本发明专利技术提供了一种靶向膜蛋白的DNA核酸适体三维结构、功能优化及生物医药应用。具体地，本发明专利技术提供了一种优化sgc8c核酸适体的方法，包括对所述sgc8c核酸适体的序列进行以下一种或多种变换：(a)在所述sgc8c核酸适体序列的第25‑29位进行以下一种或多种变换：替换、增减、化学修饰；(b)在所述sgc8c核酸适体序列的5’端和/或3’端进行以下一种或多种变换：将5’端和/或3’端的1～4个核苷酸替换为镜像/左旋脱氧核糖核苷酸或镜像/左旋核糖核苷酸、添加镜像/左旋脱氧核糖核苷酸或镜像/左旋核糖核苷酸。通过本发明专利技术的方法得到的优化的sgc8c突变核酸适体具有更高的热力学稳定性、生物稳定性和靶标结合亲和力。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物学领域，具体地，涉及一种靶向膜蛋白的dna核酸适体三维结构、功能优化及生物医药应用。
技术介绍
1、核酸适体是一种功能核酸，可与细胞、蛋白、小分子等靶标特异性结合。核酸适体与靶标的特异性结合依赖于初级核苷酸序列及其特定的三维空间结构。因此，核酸适体的三维结构测定和基于结构的序列功能优化是该研究领域的核心内容之一。
2、sgc8c是2007年在人急性白血病细胞中通过细胞-配体指数富集系统演化(cell-selex)技术筛选并截短所得的dna适体。蛋白质谱鉴定表明，sgc8c特异性靶向人急性淋巴细胞白血病t淋巴细胞(human acute lymphatic leukemia cells t lymphocytes,ccrf-cem)膜上的蛋白酪氨酸激酶7(protein tyrosine kinase 7,ptk7)。ptk7属于一种保守的细胞跨膜受体，在多种信号通路中发挥分子开关作用，在白血病、结直肠癌和乳腺癌等肿瘤中呈高表达。
3、因此，获得更优检测性能、热力学稳定性、生物稳定性、靶标结合亲和力等的优化sgc8c核酸适体突变体，对本领域来说具有重要意义。
技术实现思路
1、本专利技术提供了一种更优的检测性能、热力学稳定性、生物稳定性、靶标结合亲和力等的优化sgc8c核酸适体突变体及其应用。
2、在本专利技术的第一方面，提供了一种优化sgc8c核酸适体的方法，包括对所述sgc8c核酸适体的序列进行以下一种或多种变换：
3、(a)在所述sgc8c核酸适体序列的第25-29位进行以下一种或多种变换：替换、增减、化学修饰；
4、(b)在所述sgc8c核酸适体序列的5’端或3’端进行以下一种或多种变换：将5’端和/或3’端的1～4个核苷酸替换为镜像/左旋脱氧核糖核苷酸或镜像/左旋核糖核苷酸、分别在5’端和3’端添加至少一个镜像/左旋脱氧核糖核苷酸或镜像/左旋核糖核苷酸。
5、在另一优选例中，所述sgc8c核酸适体的序列(5’-3’)如seq id no:1所示。
6、在另一优选例中，所述sgc8c核酸适体与ptk7蛋白和/或ptk7阳性细胞进行特异性结合。
7、在另一优选例中，所述sgc8c核酸适体与ptk7蛋白和/或ptk7阳性细胞进行特异性结合的部位为p2区(序列的第9-13位)。
8、在另一优选例中，所述的一种或多种变换用于：
9、(i)提升sgc8c核酸适体的热力学稳定性和靶标结合亲和力；和/或。
10、(ii)提升sgc8c核酸适体的生物稳定性。
11、在另一优选例中，变换(a)用于提升sgc8c核酸适体的热力学稳定性和靶标结合亲和力。
12、在另一优选例中，变换(b)用于提升sgc8c核酸适体的生物稳定性。
13、在另一优选例中，同时进行变换(a)和(b)用于提升sgc8c核酸适体的热力学稳定性、生物稳定性、和靶标结合亲和力。
14、在本专利技术的第二方面，提供了一种优化的sgc8c核酸适体，所述核酸适体包括：
15、gaa25-28、gaa25-29、l1-3、l1-4、l+2bp、l+3bp、sgc8c-x1、sgc8c-x2；
16、其中，
17、所述gaa25-28的序列如seq id no:2所示；
18、所述gaa25-29的序列如seq id no:3所示；
19、所述l1-3的序列如seq id no:1所示，且所述序列的第1、2、3、40和41位核苷酸为镜像/左旋脱氧核糖核苷酸；
20、所述l1-4的序列如seq id no:1所示，且所述序列的第1、2、3、4、39、40和41位核苷酸为镜像/左旋脱氧核糖核苷酸；
21、所述l+2bp的序列如seq id no:4所示，且所述序列的第1、2、43和44位核苷酸为镜像/左旋脱氧核糖核苷酸；
22、所述l+3bp的序列如seq id no:5所示，且所述序列的第1、2、3、44、45和46位核苷酸为镜像/左旋脱氧核糖核苷酸；
23、所述sgc8c-x1的序列如seq id no:6所示，且所述序列的第1、2、42和43位核苷酸为镜像/左旋脱氧核糖核苷酸；
24、所述sgc8c-x2的序列如seq id no:7所示，且所述序列的第1、2、3、43、44和45位核苷酸为镜像/左旋脱氧核糖核苷酸。
