【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物，具体涉及一种与烟草绿原酸基因qchla紧密连锁的共显性ssr标记及应用。
技术介绍
1、烟草是一种叶用经济作物，烟叶中含有多种化学元素，目前已鉴定的化学成分达3000种以上，但随着气相色谱(gc)、液相色谱(lc)、气相色谱-质谱(gc-ms)、液相色谱-质谱(lc-ms)、红外光谱(ir)、核磁共振(nmr)及高分辨率质谱等现代分离分析仪器在烟草研究中的应用，将使曾经被掩盖的微量成分被揭示出来，进而使烟叶化学成分数量急剧增加。作为卷烟工业基础的烟叶原料，其品质的好坏直接影响卷烟成品质量。而烟叶品质是其叶片内多种化学成分综合作用的结果，因此，烟叶化学成分是烟叶品质鉴定的重要指标，也是外观质量和内在质量在外观特征和烟气特征上的表现。
2、迄今，针对烟叶化学成分的研究主要集中在烟叶化学成分的鉴定及主要化学成分与评吸质量、外观质量、物理特性和安全性等方面的密切关联，而针对烟叶化学成分的遗传分析及基因/qtl定位研究很少。julio等(e.julio,b.denoyes-rothan,j.-l.verrier,f.dorlhac de borne,detection of qtls linked to leaf and smoke properties innicotiana tabacum based on a study of 114recombinant inbred lines.molbreeding,2006,doi 10.1007/s11032-006-9019-0)是最早利用aflp、iss
3、而针对烟草绿原酸的qtl定位分析研究，迄今尚未见报道。故此，对烟草绿原酸性状遗传研究与定位分析的空白，严重地制约了利用与烟草绿原酸基因qchla紧密连锁标记开展高含量绿原酸烟草新品种的选育进程。
4、鉴于此，本专利技术首先以优质烤烟品种y3(烤后烟叶中具有高含量的烟草绿原酸，含基因qchla)和主栽烤烟品种k326(烤后烟叶中不含烟草绿原酸)为亲本，通过杂交、连续套袋自交，构建一个含有269份株系的烟草重组自交系(rils_f8:9)为作图群体；其次，利用本实验室基于优质烤烟品种y3基因组信息开发的大规模ssr分子标记对269个rils_f8:9株系进行基因型分析，构建获得1张高质量烟草ssr分子遗传连锁图谱，该图谱含有2059个ssr标记且较均匀分布于烟草24条连锁群上，覆盖全基因组长度为1759.74cm；再次，待烟草成熟采烤后，利用高效液相色谱(hplc)法对烘烤后的c3f级别中部烟叶进行绿原酸含量检测；最后，利用数量性状连锁分析(qtl)法并结合rils_f8:9的基因型数据(遗传连锁图谱)和表型数据(烟草绿原酸含量值)，在烟草全基因组范围内筛选获得与绿原酸基因qchla紧密连锁的共显性ssr标记，既有效填补了国内外关于烟草绿原酸性状qtl定位分析的空白，又获得与烟草绿原酸基因qchla紧密连锁的共显性ssr标记，是精准、高效利用分子标记辅助选择(mas)培育高绿原酸含量烤烟新品种的重要途径。
技术实现思路
1、本专利技术正是为了解决烟草绿原酸性状qtl定位分析的空白，提供一种与烟草绿原酸基因qchla紧密连锁的共显性ssr标记及应用。
2、本专利技术的第一目的在于提供一种与烟草绿原酸基因qchla紧密连锁的共显性ssr标记；第二目的在于将上述共显性ssr标记应用于检测烟草基因组dna中是否存在烟草绿原酸基因qchla及待测植株中的烟草绿原酸的基因型状态。
3、本专利技术的创新点：本专利技术首次针对烟草绿原酸基因qchla进行遗传与定位分析。本专利技术人的研究表明，烟草绿原酸属于典型的数量性状，且受烤烟品种y3基因组内第12条染色体的qtl控制，该基因/qtl被暂命名为qchla。
4、本专利技术采用如下技术方案实现。
5、一种与烟草绿原酸基因qchla紧密连锁的共显性ssr标记，本专利技术所述的与烟草绿原酸基因qchla紧密连锁的共显性ssr标记的编号为tmy80887和tmy80891，其pcr扩增产物核苷酸序列分别为seq id no.1和seq id no.2、seq id no.3和seq id no.4所示。
6、seq id no.1：
