一种德谷与门冬胰岛素基于分子模拟的模型构建方法技术

本发明专利技术公开了一种德谷与门冬胰岛素基于分子模拟的模型构建方法，属于分子模拟技术领域，包括以下步骤：依据德谷胰岛素和门冬胰岛素蛋白分子真实的结构，修改GROMACS中CHARMM36力场中的文件，然后用GROMACS转化成gro结构文件，以此来构建两种胰岛素蛋白的分子模拟模型。在此基础上，通过残基等电点计算和查找merged.rtp文件，修改蛋白分子pdb结构文件的残基力场，构建出了不同pH环境下的分子模拟模型。本发明专利技术采用上述的一种德谷与门冬胰岛素基于分子模拟的模型构建方法，打破了传统分子模拟模型构建的局限性，为德谷胰岛素和门冬胰岛素蛋白分子的模型构建提供了方法。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及分子模拟，尤其是涉及一种德谷与门冬胰岛素基于分子模拟的模型构建方法。

技术介绍

1、目前，随着医疗技术呈多样化的趋势发展，药物产品也可以根据不同个体、不同需求而个性化设计。门冬胰岛素(iasp)是由门冬氨酸替代人胰岛素b链28位的脯氨酸，而形成生物合成的超短效人胰岛素类似物。皮下注射门冬胰岛素以后吸收迅速，起效时间仅为5-15分钟，发挥最大的生物效应在1-1.5小时，持续时间仅仅是4-5个小时；德谷胰岛素(ideg)是一种超长效人胰岛素类似物，与门冬胰岛素作用效果截然相反，它是在人胰岛素b链29位的赖氨酸上接了一条包含22个碳的脂肪二酸链。起效时间非常缓慢，但持续时间超过42小时。门冬胰岛素和德谷胰岛素是根据不同需求而设计产生的蛋白类药物产品，属于新型蛋白。倘若以微观尺度研究新型蛋白作用机理产生差异的原因，通常需要借助分子模拟领域来进行分析。

2、在分子模拟中，传统的蛋白分子模型构建方法有两大关键：找到相应文件和构建模拟力场。传统的蛋白分子可以通过蛋白质数据库(pdb bank)等网站去寻找pdb文件，并且选择gromacs自带的本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种德谷与门冬胰岛素基于分子模拟的模型构建方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的一种德谷与门冬胰岛素基于分子模拟的模型构建方法，其特征在于，步骤S2中，修改GROMACS自带的CHARMM36力场文件中的merged.rtp、merged.hdp、residuetype.dat文件，将德谷胰岛素的脂肪二酸链的原子信息编入上述三个文件当中。

3.根据权利要求2所述的一种德谷与门冬胰岛素基于分子模拟的模型构建方法，其特征在于，脂肪二酸链的原子信息包括：原子的电荷信息、原子之间的成键信息、氢原子与其他原子的匹配信息以及脂肪二酸连的种类信息。...

【技术特征摘要】

1.一种德谷与门冬胰岛素基于分子模拟的模型构建方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的一种德谷与门冬胰岛素基于分子模拟的模型构建方法，其特征在于，步骤s2中，修改gromacs自带的charmm36力场文件中的merged.rtp、merged.hdp、residuetype.dat文件，将德谷胰岛素的脂肪二酸链的原子信息编入上述三个文件当中。

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【专利技术属性】
技术研发人员：郭新东，李卓霖，陈博智，
申请(专利权)人：北京化工大学，
类型：发明
国别省市：