对nb进行危险度分级。cog标准主要根据诊断年龄、国际神经母细胞瘤分期系统（inss）分期、肿瘤组织mycn状态、国际神经母细胞瘤病理委员会（inpc）分型和dna倍性来对nb进行危险度分类。但是该方法需要明确病理组织学诊断，但临床上多数高危nb患儿就诊时已属晚期，肿瘤巨大，此时直接进行活检手术风险极大，不仅可能发生麻醉意外，而且会出现术中、术后大量出血，肿瘤破裂，腹腔感染等严重并发症。研究表明，及时、准确地明确nb危险度分组，并尽早给予有效的化疗是提高高危nb患儿生存率的有效策略之一。因此，基于建立无创nb危险度分级诊断模型迫在眉睫，具有重要的临床意义，公开号为cn115161401a的申请公开了用于小儿外周神经源性肿瘤危险度分级的生物标志物及其应用，选用多个与小儿外周神经源性肿瘤相关的基因进行危险度预测。

2、转录组学利用高通量测序方法，能够从整体水平研究特定时间和状态下特定细胞、组织或个体所转录的所有rna，揭示不同功能状态下rna的表达差异，筛选相关诊断生物标记物，并阐明不同病理或生理状态下的分子机制

技术实现思路

1、为解决上述技术问题，本专利技术提出一种用于神经母细胞瘤危险度分级的lncrna组合、试剂盒及配套的评分模型。

2、本专利技术的技术方案是这样实现的：

3、用于神经母细胞瘤危险度分级的lncrna组合，所述lncrna组合包括pcbp1-as1、snhg10、loc105372321、linc01876和ac005498.3中的至少1个。上述pcbp1-as1的核苷酸序列如seq id no.1所示、snhg10的核苷酸序列如seq id no.2所示、loc105372321的核苷酸序列如seq id no.3所示、linc01876的核苷酸序列如seq id no.4所示、ac005498.3的核苷酸序列如seq id no.5所示。

4、基于上述的lncrna组合的神经母细胞瘤危险度分级试剂盒，包括用于神经母细胞瘤危险度分级的lncrna组合的成套引物中的至少1组引物对。

5、基于lncrna组合的神经母细胞瘤危险度分级试剂盒，所述lncrna组合包括pcbp1-as1、snhg10、loc105372321、linc01876和ac005498.3。

6、上述lncrna组合中pcbp1-as1的引物对序列如seq id no.6和seq id no.7所示；snhg10的引物对序列如seqid no.8和seq id no.9所示；loc105372321的引物对序列如seqid no.10和seq id no.11所示；linc01876的引物对序列如seq id no.12和seq id no.13所示；ac005498.3的引物对序列如seq id no.14和seqid no.15所示。

7、上述的神经母细胞瘤危险度分级试剂盒，还包括2×taq pro universal sybrqpcr master mix或者dntps、dna聚合酶、ddh2o。

8、与上述的神经母细胞瘤危险度分级试剂盒配套的评分模型，所述评分模型为：

9、y=-0.220-0.002 x 1(ac005498.3)–0.207 x 2(pcbp1-as1)+0.414 x 3(snhg10)–0.003 x 4(linc01876)–0.005 x 5(loc105372321)；

10、其中y代表诊断效能， x 1(ac005498.3)代表血浆中ac005498.3的相对表达量， x 2(pcbp1-as1)代表血浆中pcbp1-as1的相对表达量， x 3(snhg10)代表血浆中snhg10的相对表达量， x 4(linc01876)代表血浆中linc01876的相对表达量， x 5(loc105372321)代表血浆中loc105372321的相对表达量。

11、上述相对表达量是以内参基因nagk为基准的。

12、上述评分模型的截断值为-0.7705；y的值≥-0.7705为低危、y的值＜-0.7705为高危。

13、本专利技术具有以下有益效果：

14、1、本申请建立的nb危险度分级模型通过受试者工作特征曲线进行分析，基于五个血浆lncrna (ac005498.3、pcbp1-as1、snhg10、linc01876、loc105372321) 预测高危nb的受试者工作特征曲线的auc值，可以看出，联合后受试者工作特征曲线auc = 0.843（图9），截断值为-0.7705，灵敏度为90%，特异度为64.3%，此时，小于等于截断值为高危，大于截断值为低危。

