【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物学和人工智能相结合的,具体涉及一种纳米孔测序中条形码的设计方法。
技术介绍
1、将多个样本汇集在一起以最大限度地利用资源是生物分子研究中的常见做法。为了识别不同的样本,实验平台通常把不同的条形码与不同的样本连接在一起。条形码在研究和生物技术中发挥着重要作用,例如单细胞测序、基因合成、药物发现和高通量测序等。然而,dna合成和测序过程中产生的错误(表现为碱基的插入、删除和替换)可能会破坏条形码,导致无法正确识别,降低实验的准确性。
2、纳米孔测序是现代测序技术的突破,由于其测序读数长的优势,极大地推动了基因组组装、单细胞转录组学和融合基因的研究。为了降低测序成本,平台通常会给每个样本链接独特的条形码来同时测序多个样本。然后,根据已知的条形码(短且唯一的核苷酸序列)将每个样本的测序读数分离。然而,oxford nanopore technologies(ont)官方提供的条形码套件中最多包含96个条形码,这意味着最多可以在单次运行中测序96个样本。当实验规模很大,就需要包含更多条形码的条形码套件。众所周知,
...【技术保护点】
1.一种纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,包括以下步骤:
2.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,所述S1包括:
3.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,所述S2包括:
4.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,所述S3中,对最远点采样算法进行改进:
5.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,所述S4包括:
6.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,上述方法还包括条形码解复用步骤:首先从测
...【技术特征摘要】
1.一种纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,包括以下步骤:
2.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,所述s1包括:
3.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,所述s2包括:
4.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,所述s3中,对最远点采样算法进行改进:
5.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,所述s4包括:
6.如权利要求1所述的纳米孔测序中条形码的设计方法,其特征在于,上述方法还包括条形码解复用步骤...
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