【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子生物学、功能基因组学、生物信息学、基因组育种，具体地，涉及奶山羊全基因组低密度snp芯片及其应用。
技术介绍
1、snp是单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism)的缩写，指基因组单个核苷酸的变异，是由单碱基的缺失、插入、颠换或置换所形成的变异形式。snp作为一种重要的分子标记(molecular markers)，因其具有数量众多、分布密集、易于检测等特点，易于通过芯片技术实现自动化和规模化检测，是较理想的基因分型目标。
2、基因组选择(genomic selection，gs)自2001年首次提出以来，在动物和植物育种中得到广泛的实践。gs的基本原理是，利用全基因测序或snp芯片检测技术获取个体基因组信息。通过比较个体基因组之间的差异，识别出与目标性状相关的遗传标记或基因。通过对大量个体进行基因组筛选，选择具有目标性状所需基因组特征的个体作为繁殖对象。经过多代的选择繁殖，目标基因组特征逐渐聚集在后代个体中，达到改良物种性状的目的。这是由于有益基因和有益性状之间的遗传连锁，使得通过选择基因组特征可以间接选择目标性状。
3、基因组选择的优势在于它可以加速物种改良的进程，提高选育效率。通过准确识别和选择目标基因组特征，相对于传统的表型选择，基因组选择可以更精确地筛选出有益基因，并避免不相关的表型变异。
4、鉴于基因组选择具有降低育种成本和缩短世代间隔的优点，它已成为许多家畜物种的常规遗传评估策略。目前，gs在奶牛育种中已成熟应用，加快了育种进
5、因此，需要开发一种针对奶山羊的全基因组芯片。
技术实现思路
1、为了解决现有技术中存在的上述技术问题之一，本专利技术提供了一种奶山羊全基因组低密度snp芯片及其应用。
2、第一方面，本专利技术提供一种用于奶山羊全基因组的snp分子标记，所述snp分子标记选自表3中所示标记物中的至少一种。
3、第二方面，本专利技术提供一种分子探针，所述分子探针用于特异性识别第一方面所述的snp分子标记。
4、第三方面，本专利技术提供一种奶山羊全基因组snp芯片，所述snp芯片包括靶向第一方面所述的snp分子标记的探针。
5、在一些实施方案中，本专利技术提供的奶山羊全基因组snp芯片为奶山羊全基因组低密度10k snp芯片。
6、在一些实施方案中，所述snp分子标记与奶山羊的产奶性状相关联，产奶性状是奶牛的主要经济性状，所述产奶性状包括产奶量、乳品质、褪黑素合成能力。
7、在一些实施方案中，所述产奶量为305天产奶量。
8、在一些实施方案中，所述乳品质包括乳蛋白率、乳脂率、乳糖率。
9、在一些实施方案中，所述snp分子标记与奶山羊的繁殖性状相关联，所述繁殖性状包括产羔数、胎间隔。
10、本专利技术提供的奶山羊全基因组低密度snp芯片中，snp位点包括2类探针：第一类是基于选择信号分析和全基因组关联分析研究，筛选出与奶山羊产奶性状显著关联的1644个snp位点；第二类是利用五个奶山羊品种(萨能奶山羊(saanen dairy goat)、吐根堡奶山羊(toggenburg goat)、阿尔卑斯奶山羊(alpine goat)、关中奶山羊(guanzhong dairygoat)、崂山奶山羊(laoshan dairy goat))重测序数据筛选出的多态性良好的snp位点，以多态性高和基因组分布均匀为筛选原则，筛选的8269个snp位点(以下简称背景位点)。
11、本专利技术提供的奶山羊全基因组低密度snp芯片中，所述芯片的相邻snp标记位点间的平均距离为259kb。
12、本专利技术提供的奶山羊全基因组低密度snp芯片中，所述snp芯片的相邻snp位点间的连锁不平衡程度r2为0.467。
13、本专利技术提供的奶山羊全基因组低密度snp芯片中，所述snp芯片的平均最小等位基因频率(maf)为0.27。
14、第四方面，本专利技术提供一种试剂盒，所述试剂盒包括第二方面所述的分子探针，或第三方面所述的snp芯片。
15、第五方面，本专利技术提供所述分子探针、或所述snp芯片、或所述试剂盒在奶山羊全基因组育种中的应用。