15、2、特异性和敏感性的提升：lncrna具有组织特异性和疾病特异性表达模式，这使得基于联合多个lncrna的诊断模型在识别高危nb时具有更高的特异性和敏感性，这种特性有助于提高诊断的准确性，本发本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.用于神经母细胞瘤危险度分级的lncRNA组合，其特征在于：所述lncRNA组合包括PCBP1-AS1、SNHG10、LOC105372321、LINC01876和AC005498.3中的至少1个。

2.根据权利要求1所述的用于神经母细胞瘤危险度分级的lncRNA组合，其特征在于：所述lncRNA组合为PCBP1-AS1、SNHG10、LOC105372321、LINC01876和AC005498。

3. 根据权利要求1或2所述的用于神经母细胞瘤危险度分级的lncRNA组合，其特征在于：所述PCBP1-AS1的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示、SNHG10的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示、LOC105372321的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示、LINC01876的核苷酸序列如SEQ IDNo.4所示、AC005498.3的核苷酸序列如SEQ ID No.5所示。

4.基于权利要求3所述的lncRNA组合的神经母细胞瘤危险度分级试剂盒，其特征在于：包括用于神经母细胞瘤危险度分级的lncRNA组合的成套引物中的至少1组引物对。

5.根据权利要求4所述的基于lncRNA组合的神经母细胞瘤危险度分级试剂盒，其特征在于：所述lncRNA组合包括PCBP1-AS1、SNHG10、LOC105372321、LINC01876和AC005498.3。

6. 根据权利要求5所述的神经母细胞瘤危险度分级试剂盒，其特征在于：所述lncRNA组合中PCBP1-AS1的引物对序列如SEQ ID No.6和SEQ ID No.7所示；SNHG10的引物对序列如SEQ ID No.8和SEQ ID No.9所示；LOC105372321的引物对序列如SEQ ID No.10和SEQ IDNo.11所示；LINC01876的引物对序列如SEQ ID No.12和SEQ ID No.13所示；AC005498.3的引物对序列如SEQ ID No.14和SEQ ID No.15所示。

7. 根据权利要求4-6任一项所述的神经母细胞瘤危险度分级试剂盒，其特征在于：还包括2 × Taq Pro Universal SYBR qPCR Master Mix或者dNTPs、DNA聚合酶、ddH2O。

8.与权利要求7所述的神经母细胞瘤危险度分级试剂盒配套的评分模型，其特征在于，所述评分模型为：

9.根据权利要求8所述的神经母细胞瘤危险度分级试剂盒配套的评分模型，其特征在于：所述相对表达量是以内参基因NAGK为基准的。

10.根据权利要求9所述的神经母细胞瘤危险度分级试剂盒配套的评分模型，其特征在于：所述评分模型的截断值为-0.7705；Y的值≥-0.7705为低危、Y的值＜-0.7705为高危。

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【技术特征摘要】

1.用于神经母细胞瘤危险度分级的lncrna组合，其特征在于：所述lncrna组合包括pcbp1-as1、snhg10、loc105372321、linc01876和ac005498.3中的至少1个。

2.根据权利要求1所述的用于神经母细胞瘤危险度分级的lncrna组合，其特征在于：所述lncrna组合为pcbp1-as1、snhg10、loc105372321、linc01876和ac005498。

3. 根据权利要求1或2所述的用于神经母细胞瘤危险度分级的lncrna组合，其特征在于：所述pcbp1-as1的核苷酸序列如seq id no.1所示、snhg10的核苷酸序列如seq id no.2所示、loc105372321的核苷酸序列如seq id no.3所示、linc01876的核苷酸序列如seq idno.4所示、ac005498.3的核苷酸序列如seq id no.5所示。

4.基于权利要求3所述的lncrna组合的神经母细胞瘤危险度分级试剂盒，其特征在于：包括用于神经母细胞瘤危险度分级的lncrna组合的成套引物中的至少1组引物对。

5.根据权利要求4所述的基于lncrna组合的神经母细胞瘤危险度分级试剂盒，其特征在于：所述lncrna组合包括pcbp1-as1、snhg10、loc105372321、linc01876和ac005...

【专利技术属性】
技术研发人员：张万存，杜邦，张现伟，王琼璘，侯立功，张耀东，于志丹，李利锋，
申请(专利权)人：河南省儿童医院郑州儿童医院，
类型：发明
国别省市：

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