【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及计算机领域，尤其涉及一种基因片段序列测序比对方法、系统以及设备。
技术介绍
1、随着生物学领域技术的不断进步，基因合成技术的不断发展，可以快速的克隆出大量的基因片段。因此，需要检验克隆出来的基因片段和预想的基因片段是否一致。所以，需要进行测序比对。
2、目前，为了比较克隆的基因片段和预想的基因片段是否一致，相关人员会先将克隆的基因片段放到测序仪中测序，获得ab1类型的测序结果文件；然后，将ab1文件和seq文件进行比对，看两者是否一致。一致的话，克隆的基因片段就是正确的。这种人工测序比对方式不利于生产效率的提高，对相关人员的工作体验也不好。
技术实现思路
1、本专利技术的目的之一在于提供一种基因片段序列测序比对方法、系统以及设备，能够替代人工测序比对，快速分析出克隆序列的正确性，提高测序比对的效率，提高生产效率。
2、本专利技术的目的之一在于提供一种基因片段序列测序比对方法、系统以及设备，能够通过序列测序比对模型对于测序单、测序比对参数、和上传的测序单中多条克隆样品相关的seq文件和ab1文件数据进行处理，输出测序反应、测序样品(克隆样品)、测序样品组的比对分析结果。
3、本专利技术的目的之一在于提供一种基因片段序列测序比对方法、系统以及设备，能够以信息化的形式实现测序比业务的规范化。
4、为了实现本专利技术的至少一个专利技术目的，本专利技术提供了一种基因片段序列测序比对方法，包括以下步骤：
5、序列测序比对
6、序列测序比对模型执行测序比对；以及
7、序列测序比对模型输出测序反应、克隆样品、测序样品组的测序比对分析结果；
8、其中，所述序列测序比对模型执行测序比对步骤还包括以下步骤：将测序单中的克隆样品进行测序比对；获取克隆样品中多个测序反应的有效读长、测序质量、最小qv值关键信息；获取克隆样品的基础信息、突变缺失比例、覆盖比例、正确率、匹配度、反应数量、blast比例、blast详情页面和测序比对详情页面；以及获取克隆样品组整体测序情况，以判断是否可发货或需重新测序比对；
9、其中，测序单表是用户上传的数据，序列测序比对模型获取用户上传的测序单表的数据，并根据上传的数据生成测序反应表、测序样品表、测序样品组表的数据。
10、在一些实施例中，其中所述基因片段序列测序比对方法的所述序列测序比对模型执行测序比对步骤还包括以下测序反应比对步骤：获取一个ab1文件、一个seq标准序列文件和页面有关测序比对的参数，放入准备好的测序比对的exe执行文件中；得到左右剪切后的测序结果序列片段及每个碱基的qv值；计算出测序反应的有效读长、测序质量和最小qv；以及保存一条测序反应数据到数据库。
11、在一些实施例中，其中所述基因片段序列测序比对方法的所述序列测序比对模型执行测序比对步骤还包括以下测序样品比对步骤：获取一个或多个ab1文件、一个seq标准序列文件和测序比对参数，放入准备好的测序比对exe文件中；获得碱基突变缺失的数量和位置；计算出克隆样品的覆盖度、匹配度、正确率；判断正确率是否为100％，并且克隆样品名称类似订单名称命名的克隆样品；当判断结果为否时，克隆样品没有终序列；当判断结果为是时，根据标准序列在终构建序列中的位置，前后加长30bp，生成新的标准序列，重复执行前述步骤，获取克隆样品的正确率；判断正确率是否为100％，如果是，则克隆样品的终序列正确，如果否，则克隆样品的终序列错误。
12、在一些实施例中，其中所述基因片段序列测序比对方法的所述序列测序比对模型执行测序比对步骤还包括以下测序样品组比对步骤：获取多个原始订单号一样的多个克隆样品；判断是否存在克隆样品正确率＝100％；如果是，则样品组测序正确。
13、在一些实施例中，其中测序样品组表是测序样品表的父级，样品表是测序反应表的父级。
14、在一些实施例中，其中所述基因片段序列测序比对方法包括以下执行页面加载步骤：获取数据库中所有的测序单数据和测序比对参数数据，将测序单数据放入页面的layui的表格组件中，将测序比对参数放入到页面的标签元素中。
15、在一些实施例中，其中所述基因片段序列测序比对方法包括以下执行查找步骤：响应于查找命令，将克隆号通过ajax调用传入后台，后台通过克隆号查找相关的测序单数据，然后将这些数据放入页面的表格中。