16、第六方面，本专利技术提供所述分子探针、或所述snp芯片、或所述试剂盒在奶山羊的亲缘关系鉴定中的应用。
17、第七方面，本专利技术提供所述分子探针、或所述snp芯片、或所述试剂盒在鉴定欧洲奶山羊和中国奶山羊品种中的应用。
18、第八方面，本专利技术提供所述分子探针、或所述snp芯片、或所述试剂盒在奶山羊基因分型检测中的应用。
19、第九方面，本专利技术提供所述分子探针、或所述snp芯片、或所述试剂盒在奶山羊群体遗传多样性分析中的应用。
20、第十方面，本专利技术提供所述分子探针、或所述snp芯片、或所述试剂盒在奶山羊目标性状qtl(数量性状位点)定位分析中的应用。
21、与现有技术相比，本专利技术具有以下优点：
22、本专利技术提供的snp标记位点均匀地分布在奶山羊基因组的29条常染色体以及x染色体的两条contig上，分布均匀，覆盖度高，保证了奶山羊基因组遗传评估的准确性。本本专利技术的芯片包含的位点均为实验过程中获得的大效应snp位点，与经济性状关联性强，增加了芯片的实用性。本专利技术的芯片位点来源于我国饲养广泛的奶山羊进口品种和地方良种中多态性较好的snp位点，既满足了科研工作者的科研需求也适用于进行全基因组分子育种工作。
23、本专利技术提供的snp芯片，适用于欧洲奶山羊品种和中国本土奶山羊品种的经济性状遗传改良中的应用，也可用于奶山羊全基因组关联分析、全基因组选择育种、群体遗传学分析以及性状相关候选基因和qtl位点分析定位等多个领域，在生产应用和科学研究中均具有较高的价值。
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1.一种用于奶山羊全基因组的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记选自表3中所示标记物中的至少一种。
2.一种分子探针，其特征在于，所述分子探针用于特异性识别权利要求1所述的SNP分子标记。
3.一种奶山羊全基因组SNP芯片，其特征在于，所述SNP芯片包括靶向权利要求1所述的SNP分子标记的探针。
4.根据权利要求3所述的奶山羊全基因组SNP芯片，其特征在于，所述分子标记与奶山羊的产奶性状和繁殖性状相关联；
5.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求2所述的分子探针，或权利要求3或4所述的SNP芯片。
6.权利要求2所述的分子探针、或者权利要求3或4所述的SNP芯片、或者权利要求5所述的试剂盒在奶山羊全基因组育种中的应用。
7.权利要求2所述的分子探针、或者权利要求3或4所述的SNP芯片、或者权利要求5所述的试剂盒在奶山羊的亲缘关系鉴定中的应用。
8.权利要求2所述的分子探针、或者权利要求3或4所述的SNP芯片、或者权利要求5所述的试剂盒在鉴定欧洲奶山羊和中国奶山羊品种中的应用。<...
【技术特征摘要】
1.一种用于奶山羊全基因组的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记选自表3中所示标记物中的至少一种。
2.一种分子探针，其特征在于，所述分子探针用于特异性识别权利要求1所述的snp分子标记。
3.一种奶山羊全基因组snp芯片，其特征在于，所述snp芯片包括靶向权利要求1所述的snp分子标记的探针。
4.根据权利要求3所述的奶山羊全基因组snp芯片，其特征在于，所述分子标记与奶山羊的产奶性状和繁殖性状相关联；
5.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求2所述的分子探针，或权利要求3或4所述的snp芯片。
6.权利要求2所述的分子探针、或者权利要求3或4所述的snp芯片...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘国世，关盛宇，吕鹏，张鲁，王冰源，姬鹏云，王建光，尹德鹏，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：
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