25、在另一优选例中，所述核酸适体带有可检测标记。
26、在另一优选例中，所述核酸适体是分离的或纯化的。
27、在另一优选例中，所述的适体的纯度≥90％，较佳地≥95％，更佳地≥99％。
28、在本专利技术的第三方面，提供了一种偶联物，所述偶联物包括本专利技术第二方面所述的核酸适体以及与所述核酸适体相连的可检测标记物。
29、在另一优选例中，所述的可检测标记物包括生物素、化学发光基团、化学荧光基团、荧光蛋白、酶、胶体金、放射性同位素、乳胶颗粒、抗体、配体、抗原、受体、或其组合。
30、在本专利技术的第四方面，提供了一种复合物，所述复合物是(a)本专利技术第二方面所述的核酸适体或本专利技术第三方面所述的偶联物与(b)ptk7蛋白所形成的复合物。
31、在本专利技术的第五方面，提供了一种检测制品，所述检测制品含有本专利技术第二方面所述的核酸适体或本专利技术第三方面所述的偶联物。
32、在另一优选例中，所述的检测制品包括：检测试剂、侧流片、芯片、测试条、检测板。
33、在另一优选例中，所述检测制品用于检测ptk7蛋白或ptk7阳性细胞
34、在本专利技术的第六方面，提供了一种检测试剂盒，所述检测试剂盒包含本专利技术第二方面所述的核酸适体，本专利技术第三方面所述的偶联物和/或本专利技术第五方面所述的检测制品。
35、在另一优选例，所述检测试剂盒用于检测待测样品中ptk7蛋白或ptk7阳性细胞的水平。
36、在另一优选例中，所述检测试剂盒用于检测待测对象是否患有选自下组的疾病：白血病、结直肠癌、乳腺癌、胃癌、肺癌、甲状腺癌、食管癌、膀胱癌、前列腺癌、头颈部癌、肝内胆管癌、脂肪肉瘤、肺鳞状细胞癌、转移性黑色素瘤、卵巢癌、黑色素瘤、或其组合。
37、在另一优选例中，所述待测对象为人或非人哺乳动物。
38、在本专利技术的第七方面，提供了如本专利技术第二方面所述的核酸适体或如本专利技术第三方面所述偶联物的用途，用于制备ptk7蛋白和/或ptk7阳性细胞的检测制品或试剂盒。
39、在另一优选例中，所述的检测制品包括：检测试剂、侧流片、芯片、测试条、检测板。
40、在本专利技术的第八方面，提供了一种检测ptk7蛋白和/或ptk7阳性细胞的方法，包括步骤：
41、(a)提供待检测的样品；
42、(b)将该样品与本专利技术第二方面本文档来自技高网
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【技术保护点】
1.一种优化sgc8c核酸适体的方法，其特征在于，包括对所述sgc8c核酸适体的序列进行以下一种或多种变换：
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的一种或多种变换用于：
3.一种优化的sgc8c核酸适体，其特征在于，所优化的述核酸适体包括：
4.如权利要求3所述的核酸适体，其特征在于，所述优化的sgc8c核酸适体与PTK7蛋白和/或PTK7阳性细胞特异性结合。
5.一种偶联物，其特征在于，所述偶联物包括权利要求3所述的核酸适体以及与所述核酸适体相连的可检测标记物。
6.一种复合物，其特征在于，所述复合物是(a)权利要求3所述的核酸适体或权利要求5所述的偶联物与(b)PTK7蛋白所形成的复合物。
7.一种检测制品，其特征在于，所述检测制品含有权利要求3所述的核酸适体或权利要求5所述的偶联物。
8.一种检测试剂盒，其特征在于，所述检测试剂盒包含权利要求3所述的核酸适体，权利要求5所述的偶联物和/或权利要求7所述的检测制品。
9.如权利要求3所述的核酸适体或如权利要求5所述偶联物的用途，其特征在于，用于制备PTK7蛋白和/或PTK7阳性细胞的检测制品或试剂盒。
10.一种检测PTK7蛋白和/或PTK7阳性细胞的方法，其特征在于，包括步骤：
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【技术特征摘要】
1.一种优化sgc8c核酸适体的方法，其特征在于，包括对所述sgc8c核酸适体的序列进行以下一种或多种变换：
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的一种或多种变换用于：
3.一种优化的sgc8c核酸适体，其特征在于，所优化的述核酸适体包括：
4.如权利要求3所述的核酸适体，其特征在于，所述优化的sgc8c核酸适体与ptk7蛋白和/或ptk7阳性细胞特异性结合。
5.一种偶联物，其特征在于，所述偶联物包括权利要求3所述的核酸适体以及与所述核酸适体相连的可检测标记物。
6.一种复合物，其特征在于，所述复合物是(a...
【专利技术属性】
技术研发人员：郭沛，韩达，何阿信，
申请(专利权)人：臻智达生物技术上海有限公司，
类型：发明
国别省市：
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