【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及水稻穗长分子标记筛选及应用，更具体地说是涉及与调控水稻穗长主效qtl连锁的分子标记及应用。
技术介绍
1、水稻(oryza sativa l.)是我国最重要的粮食作物之一，提高水稻产量是水稻研究者的主要育种任务之一。水稻的有效穗数、穗粒数和粒重是决定其产量的重要组成部分。穗长是与产量相关的性状之一，与水稻产量密切相关，可作为产量育种的选择标准。因此，挖掘水稻穗长qtl和基因，培育水稻理想株型，提高我国水稻亩产量具有重要意义。
2、水稻产量是一个综合性状，受多个遗传因素影响，其中穗型相关性状是影响水稻产量的直接因素。一方面适宜的穗形和节数可增加水稻谷粒的充实程度，从而提高水稻的品质；另一方面优秀的穗型可以提高水稻的出穗率，增加每穗粒数和千粒重，从而提高水稻的总产量。但过长的穗型会使穗分枝稀疏分布，引起枝梗着粒密度降低，穗粒数减少，影响水稻产量。因此，定位水稻穗部相关性状进行qtl，发掘穗型相关基因，完善穗型基因调控网络，对于水稻理想株型的分子育种改良具有重要意义。
3、水稻的穗长性状由多种基因控制。连光倩等利用籼稻sabe和粳稻茭白稻杂交构建的f2群体，鉴定到2个控制穗长的qtl，最终将qpl9精细定位于第9号染色体90.47kb的物理区段内。韦敏益等利用zp37和r8605及其杂交衍生的208个高世代重组自交系为实验材料，共检测到11个qtl，位于第3、4、7、8、9和12号染色体上，其lod介于3.07～12.87之间，贡献率在2.17％～10.94％之间，有7个qtl是新位点，其余4个q
4、因此，如何对水稻穗长qtl进行定位，并筛选与其连锁的分子标记，以期应用于水稻穗长的鉴定和水稻育种中是本领域技术人员亟需解决的技术问题。
技术实现思路
1、有鉴于此，本专利技术以籼稻品种华占为父本、粳稻品种热研为母本的杂交f1代连续自交后得到的120个重组自交系群体为材料，利用该群体已构建的加密遗传图谱对数据进行qtl作图分析，检测到一个lod值高达5.45的qtl。分子标记辅助育种技术可以有效解决水稻穗长相关基因认识不全面的问题，通过构建遗传连锁图谱和数量性状位点分析，找到与穗长相关的主效qtl紧密连锁的分子标记，使用这些标记可以对水稻后代进行筛选，进而节约成本，提高育种效率
2、为了实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：
3、本专利技术首先提供了水稻穗长的主效qtl的定位方法：
4、1)以热研、华占为亲本进行杂交，通过单粒传法，获得120个稳定遗传的株系，共同组成rils群体；
5、2)考察重组自交系群体成熟期的穗长情况；
6、3)利用实验室前期开发的大量snp和indel标记构建的遗传图谱，通过r-qtl专业软件分析整个染色体组的标记和数量性状表型值的关系，将qtl逐一定位到连锁群的相应位置，并估计其遗传效应。若检测到lod>2.5的分子标记，则认为lod值最高处对应的2个标记间存在1个qtl。并将其命名为qpl3.1，主效qtl被定位于3号染色体上，其遗传距离为19.35～42.37cm，物理距离为4514694～9883047bp，lod值达到5.45。通过开发该主效qtl紧密连锁的分子标记，来检测水稻品种或品系中是否具有穗长相关qtl，可加快水稻优种的选育进程。
7、同时，本专利技术还提供了与调控水稻穗长主效qtl连锁的分子标记，所述分子标记包括indel pl-1和indel pl-2；
8、其中，检测所述分子标记indel pl-1的引物对为：
9、上游引物pl-1-f：5’-ttacagcgggagaaacccta-3’，seq id no.1；
10、下游引物pl-1-r：5’-caggcccaaatactgagtcg-3’，seq id no.2；
11、检测所述分子标记indel pl-2的物质为：
12、pl-2-f：5’-ttcctagcatccagctgaaga-3’，seq id no.3；
13、pl-2-r：5’-aacgtatttgagcttggctctc-3’，seq id no.4。
14、作为与上述技术方案相同的专利技术构思，本专利技术还请求保护所述的与调控水稻穗长主效qtl连锁的分子标记在选育长穗水稻中的应用。
15、作为与上述技术方案相同的专利技术构思，本专利技术还请求保护一种长穗的水稻的选育方法，过程包括：提取水稻dna，使用权利要求1所述的分子标记indel pl-1和indel pl-2对dna进行pcr扩增，扩增产物进行电泳检测，通过带型分析水稻穗长。
16、优选的，pcr扩增的反应体系为：上游引物1μl，下游引物1μl，dna模板1.5μl，mix酶12.5μl，ddh2o 9μl；pcr扩增的反应程序为：94℃预变性3min，94℃变性20s，55℃退火30s，72℃延伸5s，扩增36个循环，最后72℃终延伸1min。
17、作为与上述技术方案相同的专利技术构思，本专利技术还请求保护一种长穗水稻的选育试剂盒，包括所述分子标记indel pl-1和indel pl-2的引物对。
18、经由上述的技术方案可知，与现有技术相比，本专利技术采用qtl位点的分子标记方法，应用筛选到的与在水稻华占品种第3号染色体上定位到的调控水稻穗长的主效qtlqpl3.1紧密连锁的2对分子标记，预测水稻成熟期穗长情况，加快水稻理想株型的选育。
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1.与调控水稻穗长主效QTL连锁的分子标记，其特征在于，所述分子标记包括Indelpl-1和Indel pl-2；
2.权利要求1所述的与调控水稻穗长主效QTL连锁的分子标记在选育长穗水稻中的应用。
3.一种长穗水稻的选育方法，其特征在于，过程包括：提取水稻DNA，使用权利要求1所述的分子标记Indel pl-1和Indel pl-2对DNA进行PCR扩增，扩增产物进行电泳检测，通过带型分析水稻穗长。
4.根据权利要求3所述的一种长穗水稻的选育方法，其特征在于，
5.一种长穗水稻的选育试剂盒，其特征在于，包括权利要求1所述检测分子标记Indelpl-1和Indel pl-2的引物对。
【技术特征摘要】
1.与调控水稻穗长主效qtl连锁的分子标记，其特征在于，所述分子标记包括indelpl-1和indel pl-2；
2.权利要求1所述的与调控水稻穗长主效qtl连锁的分子标记在选育长穗水稻中的应用。
3.一种长穗水稻的选育方法，其特征在于，过程包括：提取水稻dna，使用权利要求1所述的分子标记i...
【专利技术属性】
技术研发人员：饶玉春，朱超宇，丁迪，王跃星，杨帅，黄佳慧，杨惠敏，胡程翔，蔡依林，
申请(专利权)人：浙江师范大学，
类型：发明
国别省市：
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