【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及病毒高通量测序，具体涉及汉滩病毒全基因组靶向捕获引物组及其应用。
技术介绍
1、汉滩病毒（orthohantaan viurs，htnv）可引起肾综合征出血热，是导致重症、危重症肾综合征出血热的主要病原，主要存在于啮齿类动物中。htnv基因组为分节段的rna病毒，基因组分为大（l）、中（m）、小（s）三个片段，大小分别约为6.3kb、3.6kb、1.7kb。分节段的rna病毒在自然界易变异和重组，近年来啮齿类动物中新基因亚型的htnv不断被发现，对人类生命安全产生严重威胁，因此需要建立一套快速、方便、经济、有效的获取汉滩病毒基因组的方法来监测病毒的变异情况。
2、病原宏基因组测序以及探针捕获测序是目前针对病原最常用的基因测序方法，这些方法可一次性完成包括htnv在内的细菌、真菌、病毒和寄生虫等多种病原体检测，但是操作过程复杂、引物数量多、检测时间长、背景信号高、测序深度低、成本高，对于未经培养的样本很难获得全基因组的序列，无法实现大量样本的检测以及大规模的应用。
技术实现思路
1、基于此，本专利技术提供汉滩病毒全基因组靶向捕获引物组及其应用，至少解决现有技术中的一个问题。
2、第一方面，本专利技术提供一种汉滩病毒全基因组靶向捕获引物组，其包括如seq idno. 1- seq id no. 20所示的10对叠瓦式pcr扩增引物。
3、其中，seq id no. 1为tagtagtagactccctaagtgacaa，seq id n
4、seq id no. 3为aagagtggtgaaaaacatgg，seq id no. 4为ctcagccaactctgcattttc，seq id no. 3和seq id no. 4所示引物构成一对；
5、seq id no. 5为ctgaggtaactacctgtttctt，seq id no. 6为cagcacaaccttcaaagaatg，seq id no. 5和seq id no. 6所示引物构成一对；
6、seq id no. 7为accactcagatgatgccc，seq id no. 8为gtctttaggtcaacagataagg，seq id no. 7和seq id no. 8所示引物构成一对；
7、seq id no. 9为ttggctataagtttgctgtgac，seq id no. 10为atcatgctgtgcaattgcac，seq id no. 9和seq id no. 10所示引物构成一对；
8、seq id no. 11为acagaatctggatttgaatggg，seq id no. 12为tagtagtagtacgctccggaa，seq id no. 11和seq id no. 12所示引物构成一对；
9、seq id no. 13为tagtagtagacaccgcaa，seq id no. 14为cctatgactaaggtctttg，seq id no. 13和seq id no. 14所示引物构成一对；
10、seq id no. 15为ggcatcatgtgaggcat，seq id no. 16为aaactgcctgggaactc，seqid no. 15和seq id no. 16所示引物构成一对；
11、seq id no. 17为ggttgtaacccagcagattg，seq id no. 18为tagtagtagactccgcaagatgtt，seq id no. 17和seq id no. 18所示引物构成一对；
12、seq id no. 19为tagtagtagactccctaaaga，seq id no. 20为tagtagtagtatgctccctaa，seq id no. 19和seq id no. 20所示引物构成一对。
13、通过使用所述汉滩病毒全基因组靶向捕获引物组进行pcr靶向捕获汉滩病毒全基因组，经捕获后的pcr产物可直接对接二代和三代测序平台进行文库构建和基因组序列测定，获得高质量的汉滩病毒全基因组序列。
14、第二方面，本专利技术提供所述汉滩病毒全基因组靶向捕获引物组在汉滩病毒靶向基因组高通量测序中的应用。
15、第三方面，本专利技术提供一种汉滩病毒靶向基因组高通量测序方法，其包括以下步骤：
16、提取待测序核酸；
17、将所述汉滩病毒全基因组靶向捕获引物组和所述待测序核酸加入至pcr扩增体系，进行反转录和靶向扩增，并纯化dna产物；
18、进行文库构建和序列测定。
19、在一些优选的实施方式中，所述将所述汉滩病毒全基因组靶向捕获引物组和所述待测序核酸加入至pcr扩增体系具体为：将所述汉滩病毒全基因组靶向捕获引物组分为pool1、pool2和pool3三组，分别加入至pcr扩增体系，并分别加入待测序核酸。
20、在一些优选的实施方式中，每个pcr扩增体系加入5微升待测序核酸。
21、在一些优选的实施方式中，所述反转录和靶向扩增的pcr程序为：
22、50℃ 30min；
23、94℃ 2min；
24、94℃ 15s，52℃ 30s，68℃ 1min 45s，30个循环；
25、68℃ 5 min。
26、在一些优选的实施方式中，采用ampure xp磁珠纯化dna产物。
27、在一些优选的实施方式中，采用第二代测序技术进行文库构建和序列测定。
28、在一些优选的实施方式中，采用第三代测序技术进行文库构建和序列测定。
29、由于采用了以上技术方案，本专利技术的实施例至少具有以下有益效果：
30、（1）有效提高高通量测序信噪比，降低背景信息，靶向捕获得到的目标基因组（mapping）占比可达99%以上；低浓度的样本（ct值31以内），基因组覆盖度可达99%以上，平均测序深度6000以上；
31、（2）适用性广，仅通过10对针对汉滩病毒保守区设计的引物靶向捕获病毒基因组，减少了引物对基因组的影响，有利于对病毒变异的监测；靶向捕获后可对接abi iongenestudio s5、illumina和nanopore等高通量测序平台进行文库构建和序列测定；
32、（3）较少的测序数据就可以获得全基因组序列，对于可以实时分析测序平台的高通量测序平台，短时间内即可获得全基因组序列；采用nanopore平台 （gridion x5）测序，从样本接收到获得全基因组序列最快5h；
33、（4）经济，一块测序芯片可用于多个样本检测，大大降低测序成本。
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1.一种汉滩病毒全基因组靶向捕获引物组，其特征在于，包括如SEQ ID No. 1- SEQID No. 20所示的10对叠瓦式PCR扩增引物。
2.根据权利要求1所述汉滩病毒全基因组靶向捕获引物组在汉滩病毒靶向基因组高通量测序中的应用。
3.一种汉滩病毒靶向基因组高通量测序方法，其特征在于，包括以下步骤：
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述将权利要求1所述汉滩病毒全基因组靶向捕获引物组和所述待测序核酸加入至PCR扩增体系具体为：将权利要求1所述汉滩病毒全基因组靶向捕获引物组分为pool1、pool2和pool3三组，分别加入至PCR扩增体系，并分别加入待测序核酸。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，每个PCR扩增体系加入5微升待测序核酸。
6.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述反转录和靶向扩增的PCR程序为：
7.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，采用AMPure XP磁珠纯化DNA产物。
8.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，采用第二代测序技术进行文库构建和
9.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，采用第三代测序技术进行文库构建和序列测定。
...【技术特征摘要】
1.一种汉滩病毒全基因组靶向捕获引物组，其特征在于，包括如seq id no. 1- seqid no. 20所示的10对叠瓦式pcr扩增引物。
2.根据权利要求1所述汉滩病毒全基因组靶向捕获引物组在汉滩病毒靶向基因组高通量测序中的应用。
3.一种汉滩病毒靶向基因组高通量测序方法，其特征在于，包括以下步骤：
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述将权利要求1所述汉滩病毒全基因组靶向捕获引物组和所述待测序核酸加入至pcr扩增体系具体为：将权利要求1所述汉滩病毒全基因组靶向捕获引物组分为pool1、pool...
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