7、tttggccatcactcattcaattgttgatagtatggataataatattggtactttatacacaaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgttaatgtgtcaaatatctctctttttgttagaatagtcaagtcctctacagaggcgtatctaggttaaggggcataggttcacgtgaacccatactcctcttcctaaaccatgtataacaatatcatatttttttaaaattatttaaatatat本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种与烟草绿原酸基因qChlA紧密连锁的共显性SSR标记，其特征在于，所述的与烟草绿原酸基因qChlA紧密连锁的共显性SSR标记的编号为TMy80887和TMy80891，其PCR扩增产物核苷酸序列分别为SEQ ID No.1和SEQ ID No.2、SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示。
2.根据权利要求1所述的与烟草绿原酸基因qChlA紧密连锁的共显性SSR标记，其特征在于，所述共显性标记TMy80887和TMy80891位于目的基因qChlA两侧。
3.根据权利要求1所述的与烟草绿原酸基因qChlA紧密连锁的共显性SSR标记，其特征在于，所述的分子标记所对应的2个位点的引物序列分别为：
4.权利要求1或2或3所述的与烟草绿原酸基因qChlA紧密连锁的共显性SSR标记的应用在于检测烟草基因组DNA中是否存在烟草绿原酸基因qChlA和待测植株中的烟草绿原酸的基因型状态。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，该应用的方法为，以TMy80887和TMy80891序列的引物分别扩增待检测烟草基因组DNA，检测PC
6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，PCR扩增产物中同时含有如SEQ ID No.1和SEQ ID No.3所示序列则表明该待测烟草植株存在高含量烟草绿原酸的纯合等位基因，基因型为ChlAChlA。
7.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，PCR扩增产物中同时含有如SEQ ID No.2和SEQ ID No.4所示序列则为待测烟草植株无烟草绿原酸含量的纯合等位基因，基因型为chlachla。
8.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，PCR扩增产物中同时含有如SEQ ID No.1和SEQ ID No.4所示序列，或同时含有SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示序列则为待测烟草植株存在中等含量烟草绿原酸的杂合等位基因，基因型为ChlAchla。
...【技术特征摘要】
1.一种与烟草绿原酸基因qchla紧密连锁的共显性ssr标记，其特征在于，所述的与烟草绿原酸基因qchla紧密连锁的共显性ssr标记的编号为tmy80887和tmy80891，其pcr扩增产物核苷酸序列分别为seq id no.1和seq id no.2、seq id no.3和seq id no.4所示。
2.根据权利要求1所述的与烟草绿原酸基因qchla紧密连锁的共显性ssr标记，其特征在于，所述共显性标记tmy80887和tmy80891位于目的基因qchla两侧。
3.根据权利要求1所述的与烟草绿原酸基因qchla紧密连锁的共显性ssr标记，其特征在于，所述的分子标记所对应的2个位点的引物序列分别为：
4.权利要求1或2或3所述的与烟草绿原酸基因qchla紧密连锁的共显性ssr标记的应用在于检测烟草基因组dna中是否存在烟草绿原酸基因qchla和待测植株中的烟草绿原酸的基因型状态。
5.根据...
【专利技术属性】
技术研发人员：童治军，肖炳光，方敦煌，黄昌军，刘勇，
申请(专利权)人：云南省烟草农业科学研究院，
类型：发明
国别省市：
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