【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子标记，具体涉及与大豆籽粒油分含量相关的indel位点、分子标记、引物及其应用。
技术介绍
1、大豆是世界上最常见的豆科植物，不仅属于粮食作物，更是重要的经济作物。因其籽粒富含优质油分含量，对人类消费和工业应用具有很大贡献。从遗传角度来看，大豆油分含量性状是由多基因控制的复杂数量性状，使用常规育种手段提高大豆油分含量效率较低。随着分子生物学技术的飞速发展，基因精细调控技术能够实现优异等位基因的聚合和高效利用，是选育突破性大品种的关键技术之一，也是未来提升大豆品种育种能力的必要手段。优异等位基因积累及其对应的分子标记的开发，是实现基因的精细调控与聚合的先决条件。
2、目前，我国是世界上大豆进口最多的国家，而且需求量还在与日俱增，选育高油大豆新品种已成为育种者和生产者的关键问题。因此，发掘大豆油分含量优异等位基因的分子标记，不但能够为高油大豆的优异等位基因的聚合提供技术储备，也可为基因精细调控技术改良大豆品质提供明确指导。
3、近年，伴随测序技术的发展，研究者对大豆基因组有了较全面的认识。全基因组关联分析(genome-wideassociation studies，gwas)是当前研究生物基因组的先进方法，通过对大规模的群体dna样本进行全基因组高密度遗传标记(如snp或cnv等)分型，从而寻找与生物表型相关的基因型的研究方法。leamy等人通过全基因组测序技术在570份野生大豆中检测到近30000个单核苷酸多态性(snp)，并对这些野生大豆种子测定了蛋白质含量、籽粒油脂含量和5种脂肪酸水平
4、目前国内外已有影响大豆籽粒油分含量相关位点的报道，当前功能位点涉及到的分子标记多数来源于重组自交系或单一父母本构建群体，可以在不同环境或不同遗传背景中被重复检测到的qtl较少。这些标记应用到杂交品种和地方品种等自然群体时，往往不能够作为分子标记辅助育种使用，也无法解释位点的遗传贡献率。插入/缺失(insertion-deletion,in del)标记是一种以pcr扩增技术为基础的碱基序列长度多态性标记，indel标记作为最近几年新兴的分子标记，广泛应用于遗传多样性分析、纯度鉴定及辅助育种等领域。但将其用于全基因组关联分析的报道还较少。
5、因此，选择更加快速、遗传稳定性高、重复结果好的分子标记手段是必要的。
技术实现思路
1、本专利技术所要解决的技术问题是克服现有技术中现有与大豆籽粒油分含量相关的位点不能在不同环境或不同遗传背景中被重复检测的缺陷，提供与大豆籽粒油分含量相关的indel位点、分子标记、引物及其应用方法。
2、为解决上述技术问题，本专利技术采用以下技术方案进行。
3、本专利技术的第一方面提供一种与大豆籽粒油分含量相关的indel位点，所述indel位点位于大豆3号染色体3986531bp的位置处，多态性为at或a。
4、本专利技术的第二方面提供含有所述indel位点的分子标记。
5、本专利技术的第三方面提供如所述的分子标记的扩增引物。
6、本专利技术的一些实施方式中，所述扩增引物的核苷酸序列如seq id no:3和seq idno:4所示。
7、本专利技术的第四方面提供包含所述扩增引物的试剂盒。
8、本专利技术的第五方面提供所述indel位点、所述分子标记、所述扩增引物或所述试剂盒在鉴定大豆油分含量中的应用。
9、本专利技术的一些实施方式中，所述indel位点多态性为at的大豆相比于多态性为a的大豆品种油分含量高。
10、本专利技术的第五方面提供所述indel位点、所述分子标记、所述扩增引物或所述试剂盒在培育高油分含量大豆中的应用。
11、本专利技术第六方面提供一种鉴定大豆油分含量高低的方法，所述方法包括以下步骤：
12、s1，利用ctab法提取待鉴定大豆基因组dna；
13、s2，以所述大豆基因组dna为模版，利用所述的扩增引物进行pcr扩增，得到扩增产物；
14、s3，将所述扩增产物进行测序分析，根据所述测序分析的结果判断种子油分含量高低。
15、本专利技术的一些实施方式中，s3中，所述判断的标准为：当所述扩增产物自5′端第127位的碱基为at时，判断为高油分含量大豆品种；当所述扩增产物自5′端第127位的碱基为a时，判断为低油分含量大豆品种。
16、与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：本专利技术所述的indel分子标记能够广泛应用于不同栽培大豆群体中筛选油分含量，并进一步应用到大豆品质遗传改良中。本专利技术的3号染色体的3986±50kb的区间都是调控大豆油分含量的理想标记区间，其中3986531bp位indel的油分含量遗传贡献率为16.84-17.35％，加性效应为0.64-0.79％。e1环境、e2环境和e3环境在该位点有71.57％、71.57％和72.28％为at的品系油分含量高于为a品系的20.78％、20.46％和20.37％，精确度最高可达72.28％，大大减少了选择成本，提高了品质改良的效率。本专利技术通过全基因组重测序技术，筛选到与目标性状显著连锁的indel标记，可用于分子标记辅助选择育种，显著提高大豆的优异等位基因聚合进程，及基因精细调控大豆种子油分含量的品质改良。
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1.一种与大豆籽粒油分含量相关的InDel位点，其特征在于，所述InDel位点位于大豆3号染色体3986531bp的位置处，多态性为AT或A。
2.含有权利要求1所述InDel位点的分子标记。
3.如权利要求2所述的分子标记的扩增引物。
4.如权利要求3所述的扩增引物，其特征在于，所述扩增引物的核苷酸序列如SEQ IDNO:3和SEQ ID NO:4所示。
5.包含权利要求4所述扩增引物的试剂盒。
6.如权利要求1所述InDel位点、权利要求2所述分子标记、权利要求3所述扩增引物或权利要求5所述试剂盒在鉴定大豆油分含量中的应用。
7.如权利要求6所述的应用，其特征在于，所述InDel位点多态性为AT的大豆相比于多态性为A的大豆品种油分含量高。
8.如权利要求1所述InDel位点、权利要求2所述分子标记、权利要求3所述扩增引物或权利要求5所述试剂盒在培育高油分含量大豆中的应用。
9.一种鉴定大豆油分含量高低的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
10.如权利要求9所述的方
...【技术特征摘要】
1.一种与大豆籽粒油分含量相关的indel位点，其特征在于，所述indel位点位于大豆3号染色体3986531bp的位置处，多态性为at或a。
2.含有权利要求1所述indel位点的分子标记。
3.如权利要求2所述的分子标记的扩增引物。
4.如权利要求3所述的扩增引物，其特征在于，所述扩增引物的核苷酸序列如seq idno:3和seq id no:4所示。
5.包含权利要求4所述扩增引物的试剂盒。
6.如权利要求1所述indel位点、权利要求2所述分子标记、权利要求3所述扩增引物或权利要求5所述试剂盒在鉴定大豆油分含量中的应用...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘德泉，侯云龙，崔正果，陈健，王跃强，邱红梅，陈亮，聂波涛，马晓萍，王新风，
申请(专利权)人：吉林省农业科学院中国农业科技东北创新中心，
类型：发明
国别省市：
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