【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本申请涉及一种样本配对方法，该方法通过分析对所述多个样本进行的低通全基因组测序获得的数据，将多个样本中的每个样本的身份分配给一个类别或个体，在使用或不使用参考文献的情况下实现单细胞分辨率。除样本配对外，该方法还提供了一种统一的检测方法，可同时鉴定和表征样本中的被测样本。根据本申请的方法可用于多个应用领域，包括但不限于：·单细胞法医学人体鉴定·循环肿瘤细胞分析过程中的样本鉴定·鉴定母体体液中的胎儿细胞或胎儿细胞的游离dna(cfdna)，用于非侵入性产前检测·在侵入性胚胎植入前基因检测(pgt)和对废胚胎培养基进行的非侵入性pgt中鉴定胚胎细胞或cfdna·在产前诊断中对侵入性获得的样本和妊娠产物进行胎儿成分鉴定(如：母体或外源性污染评估)·葡萄胎妊娠、多胎妊娠(包括消失(vanishing)/嵌合体(chimera))、单亲二体(单亲同二体或单亲异二体)、roh和近亲鉴定、来自孕体物质的不分离错误分类·微嵌合体细胞系鉴定(如干细胞)。
技术介绍
1、样本鉴定和样本配对技术现状
2、最广泛的样本鉴定方法借助于分析高多态性短串联...
【技术保护点】
1.一种分析包含基因组DNA的多个样本中至少两个样本的相似度的方法，所述方法包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述低通全基因组测序是在覆盖度＜0.01x，优选覆盖度＜0.05x，更优选覆盖度＜0.1x，甚至更优选覆盖度＜0.5x下进行的。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述多个多态性基因座包括平均杂合度>0.499的多态性基因座，优选平均杂合度>0.49的多态性基因座，更优选平均杂合度>0.4的多态性基因座，甚至更优选平均杂合度>0.3的多态性基因座，最优选平均杂合度>0.2的多态性基因座。
4.根...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种分析包含基因组dna的多个样本中至少两个样本的相似度的方法，所述方法包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述低通全基因组测序是在覆盖度＜0.01x，优选覆盖度＜0.05x，更优选覆盖度＜0.1x，甚至更优选覆盖度＜0.5x下进行的。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述多个多态性基因座包括平均杂合度>0.499的多态性基因座，优选平均杂合度>0.49的多态性基因座，更优选平均杂合度>0.4的多态性基因座，甚至更优选平均杂合度>0.3的多态性基因座，最优选平均杂合度>0.2的多态性基因座。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述多个多态性基因座包括>200,000个基因座，优选>300,000个基因座，更优选>500,000个基因座，甚至更优选>1,000,000个基因座。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述成对相似度得分是通过计算由至少两个样本中的至少一个读数所覆盖的基因座上的b-等位基因频率的相关性计算的。
6.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述成对相似度得分是通过计算由两个成对样本中的至少一个读数所覆盖的基因座上的平均一致性值计算的，其中每个基因座的一致性值分配以下值之一：
7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，还包括定义一组具有共同特性的样本聚类，所述共同特性选自由以下组成的组：一个(或多个)个体的身份对聚类样本的dna有重大贡献，或包含数量不足的dna的特性，和/或包含高度降解的dna或来源不确定的dna的特性。
8.根据权利要求7所述的方法，其中通过使用所述成对相似度得分作为输入的算法，将至少两个样本分配到至少一个聚类中。
9.根据权利要求8所述的方法，其中所述算法为分层聚类算法。
10.根据权利要求8所述的方法，其中所述聚类的数量通过以下方法计算：
11.根据权利要求10所述的方法，其中所述聚类的组包括一个或多个身份聚类，所述身份聚类包含的样本含有来自唯一且相同个体的dna。
12.根据权利要求11所述的方法，其中，在存在更多身份聚类的情况下，所述多个身份聚类的基数与所述多个样本中的个体dna贡献者的数量相对应。
13.根据权利要求8至12中任一项所述的方法，进一步包括定义一组混合身份聚类，每个所述混合身份聚类包括含有来自至少两个个体的dna的样本。
14.根据权利要求13所述的方法，还包括定义至少一个无调用聚类，该聚类包括含有来源不确定的dna的样本。
15.根据权利要求8至14中任一项权利要求所述的方法，其中所述多个样本包括至少一个参考样本，所述身份聚类的组包括至少一个参考聚类，所述参考聚类包含所述参考样本。
16.根据权利要求15所述的方法，其中所述至少一个参考样本是来自妊娠母本个体的样本。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述身份聚类的组进一步包含至少一个亲缘聚类，所述亲缘聚类由来自所述母本个体正在进行的妊娠中的至少一个胎儿的样本组成。
18.根据权利要求17所述的方法，其中所述亲缘聚类被划分为多个胎儿聚类，所述胎儿聚类由包含来自唯一且相同胎儿的dna的样本组成。
19.根据权利要求15所述的方法，其中所述至少一个参考聚类由包含来自以下的dna的样本组成，所述dna来自与法医调查中的受害者相对应的唯一且相同个体，进一步包括定义至少一个犯罪者聚类，该聚类包括含有来自不同于受害者的唯一且相同个体的dna的样本。
20.根据权利要求19所述的方法，包括将属于所述至少一个犯罪者聚类中的每个聚类的多个样本中的drs-wga等分试样进行聚类混合，为每个聚类生成相应的单个个体wga-dna样本，并对所述单个个体wga-dna样本中的至少一个进行进一步的dna分析。
21.根据权利要求19所述的方法，包括对属于所述至少一个犯罪者聚类中的每个聚类的多个样本的至少一种检测类型的基因分析数据进行聚类合并，为所述至少一个犯罪者聚类中的每个聚类生成相应的单个个体wga-dna数据。
22.根据权利要求21所述的方法，其中所述检测类型选自由以下组成的组：
23.根据权利要求1至15中任一项所述的方法，其中所述多个样本包括肿瘤和/或正常样本。
24.根据权利要求1或15所述的方法，其中所述多个样本至少包括参考样本，该参考样本含有来自母本个体的dna，且所述多个样本中的至少一个其他胚胎样本选自由以下组成的组：
25.根据权利要求24所述的方法，进一步包括通过以下方法对所述胚胎进行胚胎植入前基因筛选：利用基于所述至少一个其他胚胎样本测得的与母体污染相对应的污染因子，根据来自所述母本样本的所述至少一个其他胚胎样本的所述成对相似度，分析来自所述至少一个其他胚胎样本的所述低通全基因组测序数据的全基因组染色体畸变。
26.根据权利要求15所述的方法，其中所述多个样本至少包括含有来自母本个体的dna的参考样本，以及至少一个含有来自无细胞dna样本的dna的其他样本。
27.根据权利要求26所述的方法，进一步包括通过以下方法对所述无细胞dna样本进行非侵入性产前检查：使用与基于所述至少一个无细胞dna样本测得的胎儿分数相对应的校正因子，根据与所述母本参考样本的所述成对相似度，分析来自所述至少一个无细胞dna样本的所述低通全基因组测序数据的全基因组染色体畸变。
28.根据权利要求15所述的方法，其中所述多个样本至少包括含有来自母本个体的dn...
【专利技术属性】
技术研发人员：尼科洛·马纳雷西，克劳迪奥·福尔卡托，阿尔贝托·费拉里尼，
申请(专利权)人：美纳里尼硅生物系统股份公司，
类型：发明
国别省市：
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