16、根据本专利技术的另一方面，还提供了一种基因片段序列测序比对设备，包括：
17、存储器，用于存储软件应用程序，
18、处理器，用于执行所述软件应用程序，所述软件应用程序的各程序相对应地执行所述的基因片段序列测序比对方法的各步骤。
19、根据本专利技术的另一方面，还提供了一种基因片段序列测序比对系统，所述基因片段序列测序比对系统设置有序列测序比对模型单元，所述序列测序比对模型单元被配置为执行：获取测序单、测序比对参数、和上传的测序单中多条克隆样品相关的seq文件和ab1文件数据；执行测序比对；以及输出测序反应、克隆样品、测序样品组的测序比对分析结果；其中，测序单表是用户上传的数据，所述序列测序比对模型单元的序列测序比对模型获取用户上传的测序单表的数据，并根据上传的数据生成测序反应表、测序样品表、测序样品组表的数据；其中，测序样品组表是测序样品表的父级，样品表是测序反应表的父级；其中所述基因片段序列测序比对系统设置有前台端和后台端，所述前台端采用layui的前端框架，所述基因片段序列测序比对系统采用efcore方式实现所述后台端和数据库的交互；其中所述序列测序比对模型单元中为asp.net mvc结合dbfirst模式，数据库为sqlsever；所述前台端和所述后台端通过jquery的ajax方法实现交互，所述基因片段序列测序比对系统通过layui的表格控件反馈页面展示表格。
20、在一些实施例中，所述基因片段序列测序比对系统还包括配置导入模块，所述配置导入模块被配置为执行：配置测序比对参数，保存在测序比对参数数据库中；配置seq文件和ab1文件的路径；以及导入测序单。
21、本专利技术的有益效果包括但是不限于：前端采用了layui的前端框架，前端开发速度大大提升；采用了mvc+多层程序结果，层次分明，mvc就是视图页面、模型和控制器相分离；多层就是，在控制器的下一级还有业务逻辑层和数据获取层；所以，程序的层次更加分明；一旦发生异常，也可以快速的定位到哪一层，快速解决；采用了efcore方式实现后台和数据库的交互，数据的增删改查、排序、分类等等，efcore都有自带的方法，开发人员的开发速度大大提升；减少工作量：用户不用再人工测序比对，只需要注重最后的测序比对结果就可以了。保存好测序比对的参数，提前配置好相关的(和上传的测序单中多条克隆样品相关的)ab1文件和seq文件的路径，导入测序单，序列测序比对模型会将测序本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种基因片段序列测序比对方法，其特征在于，所述基因片段序列测序比对方法包括以下步骤：
2.如权利要求1所述的基因片段序列测序比对方法，其中所述基因片段序列测序比对方法的所述序列测序比对模型执行测序比对步骤还包括以下测序反应比对步骤：获取一个ab1文件、一个seq标准序列文件和页面有关测序比对的参数，放入准备好的测序比对的exe执行文件中；得到左右剪切后的测序结果序列片段及每个碱基的QV值；计算出测序反应的有效读长、测序质量和最小QV；以及
3.如权利要求1所述的基因片段序列测序比对方法，其中所述基因片段序列测序比对方法的所述序列测序比对模型执行测序比对步骤还包括以下测序样品比对步骤：获取一个或多个ab1文件、一个seq标准序列文件和测序比对参数，放入准备好的测序比对exe文件中；获得碱基突变缺失的数量和位置；计算出克隆样品的覆盖度、匹配度、正确率；判断正确率是否为100％，并且克隆样品名称类似订单名称命名的克隆样品；当判断结果为否时，克隆样品没有终序列；当判断结果为是时，根据标准序列在终构建序列中的位置，前后加长30bp，生成新的标准序列，重复执行前述
4.如权利要求1所述的基因片段序列测序比对方法，其中所述基因片段序列测序比对方法的所述序列测序比对模型执行测序比对步骤还包括以下测序样品组比对步骤：获取多个原始订单号一样的多个克隆样品；判断是否存在克隆样品正确率＝100％；如果是，则样品组测序正确。
5.如权利要求1至4中任一所述的基因片段序列测序比对方法，其中测序样品组表是测序样品表的父级，样品表是测序反应表的父级。
