一种基于低深度全基因组重测序技术对保种群保种效果进行评价的方法技术

本发明专利技术涉及太行鸡保种技术领域，公开了一种基于低深度全基因组重测序技术对保种群保种效果进行评价的方法，包括以下步骤：首先采集保种群的样本，并提取基因组DNA。然后通过低深度重测及相关生物信息学分析获得全基因组水平的合格有效SNP标记。利用获得的全基因组SNP标记信息对保种群的多态性标记比例、平均期望杂合度和平均观察杂合度、连锁不平衡衰减速率、保种群间的主成分分析、各保种群个体间及保种群间的遗传距离和遗传相系数、各保种群的基于ROH的近交系数等参数进行分析，可以更全面地对保种群的保种效果进行评价，及时发现保种群继代过程中出现的问题并提出相应的解决方案，本方法克服了已有方法的缺陷，为畜禽遗传资源保护中保种群保种效果的评价提供了一个更为有效的方法。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及保种群保种效果监测和评价，具体为一种基于低深度全基因组重测序技术对保种群保种效果进行评价的方法。

技术介绍

1、畜禽遗传资源保护是为了充分保护畜禽遗传资源的多样性，为满足不同市场需求的新品中(配套系)培育提供遗传素材。目前畜禽遗传资源保护主要通过活体保种、基因库保种以及细胞保种等方式进行，活体保种能最大程度保护畜禽原本的状态、特性以及遗传多样性，是目前保种工作的主要方式，在活体保种过程中因各种原因可能导致保种群遗传结构的改变，因此定时对保种群保种效果进行评价以监测保种效果，从而及时发现保种过程中发现的问题并采取措施加以解决是保种工作的一个重要内容。

2、最初人们通过对表型性状记录进行分析来对保种效果的评价最，由于有些表型受到环境因素影响较大，导致通过表型记录难以实现全面的准确评估。随着分子遗传标记技术的产生和发展，分子遗传标记开始应用于保种效果的评价。最初采用的分子标记为随机扩增dna多态性和限制性片段长度多态性等第一代分子标记对基因组dna进行分析。但是这些分子标记受到许多因素影响，稳定性和重复性差。随后被第二代分子标记—微卫星本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基于低深度全基因组重测序技术对保种群保种效果进行评价的方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的一种基于低深度全基因组重测序技术对保种群保种效果进行评价的方法，其特征在于，步骤四中，所述plink软件计算出每个位点的MAF值，然后统计表现为多态的位点(MAF≥0.01)占总位点的比例，该值即为群体的多态性标记比例：PN＝M/N

3.根据权利要求1所述的一种基于低深度全基因组重测序技术对保种群保种效果进行评价的方法，其特征在于，步骤五中，平均期望杂合度指的是群体中所有个体期望杂合度的均值；平均观察杂合度指的是群体中所有个体观察杂合的均值。对质...

【技术特征摘要】

1.一种基于低深度全基因组重测序技术对保种群保种效果进行评价的方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的一种基于低深度全基因组重测序技术对保种群保种效果进行评价的方法，其特征在于，步骤四中，所述plink软件计算出每个位点的maf值，然后统计表现为多态的位点(maf≥0.01)占总位点的比例，该值即为群体的多态性标记比例：pn＝m/n

3.根据权利要求1所述的一种基于低深度全基因组重测序技术对保种群保种效果进行评价的方法，其特征在于，步骤五中，平均期望杂合度指的是群体中所有个体期望杂合度的均值；平均观察杂合度指的是群体中所有个体观察杂合的均值。对质控后的snps采用plink(v1.90)软件进行杂合度的统计计算，具体计算公式如下：

4.根据权利要求1所述的一种基于低深度全基因组重测序技术对保种群保种效果进行评价的方法，其特征在于，所述两个基因座之间的连锁程度可以用连锁不平衡系数来度量，常用的连锁不平衡系数为r2，连锁不平衡系数r2的计算公式为：

5.根据权利要求1所述的一种基于低深度全基因组重测序技术对保种群保种效果进行评价的方法，其特征在于，所述不同保种群体的遗传关系进行分...

【专利技术属性】
技术研发人员：樊宝良，王学静，王德贺，胡晓湘，张浩，李德娟，崔梦迪，
申请(专利权)人：河北农业大学，
类型：发明
国别省市：