一种突变位点富集式叠瓦探针、试剂盒、设计方法及应用技术

技术编号:40875643 阅读:22 留言:0更新日期:2024-04-08 16:44
本申请提供了一种突变位点富集式叠瓦探针、试剂盒、设计方法及应用,突变位点富集式叠瓦探针的设计方法包括以下步骤:设计针对待检测基因的多个探针;将多个探针交错摆放,实现对所有待检测基因区域的2X覆盖;针对突变位点,将探针序列设计为突变位点的互补序列;对于难捕获的位点,增加一层探针,使得难捕获的位点达到3X覆盖。本申请的一种突变位点富集式叠瓦探针可以使得临床有意义的突变位点能达到3X的覆盖,提高了突变频率低的位点在样本中的富集率及检出率。本申请的一种包括该突变位点富集式叠瓦探针试剂盒应用在检测EGFR基因中,在实现EGFR基因检测的同时,显著提高突变位点捕获效率及检出率。

【技术实现步骤摘要】

本申请属于基因检测,更具体地说,是涉及一种突变位点富集式叠瓦探针、试剂盒、设计方法及应用


技术介绍

1、肿瘤二代测序基因检测中,需要对靶向基因区域进行富集。靶向富集主要实现方式有两种,一是通过多重pcr直接扩增靶区域,二是通过寡核苷酸探针,对预文库杂交捕获实现。由于多重pcr存在交叉扩增和扩增效率不均一等原因,适用场景有限。基于探针(probe&panel)的杂交富集方式,既兼容多种变异类型检测,也易于优化,获得较佳的测序均一性,因而得到了广泛应用。针对通用需求,已有多家公司提供目录化panel及杂交捕获方案,例如全外显子和泛癌种应用。直接购买商品化panel比从头设计更加值得推荐,因为这些panel通常已经过验证和优化。但当某些实验或者检测需要针对特定基因、固定疾病或者特殊信号通路时,则需要定制panel的设计合成。定制panel设计需要考虑到靶区域的选择、探针位置和方式,这些因素都与捕获效果直接相关。

2、egfr g719s位点在结直肠癌、肺癌中经常出现,临床对应的推荐用药是西妥昔单抗、厄洛替尼、吉非替尼,在nsclc少见egf本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种突变位点富集式叠瓦探针的设计方法,其特征在于,包括以下步骤:

2.一种突变位点富集式叠瓦探针,其特征在于,采用权利要求1所述的设计方法得到。

3.一种试剂盒,其特征在于,包括权利要求2所述的一种突变位点富集式叠瓦探针。

4.如权利要求2所述的一种突变位点富集式叠瓦探针在检测EGFR基因中的应用。

5.如权利要求4所述的一种突变位点富集式叠瓦探针在检测EGFR基因中的应用,其特征在于,采用的叠瓦探针的序列如SEQ ID NO:1~56所示。

6.如权利要求3所述的一种试剂盒在检测EGFR基因中的应用。</p>

7.如权...

【技术特征摘要】

1.一种突变位点富集式叠瓦探针的设计方法,其特征在于,包括以下步骤:

2.一种突变位点富集式叠瓦探针,其特征在于,采用权利要求1所述的设计方法得到。

3.一种试剂盒,其特征在于,包括权利要求2所述的一种突变位点富集式叠瓦探针。

4.如权利要求2所述的一种突变位点富集式叠瓦探针在检测egfr基因中的应用。

5.如权利要求4所述的一种突变位点富集式叠瓦探针在检测egfr基因中的应用,其特征在于,采用的叠瓦探针的序列如seq id no...

【专利技术属性】
技术研发人员:李彬郭琼钰何彬周雪王蓉李拼范渊曹现涛魏光陆亚平
申请(专利权)人:国药武汉精准医疗科技有限公司
类型:发明
国别省市:

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