【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物技术与家畜生物育种领域，涉及奶山羊stard5基因单核苷酸多态性(snp)的分型检测及其在分子标记辅助早期选择育种中的应用。
技术介绍
1、在动物品种改良和新品种选育过程中，遗传标记作为一种重要的选择手段，在分子育种中不可或缺。目前，单核苷酸多态性正作为一个有效的第三代遗传标记被广泛使用。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)是指在基因组中的单个核苷酸位置发生的变异。具体而言，snp是指在一种生物个体或物种的基因组中，某个位点上两种以上等位基因的频率大于1％，跟据其类型可分为转换和颠换。snp作为常见的遗传变异形式，它可以出现在基因的编码区域，也可以出现在非编码区域。snp的存在可以对个体的表型、疾病易感性以及药物反应等方面都会产生影响。
2、而且，随着高通量测序成本的不断降低，各物种参考基因组的不断公布和更新，重测序手段的使用也越来越多。重测序是指对已有参考基因组的物种进行不同个体的基因组测序，与参考基因组进行比对，从而检测到大量的遗传变异信息。重测序手段可以帮助我们有效地寻找snp，再通过全基因组关联分析等方法，将基因组信息与经济形状相关的表型信息相结合，对奶山羊进行早期选择，从而加快选择速率，提高选择效果。
3、stard5(star related lipid transfer domain containing 5)基因位于山羊21号染色体，又称star相关脂质转移蛋白5。该基因是编码start相关脂质转移蛋白的stard亚家族的
4、乳脂是哺乳动物所分泌的乳汁中必要的成分之一，哺乳动物在泌乳期间，从循环系统中摄取脂质前体物质，如脂肪酸、甘油等，并在细胞内酶的参与下合成、转运和分泌。stard5基因编码脂质转移蛋白，结合其功能和全基因组关联的结果来看，stard5基因可作为潜在的影响奶山羊泌乳性能的候选基因。
5、目前，国内外尚未见报道奶山羊stard5基因的多态性研究及其与奶山羊产奶性状的遗传相关性。
技术实现思路
1、针对上述问题，本专利技术公开了一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性标记在产奶性状早期选择中的应用。
2、本专利技术的目的是通过下述技术方案予以实现的。
3、一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性标记，所述单核苷酸多态性位点选自奶山羊stard5基因突变位点g.26871285a>g。
4、进一步的，本专利技术还公开了一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测方法，包括以下步骤：
5、以奶山羊基因组dna为模板，通过pcr扩增奶山羊stard5基因的部分片段，然后对扩增产物直接测序，根据测序结果鉴定奶山羊stard5基因单核苷酸多态性位点的基因型，所述单核苷酸多态性位点选自奶山羊stard5基因突变位点g.26871285a>g。
6、进一步的，上述一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测方法，所述引物对为：
7、上游引物：5’-ctgctccaccttccataacca-3’＝seq id no.1
8、下游引物：5’-cagacccccgatgtatggtg-3’＝seq id no.2。
9、进一步的，上述一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测方法，所述pcr采用的反应程序为：94.0℃预变性5min；98.0℃变性10s，65.0℃复性15min，进行30个循环；72.0℃终延伸7min。
10、进一步的，上述一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测方法，所述单核苷酸多态性位点包括3种基因型，包括gg、ag、aa。
11、进一步的，本专利技术还公开了一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测试剂盒，该试剂盒包括用于pcr扩增奶山羊stard5基因单核苷酸多态性位点的引物对，所述单核苷酸多态性位点选自山羊stard5基因序列第26871285位突变位点g.26871285a>g。
12、进一步的，上述一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测试剂盒，所述引物对为：
13、上游引物：5’-ctgctccaccttccataacca-3’＝seq id no.1
14、下游引物：5’-cagacccccgatgtatggtg-3’＝seq id no.2。
15、进一步的，本专利技术公开了上述多态性标记、检测方法或者试剂盒在奶山羊分子标记辅助选择育种中的应用。
16、进一步的，上述应用为在奶山羊产奶性状早期选择中的应用。
17、进一步的，上述应用中，所述奶山羊为西农萨能奶山羊。
18、进一步的，所述奶山羊stard5基因序列第26871285位突变位点g.26871285a>g的aa基因型为提高产奶量水平的dna标记。
19、与现有的技术相比，本专利技术具有如下优点和有益效果：
20、本专利技术提供的试剂盒以奶山羊基因组dna为模板，通过序列扩增和直接测序，可以简便、准确地检测奶山羊stard5基因外显子区snp位点(g.26871285a>g)在奶山羊(如，西农萨能奶山羊)群体中的不同基因型。根据对奶山羊stard5基因的上述snp位点与奶山羊产奶经济性状进行关联分析的结果，本专利技术检测的奶山羊stard5基因snp位点存在作为提高奶山羊产奶量性状的dna分子标记(snp标记)，可在产奶量性状的早期选择中应用，以快速建立高产奶性状的奶山羊遗传资源群体。
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1.一种奶山羊STARD5基因单核苷酸多态性标记，其特征在于，所述单核苷酸多态性位点选自奶山羊STARD5基因突变位点g.26871285A>G。
2.一种奶山羊STARD5基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：
3.根据权利要求2所述的一种奶山羊STARD5基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，所述引物对为：
4.根据权利要求2所述的一种奶山羊STARD5基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，所述PCR采用的反应程序为：94.0℃预变性5min；98.0℃变性10s，65.0℃复性15min，进行30个循环；72.0℃终延伸7min。
5.根据权利要求2所述的一种奶山羊STARD5基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，所述单核苷酸多态性位点包括3种基因型，包括GG、AG、AA。
6.一种奶山羊STARD5基因单核苷酸多态性的检测试剂盒，其特征在于：该试剂盒包括用于PCR扩增奶山羊STARD5基因单核苷酸多态性位点的引物对，所述单核苷酸多态性位点选自山羊STARD5基因序列第26871
7.根据权利要求6所述的一种奶山羊STARD5基因单核苷酸多态性的检测试剂盒，其特征在于，所述引物对为：
8.如权利要求1所述的多态性标记、权利要求3-5任一项所述的方法或权利要求6-7任一项所述的检测试剂盒在奶山羊分子标记辅助选择育种中的应用。
9.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，所述应用为在奶山羊产奶性状早期选择中的应用。
10.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，所述奶山羊为西农萨能奶山羊，AA基因型为提高产奶量水平的DNA标记。
...【技术特征摘要】
1.一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性标记，其特征在于，所述单核苷酸多态性位点选自奶山羊stard5基因突变位点g.26871285a>g。
2.一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：
3.根据权利要求2所述的一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，所述引物对为：
4.根据权利要求2所述的一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，所述pcr采用的反应程序为：94.0℃预变性5min；98.0℃变性10s，65.0℃复性15min，进行30个循环；72.0℃终延伸7min。
5.根据权利要求2所述的一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，所述单核苷酸多态性位点包括3种基因型，包括gg、ag、aa。...
【专利技术属性】
技术研发人员：石恒波，张凯，冯弈方，贺津，刘建新，
申请(专利权)人：浙江大学，
类型：发明
国别省市：
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