一种评估肿瘤纯度的方法、校正TMB的方法及设备技术

本发明专利技术公开了一种评估肿瘤纯度的方法、校正TMB的方法及设备，涉及生物信息学技术领域。其包括如下步骤：将肿瘤样本以及与其配对的正常组织样本的测序文件作为输入，进行体细胞突变分析和等位基因频率特异性拷贝数变异检测。本发明专利技术提出的肿瘤纯度评估方法对于低纯度，尤其是高异质性的肿瘤样本具有明显的效果，能够准确地评估肿瘤的纯度。由此计算获得的TMB结果非常接近根据实际肿瘤纯度校正后TMB的结果。因此，本发明专利技术有助于提高TMB检测的准确性和可靠性，同时增加了TMB检测的可用性和适用性，避免因为肿瘤纯度的差异而导致TMB值的偏差。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物信息学，具体而言，涉及一种评估肿瘤纯度的方法、校正tmb的方法及设备。

技术介绍

1、肿瘤突变负荷(tumor mutational burden,tmb)一般指特定基因组区域内每兆碱基对(mb)体细胞非同义突变的个数。肿瘤细胞在不断分裂和增殖的过程中，会经历许多基因突变，其中一些基因突变导致肿瘤表面呈现出不同于正常细胞的宿主抗原，从而触发靶向肿瘤的免疫反应。tmb越高，表明肿瘤细胞表面的新抗原越多，肿瘤免疫原性也越高，从而更容易被机体免疫系统识别和清除，患者也更有可能从免疫治疗中收益。因此，tmb可以预测肿瘤对免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors,icis)治疗的效果。

2、在实际检测流程中，存在多种因素影响tmb的最终结果及其解释，包括但不限于样本类型、样本治疗和数量基因组覆盖率、测序平台、生物信息分析流程以及阈值设定等。此外，tmb值在不同癌种中存在显著差异，也为该标志物在临床中规范应用带来困难。一些癌种如黑色素瘤、肺癌、结直肠癌等具有较高的tmb值，而一些癌种如胰腺癌、前列腺癌等具本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种评估肿瘤纯度的方法，其特征在于，其包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述的评估肿瘤纯度的方法，其特征在于，根据分割后的片段获得肿瘤纯度、肿瘤倍性的多个可行解，使用体细胞突变分析结果以及每个分割后的片段的ASCNV结果进行肿瘤的亚克隆结构分析，以使得所有突变的肿瘤根据CP值进行聚类，其中，将平均等位基因频率(VAF)最大的Cluster所对应的细胞比例(CP)值作为根据体细胞突变所估计的肿瘤纯度；将所述根据体细胞突变所估计的肿瘤纯度值与根据ASCNV优化得到的所述多个局部极值进行比较，选择最为接近的一组结果作为最终的肿瘤纯度和肿瘤倍性的估计值；>

3.根据权利...

【技术特征摘要】

1.一种评估肿瘤纯度的方法，其特征在于，其包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述的评估肿瘤纯度的方法，其特征在于，根据分割后的片段获得肿瘤纯度、肿瘤倍性的多个可行解，使用体细胞突变分析结果以及每个分割后的片段的ascnv结果进行肿瘤的亚克隆结构分析，以使得所有突变的肿瘤根据cp值进行聚类，其中，将平均等位基因频率(vaf)最大的cluster所对应的细胞比例(cp)值作为根据体细胞突变所估计的肿瘤纯度；将所述根据体细胞突变所估计的肿瘤纯度值与根据ascnv优化得到的所述多个局部极值进行比较，选择最为接近的一组结果作为最终的肿瘤纯度和肿瘤倍性的估计值；

3.根据权利要求2所述的评估肿瘤纯度的方法，其特征在于，根据分割后的片段获得肿瘤纯度、肿瘤倍性的多个可行解，获得每个分割后的片段的ascnv的计算公式如下：

4.根据权利要求1所述的评估肿瘤纯度的方法，其特征在于，根据snp位点测序深度信号logr和等位基因频率baf对基因区间进行分割的方法如下：

5.根据权利要求1所述的评估肿瘤纯度的方法，其特征在于，将肿瘤样本以及与其配对的正常组织样本的测序文件输入进行体...

【专利技术属性】
技术研发人员：应建明，张繁霜，李文斌，李卫华，王顺，郭蕾，凌少平，郝伶童，李心正，刘敏，崔新，
申请(专利权)人：中国医学科学院肿瘤医院，
类型：发明
国别省市：