6.如权利要求1至4中任一所述的基因片段序列测序比对方法，其中所述基因片段序列测序比对方法包括以下执行页面加载步骤：获取数据库中所有的测序单数据和测序比对参数数据，将测序单数据放入页面的Layui的表格组件中，将测序比对参数放入到页面的标签元素中。
7.如权利要求1至4中任一所述的基因片段序列测序比对方法，其中所述基因片段序列测序比对方法包括以下执行查找步骤：响应于查找命令，将克隆号通过ajax调用传入后台，后台通过克隆号查找相关的测序单数据，然后将这些数据放入页面的表格中。
8.一种基因片段序列测序比对设备，其特征在于，包括：
9.一种基因片段序列测序比对系统，其特征在于，所述基因片段序列测序比对系统设置有序列测序比对模型单元，所述序列测序比对模型单元被配置为执行：获取测序单、测序比对参数、和上传的测序单中多条克隆样品相关的seq文件和ab1文件数据；执行测序比对；以及输出测序反应、克隆样品、测序样品组的测序比对分析结果；其中，测序单表是用户上传的数据，所述序列测序比对模型单元的序列测序比对模型获取用户上传的测序单表的数据，并根据上传的数据生成测序反应表、测序样品表、测序样品组表的数据；其中，测序样品组表是测序样品表的父级，样品表是测序反应表的父级；其中所述基因片段序列测序比对系统设置有前台端和后台端，所述前台端采用Layui的前端框架，所述基因片段序列测序比对系统采用EFcore方式实现所述后台端和数据库的交互；其中所述序列测序比对模型单元中为asp.net mvc结合DBFirst模式，数据库为sqlsever；所述前台端和所述后台端通过Jquery的ajax方法实现交互，所述基因片段序列测序比对系统通过Layui的表格控件反馈页面展示表格。
10.如权利要求9所述的基因片段序列测序比对系统，其中所述基因片段序列测序比对系统还包括配置导入模块，所述配置导入模块被配置为执行：配置测序比对参数，保存在测序比对参数数据库中；配置seq文件和ab1文件的路径；以及导入测序单。
...【技术特征摘要】
1.一种基因片段序列测序比对方法，其特征在于，所述基因片段序列测序比对方法包括以下步骤：
2.如权利要求1所述的基因片段序列测序比对方法，其中所述基因片段序列测序比对方法的所述序列测序比对模型执行测序比对步骤还包括以下测序反应比对步骤：获取一个ab1文件、一个seq标准序列文件和页面有关测序比对的参数，放入准备好的测序比对的exe执行文件中；得到左右剪切后的测序结果序列片段及每个碱基的qv值；计算出测序反应的有效读长、测序质量和最小qv；以及
3.如权利要求1所述的基因片段序列测序比对方法，其中所述基因片段序列测序比对方法的所述序列测序比对模型执行测序比对步骤还包括以下测序样品比对步骤：获取一个或多个ab1文件、一个seq标准序列文件和测序比对参数，放入准备好的测序比对exe文件中；获得碱基突变缺失的数量和位置；计算出克隆样品的覆盖度、匹配度、正确率；判断正确率是否为100％，并且克隆样品名称类似订单名称命名的克隆样品；当判断结果为否时，克隆样品没有终序列；当判断结果为是时，根据标准序列在终构建序列中的位置，前后加长30bp，生成新的标准序列，重复执行前述步骤，获取克隆样品的正确率；判断正确率是否为100％，如果是，则克隆样品的终序列正确，如果否，则克隆样品的终序列错误。
4.如权利要求1所述的基因片段序列测序比对方法，其中所述基因片段序列测序比对方法的所述序列测序比对模型执行测序比对步骤还包括以下测序样品组比对步骤：获取多个原始订单号一样的多个克隆样品；判断是否存在克隆样品正确率＝100％；如果是，则样品组测序正确。
5.如权利要求1至4中任一所述的基因片段序列测序比对方法，其中测序样品组表是测序样品表的父级，样品表是测序反应表的父级。
6.如权利要求1至4中任一所述的基因片段序列测序比对方法，其中所述基因片段序列测序比对方法包括以下执行页面加载步骤...
【专利技术属性】
技术研发人员：杨鹏，杨祥华，陆荣，孙健，
申请(专利权)人：苏州君跻基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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