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一种纳米孔测序中条形码的设计方法技术

技术编号:40711279 阅读:24 留言:0更新日期:2024-03-22 11:13
本发明专利技术公开了一种纳米孔测序中条形码的设计方法,属于分子生物学技术领域。本发明专利技术利用碱基A、G、C、T形成一定长度的序列作为候选序列,对该候选序列进行预处理,初步筛选有差异性的序列;设定阈值t,保证设计出的条形码集合中任意两个序列之间有足够大的差异性;针对最远点采样算法进行改进;在确定阈值t和候选的条形码集合之后,采用改进的最远点采样算法来挑选条形码,输出采样集合。本发明专利技术利用改进的最远点采样算法设计条形码套件,极大程度上保证了设计条形码之间的差异性,并且实现了较高的解复用精度。本发明专利技术解决了纳米孔测序中给出的条形码数目少的问题,为提高纳米孔测序通量提供可能性,降低了大型实验的成本。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于分子生物学和人工智能相结合的,具体涉及一种纳米孔测序中条形码的设计方法


技术介绍

1、将多个样本汇集在一起以最大限度地利用资源是生物分子研究中的常见做法。为了识别不同的样本,实验平台通常把不同的条形码与不同的样本连接在一起。条形码在研究和生物技术中发挥着重要作用,例如单细胞测序、基因合成、药物发现和高通量测序等。然而,dna合成和测序过程中产生的错误(表现为碱基的插入、删除和替换)可能会破坏条形码,导致无法正确识别,降低实验的准确性。

2、纳米孔测序是现代测序技术的突破,由于其测序读数长的优势,极大地推动了基因组组装、单细胞转录组学和融合基因的研究。为了降低测序成本,平台通常会给每个样本链接独特的条形码来同时测序多个样本。然后,根据已知的条形码(短且唯一的核苷酸序列)将每个样本的测序读数分离。然而,oxford nanopore technologies(ont)官方提供的条形码套件中最多包含96个条形码,这意味着最多可以在单次运行中测序96个样本。当实验规模很大,就需要包含更多条形码的条形码套件。众所周知,与二代短读测序相比,本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,包括以下步骤:

2.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,所述S1包括:

3.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,所述S2包括:

4.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,所述S3中,对最远点采样算法进行改进:

5.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,所述S4包括:

6.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,上述方法还包括条形码解复用步骤:首先从测序后的序列中截取被破...

【技术特征摘要】

1.一种纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,包括以下步骤:

2.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,所述s1包括:

3.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,所述s2包括:

4.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,所述s3中,对最远点采样算法进行改进:

5.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,所述s4包括:

6.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,上述方法还包括条形码解复用步骤...

【专利技术属性】
技术研发人员:韩仁敏任梓彤
申请(专利权)人:山东大学
类型:发明
国别省市:

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